Visokoprotočno Nanopore-sekvenciranje mikrobnih genoma u rješavanju problema dijagnostike i epidemiologije biljnih patogena

Projektni akronim: NanoPhyto
Izvor financiranja: Hrvatska zaklada za znanost
Trajanje: 01. 10. 2020 – 15. 01. 2024.
Voditelj projekta: Prof. dr. sc. Dijana Škorić
Sredstva: 1.310.252,50 hrk
Broj i vrsta projekta: IPS-2020-01-2960 (Istraživački projekti – Slovensko-hrvatski bilateralni projekti)

Sažetak:
Cilj projekta NanoPhyto je korištenje sustava za uzgoj rajčice kao sustava za razvoj i poboljšanje Nanopore-tehnologije sekvenciranja visoke protočnosti (HTS) u otkrivanju složenih etiologija biljnih bolesti. Biljne bolesti mogu imati složenu etiologiju koja podrazumijeva kompleks biljnih patogena. Kompleks može uključivati jedan ili više vrsta virusa s različitim tipovima genoma (npr. dvolančani DNA, jednolančani RNA, dvolančani RNA), viroide (male kružne RNA kao značajne biljne patogene), ponekad i fitoplazme, te njihove kombinacije. Divlje biljke izvan granica područja uzgoja rajčice bit će uključene u analize kao potencijalni rezervoarni domaćini patogena. Osim toga, testirat će se voda za navodnjavanje za koju je zabilježeno da može poslužiti za rasprostranjivanje biljnih patogena, ali još uvijek je to slabo istražen način prijenosa bolesti. Ovaj pristup trebao bi pružiti uvid u molekularnu epidemiologiju bolesti rajčice i ekologiju odabranih (agro)ekosustava. Dobiveni „metagenomski snimak situacije“ istraživanih (agro)ekosustava rajčice unaprijedit će biljnu virologiju i općenito mikrobnu ekologiju u Hrvatskoj. Pod vodstvom slovenskog tima projekt će s jedne strane osigurati sustav testiranja za poboljšanje primjene Nanopore HTS u fitopatologiji i mikrobiologiji okoliša. Osim unaprjeđenja istraživačkih kapaciteta hrvatskog tima, uvest će u Hrvatsku nove HTS tehnologije u biljnoj molekularnoj mikrobiologiji i pružiti nove podatke o pojavi i raznolikosti virusa rajčice i drugih virusima sličnih patogena. Ovakav uvid u bolesti rajčice može rezultirati novim idejama za razvoj strategija suzbijanja tih bolesti temeljenim na znanju molekularne epidemiologije i ekologije.