ADAPT

Koliko je CRISPR adaptacija prilagodljiva na uvjete okoliša? Utjecaj DNA helikaza.



  Voditeljica: prof. dr. sc. Ivana Ivančić Baće 

  Izvor financiranja: Hrvatska zaklada za znanost
  Šifra projekta: IP-2022-10-7882
  Trajanje projekta: 15.12.2023. – 14.12.2027.
  Sredstva: 158.470,84 EUR

Suradnici

  1. Dr. Edward Bolt, University of Notttingham, United Kingdom
  2. Dr. sc. Kristina Majsec, PMF
  3. Tomislav Mamić, mag. biol.mol.

Sažetak

Sustav CRISPR-Cas predstavlja adaptivni mehanizam obrane prokariota od infekcije stranom DNA poput faga i plazmida. Ugradnjom novih razmaknica u lokus CRISPR bakterija „pamti“ stranu DNA, čime postaje imuna na ponovnu infekciju sa istom stranom DNA. Naša glavna pretpostavka je da su DNA helikaze ključne za normalan rad sustava CRISPR-Cas i stvaranje imunosti. Ovo istraživanje pružit će nove uvide u to kako se stvara CRISPR imunitet u stanicama koje su prvi put napadnute stranom DNA (naivna adaptacija) i onim stanicama u kojima se obnavlja imunitet pri ponovnom susretom s istom stranom DNA (pripremljena adaptacija). Ovim projektom želimo: i) Otkriti i istražiti druge helikaze domaćina koje bi mogle zamijeniti helikazu RecBC(D) u stvaranju fragmenata DNA za izgradnju CRISPR imunosti procesom "naivne adaptacije". Pretpostavljamo da bi helikaznu aktivnost enzima RecBCD mogle zamijeniti helikaze RecQ, Rep; RecG, UvrD ili PriA jer je uočeno da je naivna adaptacija smanjena u mutantima recB ili recB recA, ali odgovorna helikaza i mehanizam nisu poznati. ii) Istražiti utjecaj okoliša i fiziologije bakterija za izgradnju CRISPR imunosti procesom pripremljene adaptacije.