Zavod je osnovan 2010. godine, iako mikrobiologija predstavlja znanstvenu i nastavnu problematiku Biološkog odsjeka već više od pola stoljeća. Kroz to su se vrijeme profilirala dva laboratorija u kojima se najmanji i najjednostavniji biološki entiteti istražuju sa molekularno-biološkog i ekološkog aspekta. Suvremena koncepcija biologije podrazumijeva razdiobu živoga svijeta u tri domene, od čega su dvije (Bacteria, Archaea) u potpunosti, a jedna (Eukarya) djelomično predmet bavljenja mikrobiologije. Ako se tome pridodaju virusi i subvirusni entiteti, i ako se vodi računa o značenju navedenih bioloških subjekata kao uzročnika bolesti, dominantnih ekoloških i evolucijskih čimbenika, pionirskih, ali i danas nezamjenjivih modela u molekularnoj biologiji i „alata“ u biotehnologiji i genskoj terapiji, lako je prepoznati posebnost i značaj mikrobiologije kao biološke grane.