KLARA FILEK - OBRANA DOKTORSKOG RADA

Naslov:

Diversity of diatom and bacterial communities associated with loggerhead sea turtles (Caretta caretta)

Raznolikost mikrobnih zajednica dijatomeja i bakterija glavatih želvi (Caretta caretta)

Utorak, 29. studenog 2022. godine u 14.00 sati

u Vijećnici Biološkog odsjeka PMF-a, Rooseveltov trg 6, Zagreb

Povjerenstvo za obranu imenovano je u sastavu:

Izv. prof. dr. sc. Tomislav Ivanković, PMF, Zagreb

Izv. prof. dr. sc. Zrinka Ljubešić, PMF, Zagreb

Prof. dr. Wim Vyverman, Sveučilište u Gentu, Gent, Belgija

Zamjena: izv. prof. dr. sc. Ana Bielen, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb

Mentorica: Izv. prof. dr.sc. Sunčica Bosak, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb

Sažetak:

Loggerhead sea turtles are ancient marine reptiles inhabiting the oceans worldwide. They are colonized by microorganisms both in the gastrointestinal tract and on their carapace and skin. In this thesis, which consists of four scientific publications, the loggerhead sea turtle-associated diatom and bacterial communities were investigated by high-throughput sequencing of chloroplast rbcL gene and 16S rRNA gene, and cultivation. The culture-independent approach has shown that loggerheads harbor diverse but stable bacterial communities in their cloaca, and that the oral microbiota reflects the turtle’s environment. The carapace and skin harbor complex microbial communities often rich in as yet unclassified taxa. Diatoms isolated from carapace and skin were cultivated as xenic monocultures and further characterized using morphology and molecular techniques to elucidate their identity and phylogeny. Novel diatom taxa were discovered, often belonging to the genera Craspedostauros, Fallacia, or Amphora genus. Cultivated diatoms also enabled the characterization of the phycosphere and isolation of diatom-associated bacterial strains.

Glavate želve drevni su morski gmazovi koji nastanjuju svjetska mora i oceane. Njihov probavni sustav te oklop i koža kolonizirani su mikroorganizmima. U ovoj disertaciji čiji su rezultati predstavljeni u sklopu četiri znanstvene publikacije, mikrobne zajednice dijatomeja i bakterija glavatih želvi analizirane su koristeći molekularne metode sekvenciranja visoke protočnosti kloroplastnog rbcL gena i 16S rRNA gena te kultiviranjem. Rezultati metoda neovisnih o kultivaciji pokazali su da su bakterijske zajednice u kloaki glavate želve raznolike ali stabilne te da oralna mikrobiota reflektira okoliš u kojem se kornjača nalazi. Karapaks i koža podloga su složenim mikrobnim zajednicama u kojima su često prisutni još uvijek nepoznati mikroorganizmi. Dijatomeje izolirane s karapaksa i kože kultivirane su kao ksenične monokulture te su morfološke i molekularne metode korištene za njihovu identifikaciju i određivanje filogenije. Otkrivene su nove svojte dijatomeja unutar rodova Craspedostauros, Fallacia i Amphora. Kultivacija dijatomeja također je omogućila analizu fikosfere te izolaciju pripadajućih bakterijskih sojeva.