Novosti

Poslijedoktorandica Maja Mucko na radionici ForBIO, Drꬾbak, Norveška

Od 7. do 14. listopada 2022. poslijedoktorandica Maja Mucko sudjelovala je na radionici u organizaciji ForBIO na temu „Population genetics of polyploids, from theory to practice“. Radionicu je pohađalo 14 polaznika te 6 nastavnika, renomiranih znanstvenika iz polja populacijske genetike poliploidnih organizama iz cijeloga svijeta. Sama radionica održala se pod punim pokroviteljstvom Sveučilišta u Oslu i organizacije ForBIO. 
Na radionici su se obradile različite teme, od teorije populacijske genetike i statističkih populacijskih parametara, analize populacijskih podataka sa programima PolyGene, Structure i programskim jezikom R (adegenet paket), do detekcije gena koji sudjeluju u adaptivnim strategijama populacija. Ova radionica imala je i uvodni jednodnevni simpozij koji se održao online u ožujku, a imati će i follow-up simpozij u online formi idući ožujak iz razloga održavanja znanstvene zajednice aktivnom.
Poslijedoktorandica je uspješno savladala vježbe na radionici i prezentirala dodijeljeni projekt ppt prezentacijom.

 Terensko istraživanje Festuca

U razdoblju od 28. lipnja do 4. srpnja 2022. članovi projektnog tima sakupili su četiri populacije roda Festuca. Sa klasičnog lokaliteta u blizini Băile Herculane u Rumunjskoj sakupljena je Festuca xanthina, dok je sa klasičnog lokaliteta na planini Kyllini na Peloponezu sakupljena F. cyllenica. Posljednje navedena vrsta sakupljena je također na planinama Olimp i Dirfi u Grčkoj.

 

Održan 12. projektni sastanak

12. projektni sastanak održan je 01. 04. 2022. u prostorijama Biološkog odsjeka, Marulićev trg 20. Sastanku su uživo prisustvovali članovi istraživačkog tima: dr.sc. Ivana Rešetnik, izv.prof.dr.sc. Ivica Ljubičić, poslijedoktorandica dr. sc. Maja Mucko, doktorandica Ana Terlević mag. biol. exp. te suradnik na projektu izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović. Na sastanku su izložena dosadašnja stanja radnih zadataka, plan za buduće projektno razdoblje te analize i diseminacije koje su u tijeku.

Doktorandica Ana Terlević pohađala je Transmitting Science tečaj “Introduction to Bayesian Inference in Practice”. Tečaj je održan uživo online preko platforme Zoom od 4. do 8. travnja 2022. i pružio je relevantne koncepte i osnovnu teoriju iz Bayesovske statistike sa fokusom na praktični dio koji je uključivao pisanje koda. Dokorandica je naučila kako implementirati najčešći algoritam za procjenu parametara na temelju posteriornih vjerojatnosti, a to je algoritam Markovljevih lanaca Monte Carlo, koristeći R softver. Tečaj su vodili računalni biolozi Dr. Daniele Silvestro sa Sveučilišta u Fribourgu (Švicarska) i Tobias Andermann sa Sveučilišta u Gothenburgu (Švedska).

Voditeljica projekta, dr.sc. Ivana Rešetnik, suradnica dr.sc. Martina Temunović i poslijedoktorandica dr.sc. Maja Mucko sudjelovale su na online radionici pod nazivom „RADseq for phylogenOMICs“ u organizaciji Albrecht-Haller-instituta za biljne znanosti Sveučilišta u Goettingen-u. Radionica je organizirana tijekom 5. i 6. travnja 2022. u trajanju od 10-17h, a program je obuhvatio brojne teme iz populacijske genetike i RADseq sekvenciranja te obrade podataka dostupnim programima i alatima. Polaznici su dobili osvrt RADseq metodologije i pripreme knjižnice za NGS sekvenciranje; obrade podataka putem STACKS i ipyrad programa; analize hibridnih zona; korištenja podataka dobivenih RADseq metodom za filogenenetičke alate i analize; kombiniranja RADseq i WGS (whole genome sequencing) podataka; izrađivanja filogenetičkih mreža sa SNP podatcima te bayesovskog genotipziranja u poliploidnim vrstama metodom polyRAD. 

Poslijedoktorandica dr.sc. Maja Mucko sudjelovala je na tečaju „Statistical Analyses with R” u organizaciji Transmitting Science grupacije u trajanju od 21. do 25. veljače 2022. Tečaj se u potpunosti održao online, ukupno 26 sati. Tečaj je obuhvatio prezentacije i vježbe u programskom jeziku R, a teme su bile univarijantne i multivarijantne statističke analize. Predavanja i vježbe bile su organizirane kroz četiri modula, a polaznici su naučili:

  • učitati i pripremiti podatke za analizu koristeći pakete tidyverse, dplyr, readxl i readr; 
  • istražiti podatke kroz varijaciju, ko-varijaciju, normalnu distribuciju podataka, detektiranje ‘outlier’-a,
  • testirati podatke sa linearnim regresijama, ko-linearnost, homogenost varijance, interakcije i samostalnost varijabli
  • testirati podatke statističkim metodama poput linearne regresije, ANOVA-e, koristeći generalizirane linearne modele i aditivne modele
  • izraditi (nacrtati) grafove koristeći paket ggplot2
  • izračunati i nacrtati 'unconstrained' PCA i nMDS te 'constrained' RDA i CCA multivarijantne statističke analize koristeći pakete vegan i ade4.

Poslijedoktorandica je na tečaju osvojila nagradu najboljeg polaznika, za što će dobiti i prigodnu nagradu. 

Poslijedoktorandica dr.sc. Maja Mucko sudjelovala je na tečaju „RADseq data analysis“ u organizaciji tvrtke Physalia (Berlin, Njemačka) u trajanju od 8. do 12. studenog 2021. 
Tečaj je obuhvatio vježbe u linuxu unutar Amazon servera; predavanja i praktični rad u sklopu de_novo preslagivanja genetičkih podataka u svrhu identificiranja polimorfnih varijanti unutar genoma (SNPs) te identificiranje SNP-ova prema referentnim genomima te rad sa genotipskim podacima nakon obrade sekvenci dobivenih metodom sekvenciranja sljedeće generacija na Illumina platformi. Tečaj je trajao ukupno 30 sati. Znanje dobiveno na ovom tečaju omogućiti će izvršavanje ključnih segmenata projekta jer se upravo bazira na obradi genetičkih podataka i populacijsko-genetičke analize na rodovima Festuca i Dianthus.


Doktorand Marko Doboš i doktorandica Ana Terlević boravili su na Institutu za botaniku Sveučilišta u Innsbrucku (Austrija) od 19. rujna do 2. listopada 2021., gdje su u suradnji s istraživačkom grupom Evolutionary Systematics voditelja Prof. Petera Schönswettera, koristili laboratorij s protočnim citometrom.

Metodom protočne citometrije mjerili su relativnu veličinu genoma uzoraka vrsta Dianthus sylvestris i Festuca bosniaca sakupljenih tijekom terenskog rada u 2021. godini. 

Cilj ovih mjerenja je procijeniti stupanj ploidije uzoraka te utvrditi varijabilnost veličine genoma između populacija sakupljenih na Balkanu. Izmjereno je ukupno oko 190 uzoraka iz kompleksa vrsta Festuca bosniaca i oko 300 uzoraka iz kompleksa vrsta Dianthus sylvestris

Boravak doktoranata u Innsbrucku je također ostvaren zahvaljujući bilateralnom hrvatsko-austrijskom projektu koji istražuje evoluciju veličine genoma i poliploidizaciju u vrste D. sylvestris, a čiji je voditelj izv. prof. dr. sc. Sandro Bogdanović.

Održan 11. projektni sastanak
 

11. projektni sastanak održan je 13. 09. 2021. u prostorijama Agronomskog fakulteta (Svetošimunska cesta 25).
Sastanku su uživo prisustvovali članovi istraživačkog tima: dr.sc. Ivana Rešetnik, izv.prof.dr.sc. Ivica Ljubičić, poslijedoktorandica dr. sc. Maja Mucko, doktorandi Ana Terlević mag. biol. exp. i Marko Doboš mag. oecol. et prot. nat.te suradnici na projektu izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović i doc.dr.sc. Martina Temunović, koja se pridružila putem zoom platforme. 
Na sastanku su izložena dosadašnja stanja radnih zadataka, izvješće za prethodno projektno razdoblje te radni planovi za buduće obrade podataka prikupljenih na terenskim istraživanjima tijekom srpnja i kolovoza, buduće analize i diseminacije.

Doktorandica Ana Terlević sudjelovala je na on-line tečaju u organizaciji Transmitting Science, pod nazivom “Environmental variables: how to obtain and process them with R”.
Tečaj se održao 9. i 10. rujna 2021., a se doktorandica upoznala s nekoliko baza podataka koje sadrže klimatske, topografske i antropogene varijable. Naučila je kako preuzimati rastere varijabli, ekstrahirati vrijednosti piksela, pretvoriti kategoričke varijable u kontinuirani oblik, te kako prilagoditi prostorni doseg i rezoluciju različitih rastera. Praktični dio tečaja izvodio se u R Studio okruženju.

Dianthus ciliatus s.l. populacije 

Populacije Dianthus ciliatus s.l. u NP Kornati


Kroz srpanj i kolovoz, prof.dr.sc. Sandro Bogdanović, suradnik na projektu, sakupio je 17 populacija kompleksa Dianthus ciliatus s.l., jednu populaciju vrste Dianthus sylvestris i dvije populacije roda Aurinia. Populacije su sakupljene u Dalmaciji, Istri, Crnoj Gori i Albaniji.

Populacije Dianthus ciliatus ssp. dalmaticus na Kozjaku



Populacije Dianthus ciliatus ssp. medunensis u Albaniji, Kruje

Terensko istraživanje u ALPAMA

Od 1. do 5. kolovoza 2021., vanjski suradnik na projektu, mag. dr. Božo Frajman (docent na Institutu za Botaniku, Sveučilišta u Innsbrucku) i doktorand Marko Doboš prikupljali su uzorke roda Festuca u talijanskim i austrijskim Alpama. 

Prikupljati smo počeli u prekrasnim talijanskim Dolomitima, u području Seiser Alm (Alpe di Siusi) u Parku prirode Sciliar-Catinaccio, a već isti dan uzorkovali smo na graničnom području Austrije i Italije, u masivu poznatom kao Villgratner Berge (Defreggengebirge) iznad sela Kalkstein u Austriji. 

 

Sutradan smo uzorkovali oko planinskih prijevoja Turracher Höhe u masivu Gurktaler Alpen i Sölk Pass u masivu Niskih Tura (Niedere Tauern). Malo zahtjevnije Enštalske Alpe (Ennstaler Alpen), odnosno vrh Hochtor na red je došao idući dan, a zatim smo prikupili i srodne vrste koje rastu na relativno manjim visinama, istočno od sela Admont, iznad rijeke Enns na padinama Kalkalpen te oko jezera Leopoldsteiner See, na grebenu Seemauer, koji je dio Hochschwab Alpi. 

Ukupno smo sakupili 10 novih populacija roda Festuca.

Terensko istraživanje Balkan

Tijekom srpnja došao je red i na terensko sakupljanje materijala po Balkanu.
Od 15. do 26.7.2021. obišli smo na tisuće kilometara po cijelome Balkanu u potrazi za biljkama iz rodova Festuca, Dianthus i Aurinia. Teren su obavili voditeljica dr.sc. Ivana Rešetnik, suradnik na projektu izv. prof. dr. sc. Ivica Ljubičić i doktorand Marko Doboš. 

Uzorkovanje smo započeli u Bugarskoj gdje smo se popeli na najviši vrh Pirina, Vihren, a idući dan već smo bili na najvećem vrhu planina Slavyanka, Gotzev, u predjelu Ali Botush koji se nalazi na bugarsko-grčkoj granici. 

 

Prešli smo u Grčku i isti dan uzorkovali na planinama Vrontous i Menikion, a idući dan se penjali na Dudicu (Visogrand) na grčko-makedonskoj granici gdje nas je ulovilo nevrijeme no unatoč tome uspjeli smo uzorkovati. Zatim je uslijedio Kajmakčalan (Nidže), također na grčko-makedonskoj granici, a onda smo prešli u Makedoniju gdje smo bili na planini Bistri i vrhu Kobilica na Šar Planini. Iduće mjesto gdje smo uzorkovali je predio Mali me Gropa u Albaniji, istočno od Tirane, čiji nestvarni krajolik nalikuje Mjesečevoj površini. 



Nakon toga uputili smo se na sjever prema Prokletijama, u kanjon rijeke Valbone poslije kojega je slijedila duga vožnja vijugavim cestama do Skadra. U Crnoj Gori uzorkovali smo uz ceste, a idući dan bili smo na Hrgudu i planini Velež u Bosni i Hercegovini. 

Ukupno smo sakupili novih 14 novih populacija roda Festuca i 12 novih populacija roda Dianthus
Prekrasni planinski krajolici, nevjerojatne vrste i divni ljudi koje smo sreli putem učinili su ovo zahtjevno terensko uzorkovanje nezaboravnim iskustvom! 

Doktorandica Ana Terlević i suradnik na projektu Ivica Ljubičić  su 16. lipnja 2021. na vrhu Klečica kraj Ogulina sakupili su uzorke listova Dianthus sylvestris za molekularne analize.

Terensko istraživanje u Italiji

Od 28.6.2021 do 11.7.2021. voditeljica dr.sc. Ivana Rešetnik, suradnici na projektu dr.sc. Sandro Bogdanović i dr.sc. Martina Temunović te doktorandica Ana Terlević bili su na terenskom istraživanju u Italiji.
Svrha terena je bilo prikupljanje materijala roda Festuca i roda Dianthus, amfijadranskih biljaka koje se istražuju u sklopu projekta. Donosimo kratki izvještaj terenskog istraživanja popraćenog kartom puta te fotografijama terenskog rada i biljnih svojti zabilježenih na terenu:
Posjetili smo 6 nacionalnih parkova (Nacionalni park Gran Sasso & Monti della Laga i Nacionalni park Maiella u pokrajini Abruzzo, Nacionalni park Gargano u pokrajini Puglia, Nacionalni park Cilento & Vallo di Diano u pokrajini Campania, Nacionalni park Appennino Lucano - Val d'Agri - Lagonegrese i Nacionalni park Pollino u pokrajini Basilicata);

Popeli smo 10 planinskih vrhova (Monte Velino, Monte Porrara i Monte Rotella u pokrajini Abruzzo, Monte Cotento u pokrajini Lazio, Monte Cervialto i Monte Cervati u pokrajini Campania, Monte Sirino, Serra del Prete, Monte Pollino i Serra Dolcedorme u pokrajini Basilicata); 



Obišli smo staništa u rasponu od 3 do 2139 m nadmorske visine; prehodali smo pašnjake, kamenjare i šume; 

 

Ukupno smo skupili oko 90 jedinki roda Festuca i oko 190 jedinki roda Dianthus, a usput smo uživali u flori Italije i društvu konja i krava na planinskim pašnjacima.

  


Od 28. lipnja do 01. srpnja 2021. godine poslijedoktorandica dr.sc. Maja Mucko sudjelovala je na on-line tečaju „Programiranje u Pythonu (D460)”. Tečaj je organiziralo Sveučilište u Zagrebu, Sveučilišni računski centar Srce. Na tečaju su obrađene napredne funkcije strukturnog i objekntog programiranja, algoritmi sortiranja i oblikovni obrasci. T
ečaj je ukupno trajao 4 dana po 4 školska sata.
Polaznici su naučili kreirati jednostavne programe koristeći navedene funkcije, algoritme i obrasce.

Više o tečaju na poveznici: https://lms3.srce.hr/moodle/course/view.php?id=175

Od 23. do 25. lipnja 2021. godine doktorandica Ana Terlević, poslijedoktorandica dr.sc. Maja Mucko, suradnica na projektu dr.sc. Martina Temunović i voditeljica projekta dr.sc. Ivana Rešetnik sudjelovale su na on-line tečaju “ Korištenje računalnog klastera Isabella”. Tečaj je organiziralo Sveučilište u Zagrebu, Sveučilišni računski centar Srce. Na tečaju su obrađene osnovne funkcije, naredbe, moduli, paketi i rad s datotekama u okvirima HTC Cloud klastera istovjetnog računalnom klasteru Isabella koji je na raspolaganju akademskoj zajednici. Tečaj je ukupno trajao 2 dana po 4 školska sata sa dodatnim 3. danom za pitanja i ponavljanje. Polaznici su naučili pristupiti klasteru, postavljati poslove i upravljati poslovima na klasteru.

Više o tečaju na poveznici: https://lms3.srce.hr/moodle/course/view.php?id=187

Od 8. do 11. lipnja 2021. godine poslijedoktorandica Maja Mucko sudjelovala je na on-line tečaju “ Osnove programiranja (Python) - webinar (D450)”. Tečaj je organiziralo Sveučilište u Zagrebu, Sveučilišni računski centar Srce. Na tečaju su obrađene osnovne funkcije, naredbe, moduli, paketi i rad s datotekama u okvirima osnova strukturnog programiranja s Python programskim jezikom. Tečaj je ukupno trajao 4 dana po 4 školska sata, a polaznici su kroz rješavanje problemskih zadataka učili logiku programiranja u Pythonu. 

Više o tečaju na poveznici: https://lms3.srce.hr/moodle/course/view.php?id=160

Slika: Predavanja u sklopu tečaja putem sustava za webinare SRCE

Od 26. do 30. travnja 2021. godine doktorandica Ana Terlević sudjelovala je na on-line tečaju “Introduction to Bioinformatics”.
Tečaj je organizirala škola Research School in Biosystematics – ForBio. Na tečaju su obrađene sljedeće teme: uvod u UNIX i komandnu liniju, korištenje norveškog akademskog HPC sustava – Saga, upoznavanje sa različitim formatima datoteka za biološke analize (FASTA, FASTQ, BAM, SAM, VCF), izvođenje BLAST poravnavanja, provođenje filogenetske analize, kao i korištenje R/R Studio za rad s podacima i njihovu vizualizaciju.
Link na tečaj: https://www.forbio.uio.no/events/courses/2021/bioinfo_intro_2021.html


 

Održan deseti projektni sastanak

Deseti projektni sastanak održan je 08. 04. 2021. u prostorijama Agronomskog fakulteta (Svetošimunska cesta 25).
Sastanku su prisustvovali članovi istraživačkog tima: dr.sc. Ivana Rešetnik, izv.prof.dr.sc. Ivica Ljubičić, poslijedoktorandica dr. sc. Maja Mucko, doktorandi Ana Terlević mag. biol. exp. i Marko Doboš mag. oecol. et prot. nat., suradnici na projektu izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović i doc.dr.sc. Martina Temunović i vanjski suradnik Božo Frajman.


Zaposlena poslijedoktorandica Maja Mucko

06. travnja 2021. na projektu nam se pridružila poslijedoktorandica dr. sc Maja Mucko.
Maja će provoditi analize vezane uz populacijsku genetiku i filogeniju vrste Festuca bosniaca, odnosno grupe Festuca varia. Dobrodošla!

Voditeljica Ivana Rešetnik na tečaju "Morphological phylogenetics: principles, applications, and techniques"
Dr. sc. Ivana Rešetnik je u periodu 15.-26. veljače 2021. godine pohađala on-line tečaj "Morphological phylogenetics: principles, applications, and techniques". Na tečaju su obrađene teme vezane uz filogenetsku obradu morfometrijskih podataka te njihovu integraciju u zajedničke analize s genetskim podacima.

Suradnik Ivica Ljubičić na tečaju "Species Distribution Modeling using R"
Suradnik izv.prof.dr.sc. Ivica Ljubičić je u periodu 25.-29. siječnja 2021. godine pohađao znanstvenu radionicu "Species Distribution Modeling using R" na kojem je sudjelovalo 20ak članova raznih znanstveno-nastavnih institucija iz cijeloga svijeta.

 

Voditeljica Ivana Rešetnik na tečaju "Introduction to Python for Biology"
Dr. sc. Ivana Rešetnik je u periodu 11.-15. siječnja 2021. godine pohađala on-line tečaj "Introduction to Python for Biology". Na tečaju su obrađene teme vezane uz programski jezik Python koji je potreban za bioinformatičke analize NGS podataka.

 

Održan deveti projektni sastanak

Deveti projektni sastanak održan je 21. 01. 2021. u prostorijama Agronomskog fakulteta (Svetošimunska cesta 25). Sastanku su prisustvovali članovi istraživačkog tima: dr.sc. Ivana Rešetnik, izv.prof.dr.sc. Ivica Ljubičić, doktorandi Ana Terlević mag. biol. exp. i Marko Doboš mag. oecol. et prot. nat., te suradnici na projektu izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović i doc.dr.sc. Martina Temunović.

Radne aktivnosti doktoranda Marka Doboša

Priprema uzoraka roda Festuca za izolaciju DNA u molekularnom labosu za sistematiku bilja u Zagrebu.

 

Bojenje prereza listova roda Festuca te izrada trajnih preparata – (slika lijevo).
Fotografiranje mikroskopskih preparata uzoraka Festuca bosniaca – (slika desno).

Radne aktivnosti doktorandice Ane Terlević

 

Morfometrijska mjerenja uzoraka Dianthus sylvestris.

 

Proces isklijavanja sjemenki roda Dianthus.

Objavljen natječaj za poslijedoktoranda II na projektu

30.12.2020. na stranicama Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, u Narodnim novinama (https://narodne-novine.nn.hr/clanci/oglasi/o8309621.html) i na EURAXESS portalu objavljen je natječaj za poslijedoktoranda II na projektu. Kandidati moraju ispunjavati uvjet: Doktorat iz područja prirodnih znanosti (bioloških/biokemijskih) ili srodnih znanosti (biotehničkih), a poželjne dodatne vještine su: izvrsno poznavanje engleskog jezika u govoru i pismu.
Prednost će imati pristupnici s iskustvom u (jednom ili više slijedećih područja): znanstvenim istraživanjima u botanici, radu u molekularnom laboratoriju, računalnim analizama genomskih podataka i/ili općenito u statističkoj obradi velikih količina podataka/bioinformatici. Također, poželjno je praktično iskustvo u prostornim analizama, GIS-u, metodama modeliranja ekološke niše i R-u.
Trenutno je u tijeku postupak odobrenja izvještaja Stručnog povjerenstva za davanje mišljenja o pristupnicima na natječaj.

Održana interna projektna radionica "Uvod u programski jezik R"
Poslijedoktorand dr.sc. Marin Grgurev je od 14-17. prosinca 2020. godine održao interni projektni tečaj „Uvod u programski jezik R“ na kojem su sudjelovali članovi projektnog tima dr.sc. Ivana Rešetnik, izv. prof. Ivica Ljubičić i doktorand Marko Doboš.

 

 

Boravak Marka Doboša u Innsbrucku, Austria
Doktorand Marko Doboš boravio je dva tjedna (26.10. - 8.11.2020) na Sveučilištu u Innsbrucku, Department of Botany, u sklopu grupe Research Group Evolutionary Systematics voditelja Prof. Peter Schönswettera, Mag. Dr., gdje je metodom protočne citometrije mjerilo relativnu veličinu genoma uzoraka vrste Festuca bosniaca.

Mjerenje relativne veličine genoma (RGS) i stupnja ploidije na protočnom citometru.

Održan osmi projektni sastanak

Osmi projektni sastanak održan je 16. 10. 2020. u prostorijama Botaničkog zavoda Prirodoslovno-matematičkog fakulteta (Marulićev trg 20/2). Sastanku su prisustvovali članovi istraživačkog tima: dr.sc. Ivana Rešetnik, izv.prof.dr.sc. Ivica Ljubičić, poslijedoktorand dr.sc. Marin Grgurev, doktorandi Ana Terlević mag. biol. exp. i Marko Doboš mag. oecol. et prot. nat., te suradnici na projektu izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović i doc.dr.sc. Martina Temunović.

Voditeljica projekta dr.sc. Ivana Rešetnik u Pragu
Voditeljica projekta dr.sc. Ivana Rešetnik boravila je od 05.10. – 11.10.2020 u Pragu na Institute of Botany, Czech Academy of Sciences, kod dr.sc. Eliške Zaveskae. U navedenom periodu prodiskutirani su dosada dobiveni i analizirani podaci vezani uz rod Aurinia, te su napravljene dodatne analize.

  

Boravak dr. sc. Ivane Rešetnik u Pragu na Institute of Botany, Czech Academy of Sciences (slika lijevo), kod dr.sc. Eliške Zaveskae (slika desno).

Prijavljen i dobiven projektni prijedlog
Prijavljen je projekt pod naslovom "Digitisation of Dianthus collections" čiji je voditelj doktorandica Ana Terlević i koji je prijavljen na natječaj SYNTHESYS+ Virtual Access. Projekt je napisan u suradnji s kustosima zbirki WU (Natural History Museum Wien), BP (Hungarian Natural History Museum), PR (Narodni Museum Prague), K (Royal Botanic Gardens Kew), BR (Meise Botanic Garden), Hebrew University Jerusalem i E (Royal Botanic Gardens Edinburgh), i kolegama sa Sveučilišta u Berlinu (Prof. Dr. Thomas Borsch), Sveučilišta u Heidelbergu (Prof. Marcus Koch), Sveučilišta u Pisi (Assoc. Prof. Dr. Lorenzo Peruzzi) i Sveučilišta u Zurichu (Prof. Dr. Alex Widmer).
Projekt uključuje digitalizaciju i javnu dostupnost cijelog roda Dianthus u navedenim zbirkama koje predstavljaju najveće i najvažnije herbarijske zbirke u Europi te je odabran za financiranje.

Održan sedmi projektni sastanak

Sedmi projektni sastanak održan je 11. 09. 2020. u prostorijama Botaničkog zavoda Prirodoslovno-matematičkog fakulteta (Marulićev trg 20/2). Sastanku su prisustvovali članovi istraživačkog tima: dr.sc. Ivana Rešetnik, izv.prof.dr.sc. Ivica Ljubičić, poslijedoktorand dr.sc. Marin Grgurev, doktorandi Ana Terlević mag. biol. exp. i Marko Doboš mag. oecol. et prot. nat., te suradnik na projektu izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović.

Terensko istraživanje roda Festuca
Uzorci roda Festuca sakupljani su tijekom trodnevnog terena (21. – 23. srpanj 2020) na lokalitetima Crnopac, Kamešnica i Kremen. Također je obavljen i jednodnevni teren na Vlašić (BiH).

  

Sve sakupljene herbarizirane jedinke obrađene su na način da su sve posložene u označene mape. Herbarijski primjerci (voucher) pohranjeni su u zbirci Herbarium Croaticum (ZA).

Herbarski voucheri jedinki roda Festuca sortirani u herbarske košuljice s pripadajućom etiketom.

Održan šesti projektni sastanak

Šesti projektni sastanak održan je 24. 06. 2020. u prostorijama Botaničkog zavoda Prirodoslovno-matematičkog fakulteta (Marulićev trg 20/2). Sastanku su prisustvovali članovi istraživačkog tima: dr.sc. Ivana Rešetnik, izv.prof.dr.sc. Ivica Ljubičić, poslijedoktorand dr.sc. Marin Grgurev, doktorandi Ana Terlević mag. biol. exp. i Marko Doboš mag. oecol. et prot. nat., te suradnici na projektu izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović i doc.dr.sc. Martina Temunović.

Terensko istraživanje roda Dianthus po Istri
Zbog pandemije SARS-CoV-2 nije bilo moguće izvršiti planirana terenska istraživanja u inozemstvu (Italija, Slovenija, Bugarska). Vegetacijska sezona druge projektne godine iskorištena je za dodatna terenska istraživanja na području Hrvatske. Uzorci roda Dianthus sakupljani su na području Istre tijekom tri jednodnevna terena. Tereni su obuhvaćali Limski zaljev (21. lipnja 2020), Ćićariju i Plomin (19. srpnja 2020).

Boravak Ane Terlević na ETH Zürich, Švicarska
Tijekom mjeseca ožujka 2020. godine doktorandica Ana Terlević boravila je na ETH Zürich, u sklopu Department of Environmental Systems Science voditelja Prof. Alexa Widmera. Zbog pandemije SARS-CoV-2 njen boravak je skraćen za 10 dana.

Priprema uzoraka roda Dianthus za izolaciju DNA i pripremu NGS knjižnice (ETH Zürich).

Potres u Zagrebu
Potres koji je 22. ožujka 2020. godine pogodio Zagreb nanio je ozbiljna oštećenja na svim zgradama Biološkog odsjeka Prirodoslovno-matematičkog fakulteta u Zagrebu. Zgrade u kojima se provodi veći dio aktivnosti vezanih uz rad na AmphiAdriPLant projektu nalaze se u centru Zagreba na adresama Marulićev trg 20 i Marulićev trg 9a. S obzirom da su i ostali laboratoriji Biološkog odsjeka bili u sličnom stanju, nije uopće bilo moguće pristupiti izvršenju radnih zadataka vezanih uz pojedine projektne ciljeve.


Prikaz oštećenja Molekularnog laboratorija za sistematsku botaniku na adresi Marulićev trg 9a.
Drugi dio projektnog tima smješten je na Zavodu za poljoprivrednu botaniku unutar paviljona I Agronomskog fakulteta na adresi Svetošimunska cesta 25 u Zagrebu, a što je relativno blizu epicentra potresa u Markuševcu.

Prikaz oštećenja paviljona I Agronomskog fakulteta na adresi Svetošimunska cesta 25.

Održana interna projekta radionica „Uvod u QGIS”
Od 18. do 21. veljače 2020. poslijedoktorand dr. sc. Marin Grgurev održao je internu projektnu radionicu „Uvod u QGIS” za članove projektnoga tima. Na radionici su obrađivane teme vezane uz pripremu, obradu i analizu prostornih podataka korištenjem softvera otvorenog koda QGIS.
 

Doktorand Marko Doboš u posjetu herbarijskim zbirkama Z i ZT
Od 10. do 14. veljače 2020. doktorand Marko Doboš boravio je na Universität Zürich u Švicarskoj, gdje je posjetio herbarijske zbirke Z i ZT. Tijekom posjeta pregledao je herbarijske primjerke vrsta roda Festuca iz grupe Varia. 

  

Doktorandica Ana Terlević na tečaju „Osnove programiranja u R-u“
Od 10. do 12. veljače 2020. doktorandica Ana Terlević odslušala je tečaj „Osnove programiranja u R-u (S760)“ u organizaciji Sveučilišnog računalnog centra u Zagrebu.

Poslijedoktorand Marin Grgurev na tečaju „Advanced Linux System Administration II“ 
Od 9. do 13. prosinca 2019. dr. sc. Marin Grgurev odslušao je tečaj „Advanced Linux System Administration II (L220)“ u organizaciji Sveučilišnog računalnog centra u Zagrebu.

Poslijedoktorand Marin Grgurev na tečaju „Advanced Linux System Administration I“ 
Od 11. od 15. studenoga 2019. dr. sc. Marin Grgurev odslušao je tečaj „Advanced Linux System Administration I (L210)“ u organizaciji Sveučilišnog računalnog centra u Zagrebu.

Doktorand Marko Doboš na usavršavanju u Institutu za botaniku (Beograd, Srbija)
Od 4. do 11. studenoga 2019. doktorand Marko Doboš boravio je na Institutu za botaniku u Beogradu (Srbija) gdje je pod vodstvom prof. dr. sc. Dmitra Lakušića i dr. sc. Nevene Kuzmanović usavršio tehnike pripreme preparata i morfometrijskih analiza vrsta roda Festuca. Rezultat posjeta je izrada detaljnog protokola za izradu prereza lista.

  

Prerez lista vrste Festuca bosniaca nakon bojanja.

Usavršavanje na Sveučilištu u Innsbrucku, Austrija
Tijekom studenoga 2019. godine dr. sc. Ivana Rešetnik i doktorandica Ana Terlević usavršavale su se na Sveučilištu u Innsbrucku, Department of Botany, u sklopu grupe Research Group Evolutionary Systematics voditelja Prof. Petera Schönswettera. Ivana Rešetnik je tijekom boravka pripremila probnu NGS knjižnicu („library“) na odabranim vrstama roda Aurinia. Ana Terlević je metodom protočne citometrije mjerila relativnu veličinu genoma uzoraka vrsta Dianthus sylvestris i Festuca bosniaca sakupljenih tijekom 2018. i 2019. godine.

   

 

Određivanje relativne veličine genoma na uzorcima vrste Dianthus sylvestris

 

Određivanje relativne veličine genoma na uređaju Partec CyFlow Space flow cytometer 

Održan peti projektni sastanak
Peti projektni sastanak održan je 11. 10. 2019. u prostorijama Botaničkog zavoda Prirodoslovno-matematičkog fakulteta. Sastanku su prisustvovali članovi istraživačkog tima: dr.sc. Ivana Rešetnik, izv.prof.dr.sc. Ivica Ljubičić, poslijedoktorand dr.sc. Marin Grgurev, doktorandi Ana Terlević mag. biol. exp. i Marko Doboš mag. oecol. et prot. nat., te suradnici na projektu izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović i doc.dr.sc. Martina Temunović.

Poslijedoktorand Marin Grgurev na tečaju „Linux System Administration II“
Od 14. do 18. listopada 2019. dr. sc. Marin Grgurev odslušao je tečaj „Linux System Administration II (L120)“ u organizaciji Sveučilišnog računalnog centra u Zagrebu.

Potraga za nomenklaturnim tipovima
Festuca bosniaca kompleksna je vrsta koja na svojim rubovima rasprostranjenosti nejasno prelazi u srodne vrste. Jedan od ciljeva istraživanja je istražiti tu granicu i potencijalno utvrditi zaslužuju li srodni taksoni uistinu statuse vrsta. Za to je također bilo potrebno istražiti opise, sinonimiju i taksonomiju srodnih vrsta iz grupe Varia kojoj pripada i F. bosniaca.
 

 

 

Prvi opis vrste Festuca bosniaca, objavljen u djelu Kummer, F., Sendtner, O. (1849): Enumeratio plantarum in itinere Sendtneriano in Bosnia lectarum, cum definitionibus etc. Sectio secunda. Flora (Regensb.) 32: 756.

Poslijedoktorand Marin Grgurev na tečaju „Linux System Administration I“
Od 16. do 20. rujna 2019. dr. sc. Marin Grgurev odslušao je tečaj „Linux System Administration I (L110)“ u organizaciji Sveučilišnog računalnog centra u Zagrebu.

Doktorandica Ana Terlević na tečaju „Upoznavanje sa sintaksom jezika R“
Od 16. do 20. rujna 2019. doktorandica Ana Terlević odslušala je tečaj „Upoznavanje sa sintaksom jezika R i njegova primjena u osnovnoj statističkoj i grafičkoj analizi podataka (S720)“ u organizaciji Sveučilišnog računalnog centra u Zagrebu.Zaposlen doktorand Marko Doboš
Od 16. rujna 2019. na projektu nam se pridružio Marko Doboš mag. oecol. et prot. nat., zaposlen putem HRZZ natječaja „Projekt razvoja karijera mladih istraživača - izobrazba novih doktora znanosti“ DOK-09-2018. Marko će za doktorat istraživati morfološku i genetsku raznolikost vrste Festuca bosniaca.
Dobrodošao Marko!

Marin Grgurev i Ana Terlević na ljetnoj školi „4th International Summer School on Data Science“
Od 9. do 13. rujna 2019. dr. sc. Marin Grgurev i doktorandica Ana Terlević pohađali su ljetnu školi „4th International Summer School on Data Science“ u Splitu, gdje su se obrađivali jednostavni i složeni statistički koncepti (ANOVA, regresija, PCA, simbolička analiza podataka i sl.) u sklopu predavanja i softverskih praktikuma.

Objavljen natječaj za doktoranda na projektu
13.03.2019 na stranicama Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, Narodnim novinama i EURAXESS portalu objavljen je natječaj za doktoranda na projektu. Traženi doktorand će se primarno baviti filogeografijom vrste Festuca bosniaca. Doktorat će obuhvatiti morfološka, molekularna i taksonomsko-nomenklaturna istraživanja: dakle, terensko sakupljanje uzoraka, herbariziranje, morfometriju i rad u molekularnom laboratoriju. Osim rada na doktoratu očekuje se i sudjelovanje u nastavi na Botaničkom zavodu PMF-a. Od kandidata se očekuje pozitivan i entuzijastičan odnos prema radu, spremnost za intenzivan rad i učenje, volja za sudjelovanjem i prezentiranjem rezultata rada na raznolikim događanjima, kao i spremnost na pohađanje radionica i tečajeva u HR i inozemstvu.

 

Održan četvrti projektni sastanak
Četvrti projektni sastanak održan je 4. 9. 2019. u prostorijama Zavoda za poljoprivrednu botaniku Agronomskog fakulteta. Sastanku su prisustvovali članovi istraživačkog tima dr.sc. Ivana Rešetnik i izv.prof.dr.sc. Ivica Ljubičić, te suradnici na projektu izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović i doc.dr.sc. Martina Temunović.

Poslijedoktorand Marin Grgurev na radionici „Korištenje računalnog klastera Isabella “
4. rujna 2019. dr. sc. Marin Grgurev bio je na radionici „Korištenje računalnog klastera Isabella“ u organizaciji Sveučilišnog računalnog centra u Zagrebu.

Četvrto terensko istraživanje obavljeno
Četvrto terensko istraživanje provedeno je dvije grupe. Od 9. do 11. 7. 2019. Ivica Ljubičić i Ana Terlević obavili su terenska istraživanja u Sloveniji, a istovremeno su od 9. do 21. 7. 2019. Ivana Rešetnik, Marin Grgurev, Marko Doboš i Sandro Bogdanović sakupljali jedinke rodova Aurinia, Festuca i Dianthus na području Makedonije, Grčke i Srbije.
 

Terensko istraživanje - Slovenija: a) Dianthus sylvestris, b) Planinarska staza Topol-Grmada-Tošč, SLO 11. 7. 2019.

 

 

 

 

 

Terensko istraživanje – faza 4: a) Kopaonik, SRB 10.07.2019, b) Kopaonik, SRB 10.07.2019, F045 Festuca adamovicii, c) Ljuboten,
Šar Planina, MKD 11.07.2019, d) Ljuboten, Šar Planina, MKD 11.07.2019, Dianthus scardicus, e) Šar Planina, MKD 11.07.2019, f) Korab, MKD 13.07.2019 D175 Dianthus sylvestris, g) Korab, MKD 13.07.2019 Fb054 Festuca bosniaca, h) Korab, MKD 13.07.2019, i) Korab, MKD 13.07.2019, j) Galičica, MKD, 12.07.2019, k) Agios Athanasios GR, 13.07.2019, l)Jakupica, MKD 17.07.2019

Treće terensko istraživanje obavljeno
Ivana Rešetnik,  Ivica Ljubičić,  Sandro Bogdanović i Ana Terlević proveli su treće terensko istraživanje od 19. do 30. 6. 2019. na području Grčke, Albanije i Crne Gore.

 

 

 

 

Terensko istraživanje - faza 3: a) Lygeres, Aoos lake GR 22.06.2019 F35 Festuca varia b) Kapesovo GR 22.06.2019 D135 Dianthus sylvestris subsp. alboroseus c) Pindos Mts., Smolikas Mt., Aoös (Vjosë) river GR 22.06.2019 d) Pindus Mts, Tymfi Mt., Drakolimni lake GR 23.06.2019 e) Nemërçka Mts., Maja e Dhembelit Mt. AL 24.06.2019 f) Ceraunian Mts., Llogara National Park AL 25.06.2019 g) Mat river canyon AL 26.06.2019 h) Bjeshkët e Nemuna (Prokletije Mts.), Thethi, AL 28.06.2019, F40 Festuca bosniaca i) Bjeshkët e Nemuna (Prokletije Mts.), Thethi, AL 28.06.2019 j) Podgorica, Cijevna river canyon MN 28.06.2019

Poslijedoktorand Marin Grgurev na tečaju „Radar and optical Remote Sensing in the Agricultural and Environmental Monitoring“
Od 20. do 24. lipnja 2019. dr. sc. Marin Grgurev odslušao je tečaj „Trans-Atlantic Training 2019: Radar and optical Remote Sensing in the Agricultural and Environmental Monitoring“ u organizaciji NASA Land-Cover/Land-Use Change Program, Europske svemirske agencije i SCERIN-a, koji je održan u Novome Sadu (Srbija).

 

Počela terenska istraživanja za 2019. 
Terenska istraživanja za 2019. godinu započela su trodnevnim terenom od 4. do 6. 6. 2019. u sklopu kojeg su sakupljeni uzroci sa lokaliteta na Mosoru, Braču, Lastovu, Poštaku i Kleku.

 

  

  

 

Terensko istraživanje - faza 2b i 2c: a) Lastovo, Podanje-Čučaj dol HR 04.06.2019 D124 Dianthus sylvestris subsp. lastovoensis b) Lastovo, Struga HR 04.06.2019 Aurinia leucadea c) Mosor HR 05.06.2019 d) Mosor HR 05.06.2019 e) Klek, HR 06.06.2019 F34 Festuca bosniaca f) Klek, HR 06.06.2019

Ivana Rešetnik na radionici „Phylogenomics“
Od 20. do 25. svibnja 2019. voditeljica projekta Ivana Rešetnik pohađala je radionicu „Phylogenomics“ u Berlinu (Njemačka). U sklopu radionice obrađene su teme vezane uz filogenetičke analize genomskih podataka. 

 

Zaposlen poslijedoktorand Marin Grgurev
15. travnja 2019. na projekt nam se pridružio poslijedoktorand dr. sc Marin Grgurev. Marin će provoditi analize vezane uz izradu modela ekoloških niša za prošlost i sadašnjost. Dobrodošao Marine!

Održan treći projektni sastanak
Treći projektni sastanak održan je 22. 3. 2019. u prostorijama Zavoda za poljoprivrednu botaniku Agronomskog fakulteta. Sastanku su prisustvovali članovi istraživačkog tima dr.sc. Ivana Rešetnik, doc.dr.sc. Ivica Ljubičić, poslijedoktorand dr.sc. Marin Grgurev i doktorandica Ana Terlević te suradnici na projektu izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović i dr.sc. Martina Temunović.

RADseq workshop u Innsbrucku, Austrija
Ivana Rešetnik je od 25.02. do 02.03.2019. sudjelovala na RADseq radionici koja je organizirana na Sveučilištu u Innsbrucku, Department of Botany, u sklopu grupe Research Group Evolutionary Systematics voditelja Petera Schönswettera, Mag. Dr., Prof. Voditelji radionice bili su Eliška Záveská PhD i Filip Kolář PhD.

 

Provedena adaptacija radnoga prostora 
Izvršena je preinaka i adaptacija više prostorija na adresi Marulićev trg 20/II, gdje će biti smještena većina članova istraživačkog tima. Uređen je prostor za doktorande i poslijedoktoranda, kao i dio laboratorija gdje će se vršiti fiksiranje materijala za morfometrijska mjerenja.

 


Objavljen natječaj za poslijedoktoranda na projektu
04.01.2019. na stranicama Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, u Narodnim novinamai na EURAXESS portalu objavljen je natječaj za poslijedoktoranda na projektu. Kandidati moraju ispunjavati uvjet: Doktorat iz područja prirodnih znanosti (bioloških/biokemijskih) ili srodnih znanosti (biotehničkih), a poželjne dodatne vještine su: izvrsno poznavanje engleskog jezika u govoru i pismu. Prednost će imati pristupnici s iskustvom u (jednom ili više slijedećih područja): znanstvenim istraživanjima u botanici, radu u molekularnom laboratoriju, računalnim analizama genomskih podataka i/ili općenito u statističkoj obradi velikih količina podataka/bioinformatici. Također, poželjno je praktično iskustvo u prostornim analizama, GIS-u, metodama modeliranja ekološke niše i R-u.

Potraga za nomenklaturnim tipovima
Potraga za nomenklaturnim tipovima započela je prikupljanjem literature u kojoj su po prvi put objavljena imena i sinonimi istraživanih svojti.

Prvi opis svojte Dianthus sylvestris Wulfen iz Jacquin (1786.). Pretpostavlja se da je originalni materijal prema kojem je F. X. von Wulfen opisao vrstu D. sylvestris uništen tijekom Drugoga svjetskog rata, zbog čega su Bacchetta i sur. (2010.) tipificirali gore prikazanu ikonografiju u akvarelu (Jacquin 1781., t. 82) kao neotip.


Morfometrija na sakupljenim primjercima u tijeku
Herbarizirane jedinke sakupljene tijekom prve projektne godine obrađene su na način da su sve jedinke posložene u označene mape, a sve relevantne informacije o lokalitetima pohranjene u digitalnoj bazi podataka Flora Croatica Database. 
Na sakupljenom materijalu započeta su preliminarna morfometrijska mjerenja u svrhu uhodavanja procedure i izrade protokola. Također su zabilježena relevantna svojstva prema literaturnim podacima u svrhu pripreme preliminarnog seta morfometrijskih značajki.

 

Počela je izolacija DNA iz prikupljenih uzoraka
U molekularnom laboratoriju za sistematiku biljaka, Marulićev trg 9a, započela je izolacija DNA iz odabranog preliminarnog seta uzoraka sakupljenog na terenskim istraživanjima. Za izolaciju DNA koristi se otprilike 25 mg tkiva lista osušenog pomoću silica-gela po svakom uzorku, a izolacija DNA provodi se pomoću GenElute Plant Genomic DNA Miniprep kit (Sigma-Aldrich) kompleta za izolaciju biljne DNA.

Održan drugi projektni sastanak
Drugi projektni sastanak održan je 11.10.2018. u prostorijama Zavoda za botaniku Agronomskog fakulteta. Sastanku su prisustvovali članovi istraživačkog tima: dr.sc. Ivana Rešetnik, doc.dr.sc. Ivica Ljubičić i doktorandica Ana Terlević, mag. biol. exp. te suradnici na projektu, izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović i dr.sc. Martina Temunović.


Drugo terensko istraživanje obavljeno
Drugo terensko istraživanje provedeno je od 10.07. do 20.07.2018. i obuhvaćalo je područje Bosne i Hercegovine i Crne Gore. Jedinke rodova Aurinia, Festuca i Dianthus su sakupljane za genetska i morfometrijska istraživanja. 

 
Dianthus bertisceus                                                         Durmitor Crna Gora_13.07.2018.

 

Plana Crna Gora_14.07.2018. Pastirska nastamba     Prokletije Popadija Crna Gora_14.07.2018.

 

Medun Crna Gora_15.07.2018. D98                               Kanjon Morače Crna Gora_15.07.2018.
Dianthus medunensis

Prvo terensko istraživanje obavljeno
Prvo terensko istraživanje provedeno je od 13.06. do 24.06.2018. i obuhvaćalo je područje sjeverne Italije, Slovenije, Hrvatske i Bosne i Hercegovine. Jedinke rodova Aurinia, Festuca i Dianthus su skupljane za genetska i morfometrijska istraživanja. 

 

            Petrinje_SLO 13.06.                                                            Kranjski Snežnik_SLO 14.06.2018.

 

Kranjski Snežnik_SLO 14.06.2018._FB1                                       Velebit_Paklenica_17.06.2018.

Festuca bosniaca

 

Biokovo_18.06.2018_D47 Dianthus sp.

Objavljen natječaj za doktoranda na projektu
Na stranicama Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, u Narodnim novinama i na EURAXESS portalu 16.05.2018. objavljen je natječaj za doktoranda na projektu. Traženi doktorand će se primarno baviti filogeografijom Dianthus sylvestris grupe. Doktorat će obuhvaćati morfološka, molekularna i taksonomsko-nomenklaturna istraživanja: dakle terensko sakupljanje uzoraka, herbariziranje, morfometriju i rad u molekularnom laboratoriju. Osim rada na doktoratu očekuje se i sudjelovanje u nastavi na Botaničkom zavodu PMF-a. Od kandidata se očekuje pozitivan i entuzijastičan odnos prema radu, spremnost za intenzivan rad i učenje, volja za sudjelovanjem i prezentiranjem rezultata rada na raznolikim događanjima kao i spremnost na pohađanje radionica i tečajeva u HR i inozemstvu.


Održan inicijalan projektni sastanak
Inicijalan projektni sastanak održan je 11.04.2018. godine u prostorijama Zavoda za botaniku Agronomskog fakulteta. Sastanku su prisustvovali članovi istraživačkog tima: dr.sc. Ivana Rešetnik i doc.dr.sc. Ivica Ljubičić, te suradnici na projektu izv.prof.dr.sc. Sandro Bogdanović i dr.sc. Martina Temunović.