Zavod za molekularnu biologiju osnovan je 1989. godine s ciljem unapređivanja bioloških istraživanja na molekularnoj razini te s ciljem osnivanja studijskog programa iz molekularne biologije. Od 2004. godine Zavod se nalazi na Horvatovcu 102a. Istraživanja na Zavodu za molekularnu biologiju odvijaju se u okviru desetak znanstveno-istraživačkih projekata. Molekularno-biološka istraživanja provode se na biljnim i životinjskim modelima, a intenzivna su istraživanja i iz područja biomedicine i bioinformatike. U prostoru Zavoda djeluje i Laboratorij za elektronsku mikroskopiju Biološkog odsjeka.

Zavod je odgovoran za održavanje nastave u okviru preddiplomskog i diplomskog studijskog programa Molekularna biologija kao i za nastavu iz općih kolegija kao što su Biologija stanice i Genetika na svim studijskim programima biološkog odsjeka. Osim nastavnika biološkog odjeka u nastavi sudjeluju znanstvenici iz različitih znanstvenih institucija, prije svega Instituta Ruđer Bošković.