FRANO VUČKOVIĆ
Naslov: Normalization and batch correction methods in high-throughput glycomics
(Metode normalizacije i korekcije u visoko-protočnoj glikomici)
Utorak, 6. prosinca 2016. godine u 10,00 sati u predavaonici BO5, Biološkog odsjeka Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, Rooseveltov trg 6, Zagreb
Povjerenstvo za obranu imenovano je u sastavu:
Prof. dr. sc. Kristian Vlahoviček, PMF Zagreb
Izv. prof. dr. sc. Olga Gornik, Farmaceutsko–biokemijski fakultet Zagreb
Prof. dr. sc. Fran Borovečki, MEF Zagreb
Zamjena: Izv. prof. dr. sc. Vlatka Zoldoš, PMF Zagreb
Mentor: Prof. dr. sc. Gordan Lauc, Farmaceutsko–biokemijski fakultet Zagreb
Glikomika predstavlja područje u visoko-protočnoj biologiji čija je svrha sistemsko proučavanje glikanskih struktura ciljnog proteina ili organskog sustava. Kao što je karakteristično za večinu visoko-protočnih metoda, preciznost glikomskih metoda je pod izrazitim utjecajem složene eksperimentalne procedure. Studija u pravilu uključuje 1000 do 3000 uzoraka, eksperiment može trajati nekoliko mjeseci i tokom tog vremena mnogi eksperimentalni uvijeti mogu značajno varirati. Kao posljedica, razlike u eksperimentalnoj proceduri predstavljaju veliki izvor varijacije i potreba za normalizacijom i korekcijom podataka se logično nameće kao neophodan korak u analizi podataka. U ovoj studiji usporedili smo četiri različite metode (UPLC-FLR, xCGE-LIF, MALDI-TOF-MS, te LC-ESI-MS) za kvantitativnu analizu IgG N-glikozilacije na način da smo analizirali 1201 IgG uzorak koristeći sve četiri metode. Dobiveni rezultati jasno ukazuju da sve četiri metode generiraju podatke koji su dovoljno visoke kvalitete kako bi se koristili za detekciju asocijacija glikana sa genetskim polimorfizmima. Također smo sproveli evaluaciju normalizacijskih i korekcijskih metoda na nekoliko glikanskih setova podataka. Evaluacija metoda je jasno pokazala da sve korištene normalizacijske i korekcijske tehnike značajno umanjuju eksperimentalnu varijaciju u svim analiziranim setovima podataka, ukazujući na to da razlike u intenzitetu signala među uzorcima kao i varijacije mjerenja koje proizlaze iz serijskih efekata predstavljaju značajne izvore eksperimentalne varijacije u glikomici.
Pristupačnost