Izbornik
 

Adriatic NMR 2018

 

 

17th European Symposium on Organic Reactivity (ESOR 2019)

 


Hrvatsko kemijsko društvo




Broj posjeta:
1511463
Događanja na PMF-u
 
11. 09. 10:00 - 11:00, Kemijski odsjek, P1
Seminar II: Mladena Glavaš
4. 1. 2018. u 10:50
Rad znanstvenika Kemijskog odsjeka na naslovnici časopisa Journal of Molecular Biology

Znanstvenici Kemijskog odsjeka Morana Dulić, Igor Živković, Branimir Bertoša i Ita Gruić-Sovulj, te Nevena Cvetešić, donedavna viša asistentica na Kemijskom odsjeku  su u suradnji s Andresom Palenciom i Stephenom Cusackom s European Molecular Biology Laboratory iz Grenoblea objavili rad Kinetic Origin of Substrate Specificity in Post-Transfer Editing by Leucyl-tRNA Synthetase u cijenjenom časopisu Journal of Molecular Biology (IF=4,33) . Rad je zbog izvrsnih komenatara recenzenata izabran za istaknuti rad u svom broju časopisa, te je popraćen komentarom. Uz to je predstavljen na naslovnici izdanja časopisa, koju je ilustrirao Toni Lijić, student druge godine Diplomskog studija kemije.

Ovaj rad istražuje porijeklo specifičnosti prema supstratu domene za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze koje dosad, usprkos interesu za ovaj enzim, nije bilo razjašnjeno. Kombinacijom kinetičkih i termodinamskih metoda utvrđeno je da značajni doprinos odabiru aminokiseline za popravak ne dolazi od vezanja u osnovnom stanju. Naime, dok aminokiselinski dio supstrata (aminoacilirane tRNA) doprinosi diskriminaciji oko 10 puta, konstanta brzine deacilacije leucil- i norvalil-tRNA se razlikuje 104 puta. Detaljnijom analizom doprinosa pojedinih funkcionalnih skupina unutar aktivnog mjesta utvrđena je ključna uloga A76 3'-OH skupine tRNALeu, što podupire mehanizam deacilacije potpomognut supstratom. Neobičan je efekt i otprije poznate determinante specifičnosti, treonina 252 – afinitet aktivnog mjesta prema leucinu se uklanjanjem tog bočnog ogranka nije povećao, već je hidroliza pripadne Leu-tRNALeu znatno brža. Simulacijama molekularne dinamike  pokazano je da divlji tip enzima, ali ne i T252A mutant, nameću leucinu konformaciju bočnog ogranka koja dovodi do steričkog izbacivanja molekule vode za koju se pretpostavlja da je katalitička. Svojstvo aktivnog mjesta za popravak pogreške da specifičnost nije uzrokovana steričkim izbacivanjem leucina, već je kinetičkog porijekla nije bilo očekivano, među ostalim i zato što se sintetsko mjesto istog enzima oslanja na diskriminaciju u osnovnom stanju pri odabiru aminokiseline, te baca sasvim novo svjetlo na razumijevanje popravka pogreške.

Ovo istraživanje je ostvareno u okviru projekta „Aminoacil-tRNA-sintetaze kao čuvari standardnog genetičkog koda“ (AARSCODE, IP-2016-06-6272) financiranog od strane Hrvatske zaklade za znanost.

Vladimir Stilinović
Tražilica
 
Kontakt
 

Kemijski odsjek
Prirodoslovno-matematički fakultet

Sveučilište u Zagrebu

Horvatovac 102A
HR-10000 Zagreb

Tel. +385 1 4606 000 (centrala)

E-pošta: ko@chem.pmf.hr


           


Poštovani posjetitelji weba, molimo Vas da sve pogrešne ili zastarjele informacije dojavite na
webmaster@chem.pmf.hr


 

 

Sva prava pridržana. Kemijski odsjek Prirodoslovno-matematičkog fakulteta
Sveučilište u Zagrebu