Opcije pristupačnosti Pristupačnost
Diseminacija

Ožujak 2019

4. - 9. ožujka 2019 Hrvoje Višić sudjelovao je na četvrtom međunarodno tečaju Eukariotskog metabarkodiranja (" Eukaryotic metabarcoding") u organizaciji Physalia Courses iz Berlina. Na tečaju su sudjelovala 24 znanstvenika iz 12 različitih zemalja i s 19 istraživačkih instituta. Cilj programa je bio približiti polaznicima kompleksnu proceduru obrade podataka iz rastućeg polja metabarkodiranja okolišne DNA (eDNA) baziranom na eukariotskim organizmima. Uspoređivale su se prednosti i mane različitih metoda sekvenciranja koje se koriste. Također, obrađene su osnovne laboratorijske procedure koje prethode sekvenciranju poput ekstrakcije DNA, odabira početnica te PCR i pripreme knjižnice. Potom su slijedila predavanja i praktične bioinformatičke obrade sekvenci kako bih se grupirale operacijske taksonomske jedinice (OTUs). Korišteno je nekoliko različitih cjevovoda i baza podataka poput JAMP, Usearch i OBItools te GenBank, Barcode Of Life Datasystems (BOLD) i mBRAVE. Konačno, za vizualizaciju dobivenih rezultata abundancije i raznolikosti, korišten je R studio. Cijeli tečaj je bio popraćen intenzivnim raspravama između sudionika i organizatora komentirajući i uspoređujući različite načine i pristupe koji se mogu koristiti u metabarkodiranju različitih okoliša i zajednica. Stečene vještine koristiti će se za obradu podataka dobivenih iz biofilma karapaksa i kože morskih kornjača.

Veljača 2019

11. - 15. veljače 2019 Hrvoje Višić sudjelovao je na radionici "Metabarkodiranja dijatomeja DNAqua-Net",  Diatom metabarcoding training school by DNAqua-Net" u organizaciji INRA CARRTEL in Thonon-les-Bains (Francuska). U sklopu radionice praćen je protokol bio-monitoringa i određivanja kvalitete vode preko bio-indikatorskih vrsta dijatomeja. Program se sastojao od uzorkovanja biofilma struganjem sa stijena iz Ženevskog jezera i pripreme istih za očuvanje i daljnju obradu u laboratoriju. Potom se radila, teoretski i praktično, izolacija DNA i PCR te priprema knjižnice sekvenci HTS metoda na temelju rbcL gena. Nakon laboratorijske obrade slijedila je bio-informatička obrada podataka u Mothur-u gdje su se dobivene sekvence obradile za daljnju statističku obradu. Naučena znanja i vještine koristiti će se za obradu podataka dobivenih iz biofilma karapaksa i kože morskih kornjača.

Siječanj 2019

21. - 25. siječnja 2019 Sunčica Bosak boravila je  u posjetu u Botaničkom vrtu u Meiseu, Belgija na odsjeku za istraživanje (Research department, Plantentuin Meise) u laboratoriju prof. dr. sc. Bart Van de Vijvera, suradnika na projektu TurtleBIOME. U sklopu posjeta analizirali su uzorke biofilma kornjača sakupljenih u Grčkoj, na području Jadranskog mora te kultura dijatomeja pomoću skenirajućeg elektronskog mikroskopa (SEM) te svjetlosnog mikroskopa (LM). Rezultati morfoloških analiza uspoređivani su s iscrpnom literaturom dostupnom u Botaničkom vrtu te identificirane prisutne vrste. U analizama je sudjelovala i studentica Käthe Robert koja izrađuje diplomski rad (Master thesis) na temu na temu „Ecology and Diversity of epizoic diatom communities on sea turtles“  u sklopu projekta TurtleBIOME.

Prosinac 2018

14. prosinac 2018 Sudjelovali smo na Godišnjem sastanku sudionika uključenih u provedbu Protokola za dojavu i djelovanje u slučaju pronalaska uginulih, bolesnih ili ozlijeđenih strogo zaštićenih morskih životinja (morski sisavci, morske kornjače i hrskavične ribe) u organizaciji Hrvatske agencije za okoliš i prirodu.  U sklopu prezentacija suradnica na projektu Karin Gobić Medice pod naslovom "Pregled razvoja skrbi i liječenja u Centru za oporavak morskih kornjača u Aquariumu Pula" te i dr.sc. Maje Lukač, dr.vet.med., "Postupci utvrđivanja zdravstvenog stanja glavatih želvi u Centru za oporavak morskih kornjača Pula" imali smo priliku predstaviti TurtleBIOME projekt i našu zajedničku suradnju.

 

 

09. - 16. prosinca 2018. Doktorandica Klara Filek boravila je na Sveučilištu u Gentu, Belgija, u sklopu znanstvenog usavršavanja u metodama izolacija i održavanja kultura pojedinačnih stanica dijatomeja, PCR-u pojedinačnih stanica, te taksonomskim molekularnim analizama.  Znanstveno usavršavanje se odvijalo u grupi za protistologiju i ekologiju voda (PAE – Protistology and Aquatic Ecology). Uz vodststvo doktorandice Eveline Pinseel i kuratora BCCM-a (Belgian Co-ordinated Collection of Micro-organisms) Petera Chaerlea upoznata  je i s radom u BCCM-ovoj kolekciji dijatomeja (http://bccm.belspo.be/about-us/bccm-dcg). U sklopu posjeta pohranili smo 5 TurtleBIOME monokultura dijatomeja u zbirku metodom zamrzavanja, te se pratio njihov rast u uvjetima kolekcije.

 

Studeni 2018

15. studeni 2018 Projekt TurtleBIOME predstavljen je i najmlađima, u sklopu znanstvenih radionica na Interliberu, i događaja "Znanstveni kvart 2018" u organizaciji ProTEAM ekipe i pokroviteljstvom Ministarstva kulture RH (proteam.hr/znanstveni-kvart-2018).  Sudjelovali smo u programu: "Znanstvenik fora ili noćna mora" gdje smo se družili s učenicima trećeg razreda OŠ Većeslava Holjevca, Siget iz Zagreba i odgovarali na sva njihova pitanja vezana uz život znanstvenika, morske kornjače i mikroorganizme. 

 

Listopad 2018

30. listopad 2018 U sklopu posjeta suradnika na TurtleBIOME projektu Biološkom odsjeku PMF-a Sveučilišta u Zagrebu prof.dr.sc. Bart Van de Vijvera iz Botaničkog vrta u Meiseu i Sveučilišta u Antwerpenu, Belgija održano je predavanje pod naslovom "Science in a Cold Paradise". Predavanje je održano u sklopu redovitih predavanja Hrvatskog Botaničkog Društva, te je čitavo predavanje dostupno i na našem TurtleBIOME Youtube kanalu na sljedećoj poveznici: 
https://www.youtube.com/watch?v=FUFmor_sibM

16 - 19. listopad 2018 Romana Gračan i Sunčica Bosak sudjelovale su na "6th Mediterranean Conference on Marine Turtles" (https://marine-turtles.eu/www.facebook.com/MedTurtleConf2018) održanoj u Poreču, Hrvatska. Na kongresu je projekt predstavljen s posterskim priopćenjem: Bosak, Sunčica; Gračan, Romana; Mucko, Maja; Višić, Hrvoje; Filek, Klara; Gobić Medica, Karin; Mičić, Milena; Lukač, Maja; Basu, Swaraj; Orlić, Sandi; Majewska, Roksana; Frankovich, Thomas. A.; Ashworth, Matt P.; Van de Vijver, Bart "Loggerhead sea turtle microbiome – TURTLEBIOME project: insight into endozoic and epizoic communities" te su uspostavljene nove suradnje sa stručnjacima i znastvenicima koji se bave morskim kornjačama u Mediteranskom moru ( npr. LIFE Euroturtles projekt, ARCHELON - najveće društvo za zaštitu kornjača iz Grčke).

 

 

 

 

 

 

 

Na kongresu smo također sudjelovali i s posterskim priopćenjem: "Epizoic diatoms associated with the neck skin of adriatic loggerhead seaturtle" autora: Bosak, Sunčica; Lazar, Bojan; Gračan, Romana; Kanjer, Lucija; Van de Vijver, Bart; Majewska, Roksana na kojem smo prikazali rezultate morfoloških istraživanja dijatomeja nađenih na uzorcima kornjača sakupljenih između 1995 i 2002. te je znanstveni rad u pripremi.    

 

07. - 12. listopad 2018.  Hrvoje Višić sudjelovao je na konferenciji Ocean Optics XXIV (https://oceanopticsconference.org/) održanoj u Dubrovniku, Hrvatska s posterskim priopćenjem " Multilayer approach to plankton analyses in contrasting trophic systems of North Pacific" koautora Višić, Hrvoje; Ljubešić, Zrinka; Bosak, Sunčica; Neeley, Aimee Renee; Durkin, Colleen A.; Estapa, Margaret L.; Omand, Melissa M.; Mucko, Maja; Barešić, Ana; Karwowska, Zuzanna; Cetinić, Ivona . Sažetak postera dostupan je na poveznici: https://oceanopticsconference.org/abstracts/visic.pdf.

 

 

 

 

 

 

 

 

Na posteru su prikazani preliminarni rezultati bioinformatičkih analiza prokariotske i eukariotske zajednice koristeći amplikone 16S i 18S planktona Sjevernog Pacifika iz kojih Hrvoje priprema prvu publikaciju za doktorsku disertaciju.

Lipanj 2018

25. - 30. lipnja 2018. Maja Mucko i Sunčica Bosak sudjelovale su na 25th International Diatom Symposium u Berlinu, Njemačka (http://www.ids2018-berlin.org/) s ukupno 6 priopćenja od kojih su 4 priopćenja predstavila nova otkrića vezana uz dijatomeje na morskim kornjačama.

 

 

 

 

 

 

Svi sažeci kongresnih priloga objavljeni su u knjizi sažetaka dostupnoj na sljedećoj poveznici:

https://www.bgbm.org/sites/default/files/25th_international_diatom_symposium_berlin_2018_abstracts.pdf

I

Iznimno smo ponosni na Maju Mucko koja je osvojila treću nagradu za najbolju usmenu prezentaciju na kongresu za priopćenje: 

1. Mucko, Maja; Bosak, Sunčica; Nakov, Teofil; Ruck, Elizabeth; Gligora Udovič, Marija; Ljubešić, Zrinka ˝Planktonic lifestyle lovers˝: a story of eight new marine Entomoneis species. str. 119-119 (predavanje)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Tijekom kongresa održan je niz radnih sastanaka suradnika na TurtleBIOME projektu te dogovoren daljnji pravac istraživanja i buduće publikacije. 

2. Bosak, Sunčica; Majewska, Roksana; Frankovich, Thomas A.; Ashworth, Matt P.; Van de Vijver, Bart New Proschkinia species associated with sea turtles. // Abstracts of the 25th International Diatom Symposium / Kusber, W.-H. ; Abarca, N. ; Van, A. L. ; Jahn, R (ur.). Berlin: Botanic Garden and Botanical Museum Berlin, Freie Universität Berlin, 2018. str. 23-23 (poster)

3. Van de Vijver, Bart; Bosak, Suncica A new epizoic Olifantiella species found on loggerhead sea turtles. str. 177-177 (poster) 

4. Majewska, Roksana; Van de Vijver, Bart; Frankovich, Thomas A.; Ashworth, Matt P.; Sullivan, Michael; Bosak, Suncica Morphological variations in sea turtle-associated “gomphonemoid” diatoms. str. 105-105 (poster)

5. Krzywda, Marta; Kaleli, Aydın; Solak, Cüneyt; Bosak, Suncica; Car, Ana; Jasprica, Nenad; Witkowski, Andrzej The influence of sea turtles on the biogeography of marine diatoms based on a case study from the Mediterranean coasts.  str. 88-88 (poster)

6. Mucko, Maja; Bosak, Sunčica; Mann, David G.; Trobajo, Rosa; Wetzel, Carlos; Peharec Štefanić, Petra; Ljubešić, Zrinka Novel clades of intriguing Nitzschia species from marine plankton str. 118-118 (poster)

 

 

 

 

 

 

 

 

21. lipnja 2018. doc.dr.sc. Sunčica Bosak održala je javno predstavljanje projekta TurtleBIOME u sklopu predavanja udruge BIOM na PMF-u u Zagrebu.

Sažetak i obavijest o predavanju: 

http://www.biom.hr/vijesti/predavanje-mikrobiom-mediteranske-glavate-zelve-turtlebiome-projekt-cetvrtak-21-6/

Snimka cjelokupnog predavanja je dostupna na Youtube kanalu udruge BIOM na sljedećoj poveznici:

https://www.youtube.com/watch?v=7ymShCE2bB8

Svibanj 2018

10. svibnja 2018. U sklopu emisije HRT-a Prometej, emitiran je prilog o otkriću šest novih vrsta dijatomeja roda Entomoneis, o čemu je pičala Maja Mucko, suradnica na TurtleBIOME projektu. 

Emisija je dostupna na HRTi platformi na sljedećoj poveznici, a prilog možete pogledati od 6:05 do 10:00 minute:

https://hrti.hrt.hr/video/show/4676965/prometej-10-svibnja-2018

Travanj 2018

23. travnja 2018. doc.dr.sc. Sunčica Bosak i Maja Mucko, doktorandica i suradnica na TurtleBIOME projektu gostovale su u polusatnom razgovoru u emisiji Hrvatskog radija "Eppur si muove" pod nazivom "Planktonske dijatomeje". Povod intervjua je bio novoobjavljeni znanstveni rad i otkriće šest novih vrsta dijatomeja (link na rad) iz Jadranskog mora, koje su opisane koristeći morfološki i molekularni pristup, metodologija koja će se koristiti i u sklopu TurtleBIOME projekta.

Emisija je dostupna za preslušavanje na poveznici:

http://radio.hrt.hr/aod/planktonske-dijatomeje/252118/

 

19. travnja 2018. doc. dr. sc. Sunčica Bosak gostovala je u emisiji HRT-a "Prometej" emitiranoj u 14 30 na Prvom programu HRT-a gdje je ukratko predstavljen njen dosadašnji i budući znanstveno-istraživački rad u dijelu emisije pod nazivom: "Znanost s potpisom"

Sadržaj emisije je dostupan na HRTi platformi na sljedećoj poveznici:

https://hrti.hrt.hr/video/show/4601110/

19. travnja 2018.  doc.dr.sc. Sunčica Bosak održala je predavanje pod nazivom "Mikrobiom morskih kornjača" u sklopu Festivala Znanosti u Tehničkom muzeju u Zagrebu u sklopu kojeg je prezentirala najnovija otkrića na području istraživanja mikrobioma čovjeka, koncept holobionta te ostale zanimljivosti vezane uz istraživanja mikrobioma na svjetskoj razini. Također, predstavljena su planirana istraživanja u Jadranu planirana u sklopu  TurtleBIOME projekta. 

Sažetak je dostupan na sljedećoj poveznici:

http://www.festivalznanosti.hr/2018/node/812

 

 

 

 

 

 

5. travnja 2018 doc.dr.sc. Sunčica Bosak gostovala je na radio Sljemenu u emisiji Iz svijeta znanosti,  pod naslovom: Caretta carreta;  Svijet na leđima kornjače, ali i onaj u njoj, otkrit će potraga za epizoičkim i endozoičkim mikrobiomom Carettae Carettae! gdje je predstavila projekt HRZZ-a. 

Emisija je dostupna za preslušavanje i skidanje na poveznici: http://radio.hrt.hr/ep/caretta-caretta/249400/

Ožujak 2018

U Knjižnici Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti u ponedjeljak 12. ožujka 2018. predstavljeni su projekti koja financira Hrvatska zaklada za znanost u sklopu programa „Uspostavni istraživački projekti“.

U sklopu predstavljanja projekata HRZZ-a, doc. dr. sc.Sunčica Bosak  predstavila je projekt „Mikrobiom glavate želve Caretta carretta: uvid u epizoičke i endozoičke zajednice.“

 

 

 

 

 

 

 

Prezentacija i opis predavanja je dostupan na mrežnim stranicama Zaklade:

http://www.hrzz.hr/default.aspx?id=2483

Snimka predavanja je dostupna na HRZZ You Tube kanalu (21:00 – 38:00)

https://www.youtube.com/watch?v=9NRMHfPRFJE

17. ožujka 2018. u Jutarnjem listu objavljen je članak novinarke Tanje Rudež pod naslovom: „Ovo su najbolji projekti naših mladih istraživača: Predstavljamo četiri najzanimljivija pothvata koja će lansirati karijere naših znanstvenika”u kojemu je  u sklopu izvještaja s HRZZ predstavljanja prikazan i TurtleBIOME projekt 

https://www.jutarnji.hr/life/znanost/ovo-su-najbolji-projekti-nasih-mladih-istrazivaca-predstavljamo-cetiri-najzanimljivija-pothvata-koja-ce-lansirati-karijere-nasih-znanstvenika/7141047/