Izbornik
 

PROJEKT ProtModStruct​

IP-2014-09-4274

Trajanje:

01.06.2015. – 31.05.2019.

 

Financiranje / Funding:
HRVATSKA ZAKLADA ZA ZNANOST

 

 

 

 

 

 

VODITELJ PROJEKTA / PRINCIPAL INVESTIGATOR: prof. dr. sc. Dubravka Matković-Čalogović

 

INSTITUCIJE KOJE SUDJELUJU U PROJEKTU / INSTITUTIONS

Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilište u Zagrebu, Zagreb, Hrvatska

Institut za medicinska istraživanja i medicinu rada, Zagreb, Hrvatska

Odsjek za biomedicinske znanosti, Sveučilište u Padovi, Padova, Italija

Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, Düsseldorf, Njemačka

National Institute of Chemistry, Slovenian NMR Centre


NAZIV PROJEKTA / PROJECT TITLE

Esencijalni metalni ioni u proteinima iz Helicobacter pylori i modelnim spojevima - struktura i funkcija/svojstvo

 


SAŽETAK / ABSTRACT

U okviru istraživanja na ovom projektu želimo strukturno karakterizirati nekoliko proteina iz Helicobacter pylori (i odrediti njihovu funkciju) kao i modelne komplekse malih molekula sa esencijalnim metalnim ionima i biološki važnim ligandima (i odrediti njihova svojstva). Prioritetni će biti metali koji se nalaze u metaloproteinima iz H. pylori. Svjetska zdravstvena organizacija proglasila je H. pylori karcinogenom 1. klase te je važna meta istraživanja zbog svoje patogenosti. Proteini HypA i HypB su važni za pravilnu konstrukciju metalnog centra [Ni,Fe] hidrogenaze i urease. Proteini CrdA i CrdB potrebni su za održavanje koncentracije slobodnih iona bakra u citoplazmi ispod toksične razine. Namjeravamo klonirati, eksprimirati, pročistiti i karakterizirati kompleks HypA-HypB te proteine CrdA i CrdB biofizičkim i strukturnim metodama (termalna stabilnost, cirkularni dikroizam, određivanje konstante disocijacije bakrovog iona, rentgenska difrakcija, 3D NMR). Želimo odrediti funkciju metalošaperona u unutarstaničnoj regulaciji nikla (HypA-HypB) kao i mehanizam regulacije koncentracije bakra (CrdA, CrdB).

Istraživat ćemo komplekse metala (bakra, nikla, željeza i drugih esencijalnih metala) s ciljem da odredimo preferirano koordinacijsko okruženje metala s aminokiselinama i derivatima aminokiselina (N-alkiliranih, amida, peptida, peptida bogatih metioninom i drugih) te dobijemo informaciju o specifičnosti aminokiselinskog ili peptidnog pokrajnjeg lanca prema različitim metalnim ionima. Komplekse ćemo sintetizirati te ih karakterizirati termičkim i spektroskopskim metodama i rentgenskom strukturnom analizom. Konstruirat ćemo konformacije bakrovih kompleksa s aminokiselinama te optimizirati njihovu geometriju pomoću kvantno-kemijskih proračuna da bismo istražili njihove moguće ravnotežne geometrije.

 


PROJEKTNI TIM / PROJECT TEAM

PMF, Sveučilište u Zagrebu:  prof. dr. sc. Dubravka Matković-Čalogović, izv. prof. dr. sc. Draginja Mrvoš-Sermek, izv. prof. dr. sc. Biserka Prugovečki, doc. dr. sc. Ivica Đilović, doc. dr. sc. Nenad Judaš, doc. dr. sc. Ivana Biljan, dr. sc. Neven Smrečki-Lolić, mr. sc. Marina Tašner, dr. sc. Ivana Kekez, mag. chem. Darko Vušak

Institut za medicinska istraživanja i medicinu rada: dr. sc. Marijana Marković

Odsjek za biomedicinske znanosti, Sveučilište u Padovi: Giuseppe Zanotti,

National Institute of Chemistry, Slovenian NMR Centre: Janez Plavec

Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf: dr. sc. Dalibor Milić

 

 

SUDJELOVANJA NA KONFERENCIJAMA

D. Vušak, B. Prugovečki, D. Matković-Čalogović, Synthesis and structural characterization of a copper(II) complex with 1,10-phenantroline and l-serine, 15th International Symposium and Summer School on Bioanalysis, Targu Mures, Rumunjska, 13–18. srpnja 2015., Abstr. 42.

I. Pulić, G. Zanotti, D. Matković-Čalogović, Kloniranje i ekspresija različitih varijanti proteina HP1326 iz bakterije Helicobacter pylori, XI. Susret mladih kemijskih inženjera, Zagreb, Hrvatska, 18. i 19. veljače 2016., Abstr. 113.

N. Smrečki, E. Šimunić, D. Matković-Čalogović, Kompleksi bakra(II) s glicinamidom. Strukturna, spektroskopska i termička karakterizacija, XI. Susret mladih kemijskih inženjera, Zagreb, Hrvatska, 18. i 19. veljače 2016., Abstr. 98.

D. Vušak, N. Smrečki, D. Matković-Čalogović, B. Prugovečki, Sinteza i karakterizacija koordinacijskog polimera bakra mješovitog oksidacijskog stanja CuI/CuII, XI. Susret mladih kemijskih inženjera, Zagreb, Hrvatska, 18. i 19. veljače 2016., Abstr. 166.

 

 

USAVRŠAVANJE SURADNIKA

Darko Vušak, 15th International Symposium and Summer School on Bioanalysis, 13/07/2015 -18/07/2015, University of Medicine and Pharmacy of Targu Mures, Rumunjska

Darko Vušak, ICDD powder diffraction workshop, 23/08/2015 - 23/08/2015, Rovinj, Hrvatska

Ivana Kekez, Young Crystallographers’ Meeting 23/08/2015 -  23/08/2015, Rovinj, Hrvatska

Ivana Kekez, Dubravka Matković-Čalogović, Elettra Sincotrone Trieste, 21/09/2015 - 22/09/2015, Trst, Italija

Ivana Kekez, University of Padua, Department of Biomedical Sciences, 22/10/2015 - 23/10/2015, Padova, Italija

Ivana Kekez, Dubravka Matković-Čalogović, Ivica Đilović, Elettra Sincotrone Trieste 26/11/2015 - 27/11/2015, Trst, Italija

Ivana Kekez, University of Padua, Department of Biomedical Sciences,  20/03/2016 - 23/03/2016, Padova, Italija

 


Tražilica
 

 

 

Sva prava pridržana. Kemijski odsjek Prirodoslovno-matematičkog fakulteta
Sveučilište u Zagrebu