Novosti

Sudjelovanje na NASA-inoj ljetnoj školi o daljinskom istraživanju mora

U razdoblju od 18. svibnja do 14. lipnja 2025., doktorandica Antonija Matek sudjelovala je na NASA-inoj ljetnoj školi "Calibration and Validation for Ocean Color Remote Sensing", održanoj u Darling Marine Centeru (DMC), istraživačkom centru Sveučilišta u Maineu (SAD). DMC se nalazi u šumovitom krajoliku uz atlantsku obalu, a obuhvaća potpuno opremljen kampus za smještaj, laboratorijski rad i terensku nastavu.
Program je obuhvatio teorijske osnove optike oceana i detaljnu praktičnu obuku u mjerenju optičkih svojstava mora pomoću suvremenih instrumenata. Radni dan započinjao je predavanjima, nakon čega je slijedio laboratorijski rad i analiza podataka. Svakodnevno su se prezentirali rezultati, čime se poticao razvoj analitičkog mišljenja i timskog rada. 
Provedeno je i terensko istraživanje na istraživačkom brodu Bowditch, u suradnji s Bigelow laboratorijem za morske znanosti. Provedena su uzorkovanja pomoću Niskin boca, kontinuirana protočna mjerenja (AC-S, BB3), radiometrijska mjerenja (PySAS i HyperPro), profiliranja pomoću CTD sonde sa senzorima za klorofil a i CDOM, te analiza fitoplanktonske zajednice pomoću IFCB uređaja.
Prikupljeni podaci iskorišteni su za razvoj istraživačkih projekata. Među brojnim zanimljivim temama bili su: fototaksija zooplanktona, konstrukcija vlastitog radiometra, utjecaj oblaka na mjerenja te analiza fitoplanktona. U okviru projekta, Antonija je u suradnji s doktorandicom Margheritom Costanzo istraživala sastav fitoplanktonske zajednice derivacijom pigmenata te fiziološku adaptaciju na svjetlost kao pokazatelj produktivnosti.
Uz akademski dio, četiri tjedna boravka u Maineu obilježila su i nezaboravna druženja – večeri uz logorsku vatru, degustacije lokalno uzgojenih kamenica i jastoga i izleti u gradić Damariscotta. Zatvorilo se jedno poglavlje, ali otvorila su se mnoga nova vrata – profesionalna i osobna. Nova generacija znanstvenika u optici oceana nosi sa sobom inspiraciju, znanje i prijateljstva koja će se nastaviti razvijati kroz zajedničke projekte, journal clubove i buduća istraživanja.

Popularno-znanstveno predavanje “Igra svjetlosti i valova oko otoka Lastova – Pogled iz svemira” u Hrvatskom botaničkom društvu
U četvrtak 08. 05. 2025., u okviru redovitih predavanja Hrvatskog botaničkog društva, doktorandica Antonija je imala čast predstaviti svoje predavanje pod naslovom “Igra svjetlosti i valova oko otoka Lastova – Pogled iz svemira”. Predavanje je okupilo brojne članove i kolege u prostorijama Biološkog odsjeka PMF-a, dok su se neki sudionici pridružili i online, primjerice kolege iz Parka prirode Lastovsko otočje. Antonija je predstavila svoj put prema upoznavanju optike oceana i mogućnostima primjene u istraživanju utjecaja jedinstvenog fizikalnog fenomena valova vezanih uz otok na bioraznolikost ekosustava u parku prirode Lastovsko otočje u južnom Jadranu. Više informacija o predavanju možete pročitati na službenoj Facebook stranici Hrvatskog botaničkog društva. 

​​

Znanstveno usavršavanje na institutu CNR-ISMAR u Rimu, Italija

Doktorandica Antonija provela je znanstveno usavršavanje na institutu CNR-ISMAR u Rimu od 24. ožujka do 24. travnja 2025, putem programa za odlaznu mobilnost asistenata (MOBDOK-2023) Hrvatske zaklade za znanost. Za vrijeme boravka na institutu, Antonija je učila o primjeni operativnih proizvoda Copernicus Marine Environment Monitoring Service (CMEMS) u svrhu testiranja efekta valova vezanih uz otok (eng. internal island-trapped waves, ITWs) na prostorno-vremensku distribuciju primarne proizvodnje ekosustava otoka Lastova.
Upoznala se s biogeokemijskim i fizikalnim skupovima podataka dostupnima na CMEMS bazi podataka, poput klorofila a, primarne proizvodnje, hranjivih soli i temperature površine mora, te razvila skripte za automatizirano preuzimanje i obradu podataka. Istraživanje je obuhvatilo područje Lastova i Korčule u srpnju 2022. i 2023., kada su ITW-ovi najizraženiji.
Rezultati sa znanstvenog usavršavanja produbili su znanje o prostorno-vremenskoj distribuciji primarne proizvodnje, te omogućili daljnje testiranje utjecaja ITW-a na primarnu proizvodnju u južnom Jadranu. Iako su trenutno dostupni podaci o primarnoj proizvodnji sa CMEMS baze ograničeni prostornom rezolucijom od 4 km, buduća suradnja s institutom CNR-ISMAR omogućiti će povećanje rezolucije na 1 km kao i poboljšanje modela pomoću in situ podataka prikupljenih tijekom terenskih istraživanja. Stečeno znanje koristit će se u daljnjim istraživanjima i prijenosu znanja unutar istraživačke grupe, a bit će uključeno i u nastavu. 

Usavršavanje u daljinskim istraživanjima mora kroz EUMETSAT radionicu

Doktorandica Antonija je sudjelovala na radionici EUMETSAT Supporting Marine Earth Observation Applications Workshop koja se sastojala od samostalne faze učenja (24. veljače – 14. ožujka 2025.) te intenzivne nastave u učionici (17. – 21. ožujka 2025.), a održana je u organizaciji EUMETSAT-a, Ocean and Sea Ice Satellite Applications Facility-a (OSI SAF) te Sveučilišta Hull.
Tijekom radionice Antonija je stekla uvid u operativnu ulogu EUMETSAT-a u promatranju mora putem satelita, upoznala se s opsegom podataka i proizvoda koje EUMETSAT nudi te načinom njihove primjene u raznim pomorskim i ekološkim kontekstima, naučila kako odabrati i preuzeti relevantne podatke za svoje istraživanje, usvojila metode obrade i analize podataka korištenjem specijaliziranih softverskih paketa i kodiranih pristupa, te razvila vlastiti slučaj primjene (use-case) u suradnji s drugim sudionicima i predavačima. 
Ova edukacija dodatno je osnažila njezine vještine u obradi satelitskih podataka koje će pridonijeti analizi utjecaja valova vezanih uz otok na prostorno-vremensku  distribuciju primarne proizvodnje oko otoka Lastova.

Od 23. veljače do 1. ožujka 2025 bili smo gosti naše suradnice dr. sc. Branke Pestorić,  na  Institutu za biologiju mora, Sveučilište Crne Gore radi znanstvenog usavršavanja doktoranda i seminara. Izlazili smo na teren i sakupljali uzorke u Bokotarskom zaljevu pri čemu je doktorand pod mojim mentorstvom učio metode pripreme za teren, planiranja istraživanja i uzorkovanja. Dr. sc. Branka Pestorić je učila doktoranda kako izolirati uzorke zooplanktona u laboratoriju, te taksonomiju zooplanktona, a dr. sc, Maja Mucko  kako pripremiti uzorke za molekularnu analizu. Ponovljen je dio istraživanja sa Lastova, te sakupljen set uzoraka koji će se zajedno obrađivati sa već prije prikupljenim uzorcima što će doktorand koristiti za izradu doktorske disertacije.
U suradnji s kolegama sa instituta smo održali seminar naslova: "Marine ecosystem dynamics: From local plankton and benthic diversity to global climate challenges – south Adriatic case study of Boka Kotorska Bay and Lastovo island“ na kojem smo prezentirali rezultate našeg projekta (agenda u prilogu), te su kolege prezentirali istraživanja bentosa, i dva projekta na kojima je dogovorena suradnja. Više info na: https://www.ucg.ac.me/objava/blog/1221/objava/193777-posjeta-kolega-sa-prirodoslovno-matematickog-fakulteta-sveucilista-u-zagrebu

Antonija Matek je sudjelovala na Zagreb PhD Café, 5. veljače 2025. godine sa predavanjem: „Primarna proizvodnja kod otoka Lastova: Igra valova, svjetlosti i hranjivih soli“
Više info na: https://hrzz.hr/odrzan-zagreb-phd-cafe-33/?fbclid=IwY2xjawJGW1BleHRuA2FlbQIxMQABHc3WTAkb3YlDXfN-OAF6Q5vGQ7PhmNX4EADxKCNvf7LBwMq0RyxOeDPcrw_aem_-4ukTr4nbL--c76hTxHiyA

Sudjelovanje i završna projektna radionica na 2. znanstvenom skupu "Bio-fizikalni procesi u Jadranskom moru",  Knjižnica HAZU, Trg Josipa Jurja Strossmayera 14, Zagreb. 6 i 7. veljače. Skup je organiziralo Znanstveno vijeće za prirodoznanstvena istraživanja Jadrana, Razreda za prirodne znanosti Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti. Skup se sastojao od 14 pozvanih predavanja te okruglog stola, a tema ovogodišnjeg skupa bila je „Upravljanje zaštićenim područjima – dijalog znanosti i struke“.  U organizacijskom odboru skupa sudjelovali su dr. sc. Jakov Dulčić, akademik Mladen Juračić, izv. prof. dr. sc. Kristina Pikelj, prof. dr. sc. Zrinka Ljubešić i izv. prof. dr. sc. Sunčica Bosak.

Rezultate projekta su prezentirali  Hrvoje Čižmek i doktorandica Antonija Matek s dva pozvana predavanja, dok su na projektnoj radionici koja se održala hibridno, predavali voditeljica projekta Zrinka Ljubešić ( Island trapped waves as a driver of primary production – ISLAND), Maja Mucko i Branka Pestorić ((Zoo)plankton diversity and trophic connectivity in summer stratification – Lastovo study overview), te studentica Jade Hartkamp (Benthic species catalog)

Više o Skupu je dostupno na: https://shorturl.at/RHCnP


Sudjelovanje na radionici HRZZ projekta PHOTOCLIM „Meausuring primary production“ 14.-18. 10. 2024.

Zrinka Ljubešić je sudjelovala na radionici HRZZ projekta PHOTOCLIM na PMF-u, Sveučilišta u Splitu u razdoblju od 14. – 18. 10. 2024. godine. Glavna tema radionice je bila gradnja kurirane baze podataka in situ mjerenja primrne proizvodnje, te razvoj programskih alata za održavanje takve baze. 

Sudjelovanje na kongresu 43. CIESM (Mediterranean Science Commission), Palermo, Italija

Od 13.10. – 18.10.2024. doktorandica Antonija Matek i poslijedoktorandica Maja Mucko sudjelovale su na 43. CIESM kongresu u Palermu, Italija. Antonija i Maja predstavile su rezultate projekta ISLAND u obliku dva kratka znanstvena rada popraćena posterskim i usmenim priopćenjima. Doktorandica Matek imala je izlaganje na temu „Optical properties of the Adriatic Sea: Light the way to the preservation of coastal island ecosystem“, a poslijedoktorandica Mucko na temu „Plankton community composition in South Adriatic Sea during summer stratification period“. Kongres je okupio više od 250 izlagača te 400 sudionika iz zemalja diljem Mediterana sa zanimljivim temama iz raznih područja: fizikalne i biološke oceanografije, biologije, kemije i geologije mora, genomike, zaštite, menadžmenta i upravljanja zaštićenim područjima. Kongres je održao i važne te zanimljive panel rasprave na teme važnosti otvorene znanosti, tjesnaca i prolaza u Mediteranu, zaštite morskih područja te o ugroženosti i istraživanjima crvenog koralja. Doktorandica i poslijedoktorandica raspravile su svoje rezultate sa kolegama iz drugih zemalja, stekle važno znanje i iskustvo te ostvarile buduće suradnje. 

Sudjelovanje na međunarodnom simpoziju Ocean Optics XXVI, Las Palmas de Gran Canaria, Španjolska

Profesorica Zrinka Ljubešić i njezina doktorandica Antonija Matek sudjelovale su od 6. do 11. listopada na međunarodnom simpoziju Ocean Optics XXVI u Las Palmas de Gran Canaria, Španjolska, gdje su predstavile posterska izlaganja rezultata u sklopu projekta ISLAND, konkretno o pokretačima primarne proizvodnje na otoku Lastovu i primjeni inverznog numeričkog modela za određivanje fotosintetskih parametara. Postersko izlaganje profesorice Ljubešić pod naslovom „Defining drivers of net primary production in a stratified oligotrophic ecosystem impacted by island-trapped waves (Lastovo, Adriatic Sea)“ omogućilo je diskusiju rezultata nedavno objavljenih u znanstvenom časopisu Helyon, kao i usporedbu sa sličnim istraživanjima prikazanim na simpoziju. Doktorandica Matek predstavila je svoje istraživanje na temu „Photosynthetic parameters estimated from in situ primary production profiles using bootstrapping of optical data“, a razmjena znanja pridonijela je jasnijem razumijevanju teme i daljnjem razvoju analiza.
Simpozij je okupio 400 sudionika iz 33 zemlje, uz više od 50 usmenih izlaganja i 285 posterskih priopćenja koja su obuhvatila teoriju i primjenu znanosti o optici u jezerima, morima i oceanima, s posebnim naglaskom na nove proizvode iz NASA-ine satelitske misije Plankton, Aerosol, Cloud, Ocean Ecosystem (PACE). Osim znanstvenih rasprava i stjecanja novih znanja, vrijedne trenutke činili su i trenuci druženja, zabave i plesa, tijekom kojih su obnovljena stara poznanstva, a ostvarena su i nova poznanstva koja otvaraju mogućnosti za buduće suradnje.

Od 26. do 29. rujna 2024. godine projektni tim sudjelovao je na V. znanstveno-stručnom skupu “Klimatske promjene i očuvanje morskih ekosustava Jadranskog mora”, koji se održao u Zadru u prostorijama Sveučilišta. Skup su organizirali Odjel za ekologiju, agronomiju i akvakulturu Sveučilišta u Zadru, udruga Morski obrazovni centar Pula, Aquarium Pula i Institut Ruđer Bošković.
Skup se tradicionalno već petu godinu zaredom održava u svrhu osvještavanja šire društvene zajednice o utjecaju klimatskih promjena u kombinaciji s drugim ljudskim aktivnostima na Jadransko more, a u kontekstu UN-ovog desetljeća oceanske znanosti za održivi razvoj ‪2021. – 2030. (Oceansko desetljeće). Želja je motivirati sudionike za razmjenu ideja, znanja i iskustava s mogućnošću suradnje na postojećim projektima i iniciranjem novih multi- i interdisciplinarnih projekata te prosljeđivanju znanja široj društvenoj zajednici, posebno tijelima upravljanja na lokalnoj i državnoj razini. ‬‬‬
 
U sklopu Skupa, voditeljica projekta dr.sc. Zrinka Ljubešić održala je prigodno predavanje „Prepoznavanje važnosti i prijedlog dodatne zaštite područja pod utjecajem valova zarobljenih uz otok – Park prirode Lastovsko otočje“ u kojemu je naglasila najvažnije rezultate projekta koji upućuju na važnost proglašenja područja zaštite kao „No take“ zone. Projektni tim je među ostalim imao priliku vidjeti najnovije prostore Sveučilišta u Zadru uređene za potrebe uzgoja mikroalgi u svrhu biotehnološkog istraživanja i iskorištavanja. Tim je nastavio dobre suradnje te otvorio i neke moguće nove dogovore za buduće suradnje, a projektni sastanak održao se 28. rujna na kojem su sudjelovali suradnici iz Dubrovnika, Splita, Zadra i Zagreba.
 
 
Od 23. do 27. rujna 2024. godine, poslijedoktorandica dr.sc. Maja Mucko sudjelovala je na tjednoj online školi „Metagenomics bioinformatics at MGnify 2024“ u organizaciji EMBL Europskog Bioinformatičkog Instituta. Školu je pohađalo 20 sudionika iz različitih znanstveno-istraživačkih grupa iz cijeloga svijeta. Škola je obuhvatila teme obrade i analize sekvenciranja kratkih i dugih odsječaka cijelom dužinom genoma metodom „shotgun“: analiza kvalitete (QC), slaganje metagenoma (assembly), grupiranja sekvenci ili kontiga te dodjeljivanja pojedinačnom genomu (binning), pohrana podataka (European Nucleotide Archive, ENA) te statističke postanalize mikrobioma koristeći R platformu „Orchestrating Microbiome Analysis – OMA“ paketom MIA, R.
Škola je imala i brojne umrežavajuće aktivnosti među polaznicima (networking) u obliku mini simpozija sa posterskim izlaganjima te drugim interaktivnim igrama.
Od 13.-14. rujna 2024, u organizaciji Jelsa Art Bijenala  te u suradnji s Anatomijom Otoka, Institutom za etnologiju i folkloristiku i Prirodoslovno-matematičkim fakultetom, u Jelsi  se održala radionica „Kako nevidljivo učiniti vidljivim“ za učenike gimnazije , sudionike projekta i širu javnost. Aktivnosti su se odvijale u okviru EU projekta Co-Vision u kojem sudjeluju partneri iz 11 zemalja EU. https://deskkultura.hr/hr/projekti/2021-2027/europski-projekti-suradnje-veci/co-vision
 
U sklopu radionice Zrinka Ljubešić je održala predavanje „Fitoplankton i valovi vezani uz otok“, te u suradnji održala radionicu s učenicima tijekom koje su mikroskopirali alge, fotografirali ih, te s umjetnicima obrađivali mikrofotografije. Ostvarena je nova suradnja te će projekt ISLAND biti inspiracija umjetnicima za pripremu za Jelsa Art Bijenale.
 
Radionica „Obrada kontinuiranih mjerenja u biološkoj oceanografiji“ organizirana je 14. lipnja 2024. godine na Biološkom odsjeku Prirodoslovno-matematičkog fakulteta u Zagrebu u sklopu projekta ISLAND IP-2020-02-9524.
Ovo je prvi put da se takav jednodnevni program održao za hrvatske studente, profesore i znanstvenike. Teme predavanja uključivale su teoriju analize vremenskih nizova, pogrešku prepoznavanja (eng. aliasing) i njegove implikacije na terenske kampanje uzorkovanja, te praktični dio koji je obuhvaćao uvod u programski jezik R i njegovu primjenu u analizi podataka, konkretno nizova intenziteta svjetlosti izmjerenih tijekom projektnih terenskih istraživanja i terena organiziranog unutar Udruge studenata biologije - BIUS. 
Vrlo smo zadovoljni povratnim informacijama sudionika i nadamo se da ćemo radionicu ponoviti te tematiku radionice uvesti i u prijediplomski studijski program biologije na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu.

Radionica „In situ Ocean Colour Above-Water Radiometry towards Satellite Validation“ na institutu CNR-ISMAR i oceanografskoj platformi „Acqua Alta“ u Veneciji, Italija.
Doktorandica Antonija Matek sudjelovala je na FICE („Field Inter-comparison Calibration Exercise“) radionici o radiometriji iznad površine vode u svrhu validacije satelitskih mjerenja koja se održala na institutu CNR-ISMAR u Veneciji, Italija, od 6. do 17. svibnja 2024. godine. Radionica je bila dio projekta FRM4SOC („Fiducial Reference Measurements for Satellite Ocean Colour“) financiranog od strane EUMETSAT.
Obuka se sastojala od tri bloka:

  • Blok 1 obuhvaćao je predavanja o radiometriji, posebice radiometriji iznad površine vode, s manjim fokusom na radiometriju na vodi i pod vodom. Predavanja su održali stručnjaci s dugogodišnjom karijerom u tom području, pružajući bitne informacije o izvođenju fiducijalnih referentnih mjerenja s radiometrijskim instrumentima. Teme su uključivale kalibraciju i karakterizaciju radiometara za boju oceana, postupke ispravnog provođenja mjerenja na terena, različite metode radiometrijskih mjerenja, bazu podataka Copernicus OCDB („ocean colour data base“), itd.
  • Blok 2 uključivao je terenski rad na oceanografskoj platformi „Acqua Alta“. Ovo praktično iskustvo omogućilo je Antoniji rad s instrumentima na platformi, posebno sa TriOS instrumentom. Stekla je razumijevanje glavnih principa rada s instrumentima na terenu i važnost kvalitativne karakterizacije vanjskih uvjeta (uvjeti neba i mora, temperatura zraka, ambijentalna temperatura instrumenta, itd). Naučila je važnost podešavanja instrumenta pod pravim kutom prema suncu i pravilnog postavljanja u odnosu na platformu, plutaču ili čamac.
  •   Video 
  • Blok 3 predstavio je  HyperCP i ThoMas. HyperCP („Hyperspectral In Situ Support for PACE Community Processor“) je dizajniran u svrhu standardizirane obrade radiometrijskih podataka unutar zajednice. Tijekom radionice, Antonija je naučila kako obraditi podatke prikupljene tijekom terenskog rada. Također je naučila koristiti ThoMas (alat za generiranje podudarnosti radiometrije sa satelitom Sentinel-3/OLCI) i implementirala postupak za podudaranje podataka o klorofilu a prikupljenih tijekom terenskog rada u sklopu projekta ISLAND.

Ova radionica pružila je i teorijsko i praktično iskustvo, a komunikacija i umrežavanje sa zajednicom pomogli su Antoniji da se dublje upusti u ovo područje. Svaki radni dan završavao je zanimljivim razgovorima uz večernje piće, a uključenost u zajednicu ostavilo je značajan utisak tijekom dvotjednog programa.


Sudjelovanje na SRCE-DEI2024 

Godišnja konferencija SRCE Dani e-infrastrukture 2024. održala se od 16.-19. travnja u zgradi Rektorata Sveučilišta u Zagrebu i Sveučilišnom računskom centru, a okupila je profesore, asistente, stručno osoblje i zaposlenike u sustavu znanosti i visokog obrazovanja. 
Naša suradnica na projektu, dr.sc. Maja Mucko bila je predavač u tematskom bloku „Superračunala u istraživanju i nastavi: Kako vam Srce može pomoći?“, a predstavila je primjere iz prakse radionica koje je prethodno održala na Sveučilištu u Zagrebu te Univerzitetu Sarajevo u suradnji sa SRCEM, koristeći uslugu naprednog računanja. Predavanje "Edukacije Unixa za biologe: primjeri iz prakse" dostupna je na web stranici konferencije. Prethodno održane radionice predstavljene u predavanju diseminirale su projekte Hrvatske zaklade za znanost: “AmphiAdriPlant” (UIP-2017-05-2882), “Island” (IP-2020-02-9524) te COST-akciju “Ocean4Biotech” (CA18238). 

U sklopu konferencije, 19. travnja 2024. dr.sc. Maja Mucko održala je i 180-minutnu radionicu "Obrada NGS podataka programskim paketom QIIME2: primjeri iz prakse“. Ukupno 10 polaznika radionice iz raznih institucija (Sveučilište u Zagrebu, Institut za more i priobalje Sveučilišta u Dubrovniku te Institut za oceanografiju i ribarstvo, Split) naučili su koristiti programski paket QIIME2 u obradi NGS podataka koje je ustupio projekt TurtleBIOME (mikrobiom probavila i oklopa glavate želve Caretta caretta). Radionica je bila interaktivna, dinamična i u potpunosti uspostavljena na resursima naprednog računanja SRCA, uz tehničku podršku e-znanstvenika, mag. Marka Hrženjaka. 


 

5. European Diatom Meeting

Dr. sc. Maja Mucko predstavila je rezultate projekta na međunarodnoj konferenciji 15. European Diatom Meeting, održanoj u Ohridu, Sjeverna Makedonija od 7.-9. svibnja 2024. godine. Rezultati projekta obuhvaćali su raznolikost dijatomeja tijekom istraživanja u srpnju 2022. godine, a prezentirani su posterskim priopćenjem. Postersko priopćenje dostupno je u repozitoriju projekta – Mucko-15EDM.

Workshop POLYP BioInfoW: Ocean4Biotech

Organisms Repository - From habitat through species identification to natural product discovery 
 
Prof. dr.sc. Zrinka Ljubešić i poslijedoktorandica dr.sc. Maja Mucko sudjelovale su na dvodnevnoj radionici COST akcije CA 18238 „Ocean4Biotech“ tijekom 17. i 18. siječnja 2024. u prostorima Hotela Holiday te Univerziteta Sarajevo, Prirodno-matematičkog fakulteta, Sarajevo, Bosna i Hercegovina.
Tijekom prvog dana radionice prof.dr.sc. Zrinka Ljubešić održala je pozvano predavanje pod naslovom „Representative sampling for biodiscovery: sampling design and methodology“, dok je dr.sc. Maja Mucko održala pozvano predavanje pod naslovom „Introduction to bioinformatics: from experimental design to pretty plots“. 
Tijekom drugog dana radionice dr.sc. Maja Mucko je vodila praktičnu radionicu za studente i članove COST akcije u prostorijama računalnog praktikuma Matematičkog odsjeka PMF-a u Sarajevu. Za potrebe praktične radionice korišteni su podaci projekata ISLAND IP-2020-02-9524 te AmphiAdriPlant UIP-2017-05-2882 na kojima dr.sc. Maja Mucko radi kao suradnik, a radionicu je podržao i Sveučilišni računski centar „SRCE“ koji je omogućio virtualni server i module za rad bioinformatičkih analiza. 

Više informacija pročitajte na poveznici.

Predavanje u Prirodoslovnom muzeju Dubrovnik 22.11.2023.

Prirodoslovni muzej Dubrovnik i Institut za more i priobalje Sveučilišta u Dubrovniku organiziraju radionicu na temu „Recentna istraživanja planktona u Jadranu“. Predstavljen je rad znanstveno-istraživačkih projekata koji se trenutno provode u Jadranu: projekt ISLAND (prof. dr. sc. Zrinka Ljubešić, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu), te projekti DIVMAD (dr. sc. Mirna Batistić) i SPATEGEN (dr. sc. Rade Garić) sa Instituta za more i priobalje Sveučilišta u Dubrovniku. Preliminarni rezultati projekta ISLAND prezentirani su na predavanju pod naslovom „Primarna proizvodnja u Jadranskom moru“ doktorandice Antonije Matek. Rezultati ostalih projekata su također predstavljeni, nakon čega je slijedila diskusija o izazovima sa kojima se susreće znanstvena zajednica tijekom istraživanja mora, a poseban naglasak stavljen je na važnost suradnje između institucija koje se aktivno bave istraživanjem planktona na Jadranu i Mediteranu.
Projektni sastanak na Geofizičkom Odsjeku, Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, Sveučilišta u Zagrebu, 25.10.2023.


 

Projektni sastanak i predavanje na Geofizičkom odsjeku PMF -a

Projektni sastanak održan 25.10.2023. je organizirala prof.dr.sc. Zrinka Ljubešić na Geofizičkom Odsjeku, Prirodoslovno-matematičkog fakulteta (PMF), Sveučilišta u Zagrebu te su sudjelovali projekti suradnici sa PMF-a Sveučilišta u Zagrebu i Sveučilišta u Splitu, te sa Sveučilišta Santa Cruz, Kalifornija. Predstavljene su sve projektne aktivnosti te su zadani ciljevi za budući rad. Doktorandica je predstavila preliminarne rezultate analiza svjetlosti, te je provedena rasprava rezultata, predložene su nove smjernice za daljnji rad. 
Prije sastanka rezultati projekta i suradnje s kolegama s University of Sanata Cruz prezentirani su na geofizičkom seminaru gdje je Jasen Jacobsen održao predavanje pod naslovom: „Baroclinic Drivers of Marine Productivity Compared in Two Case Studies: Internal Tides and Island Trapped Waves“
Više informacija na: https://www.pmf.unizg.hr/geof?@=1nr8v#news_33612

Opremanje laboratorija aparaturom za molekularna istraživanja

Nabavili smo novu opremu i time opremili naš Laboratorij za algologiju i za istraživanja okolišne DNA. Već više od 10 godina radimo intenzivno i tu vrstu istraživanja, ali kao gosti u laboratorijama naših kolega na Biološkom odsjeku PMF-a i na Institutu Ruđer Bošković. Do sada smo objavili oko 50tak radova i pod našim mentorstvom je obranjeno četiri doktorata u kojima smo naša klasična taksonomska istraživanja proširili i na genetiku s preko 15 novoopisanih vrsta za znanost i osnovali Hrvatsku nacionalnu zbirku dijatomeja.
Iako trenutno nismo u našim prostorima (dok se ne vratimo nakon obnove od potresa), imamo svoj Laboratorij za algologiju i istraživanje okolišne DNA!
Veliko hvala kolegama čiji smo bili gosti do sada i rado ćemo uzvratiti uslugu!
Do povratka na Rooseveltov trg, možete nas naći na Horvatovcu 🙂

  

Zrinka Ljubešić održala je pozvano predavanje pod naslovom „Net primary production and plankton community response to internal-wave forcing in a stratifed oligotrophic system“ na on line projektnom sastanku CBIOMES e-meeting.



Microgrant Meet-Up

Dr. sc. Maja Mucko dobitnica  mikrogranta Physalia Courses u suradnji sa The eDNA Collaborative održala je kratko usmeno priopćenje na Microgrant Meet-Up 13. rujna 2023.


Sudjelovanje na simpoziju  InspireAdriatic2023 


Održana su četiri predavanja na simpoziju InspireAdriatic2023 https://inspireadriatic2023.irb.hr/ koja su u potpunosti ili dijelom dio projekta ISLAND

Pozvana predavanja: 
Mihanović, H. : Measurements in physical oceanography, an important aspect of interdisciplinary marine research
Ljubešić, Z.: Chasing the Holy Grail – representative marine plankton sample – myth or truth?

Usmena pripćenja: 
Mucko i sur. : Fine-scale changes in plankton community in oligotrophic stratified waters of Lastovo Island (Adriatic Sea) during ITW forcings
Jacobsen J.:  Ecosystem response to island trapped waves around the island of Lastovo in an idealized numerical model


 

 

Sastanak na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu Sveučilišta u Splitu

6. i 7. rujna 2023. godine održan je sastanaka u organizaciji doc. dr. sc. Žarka Kovača na kojemu su sudjelovali projektni suradnici projekta ISLAND i kolege sa Instituta za oceanografiju i ribarstvo, Split, University of Santa Cruz California i Sveučilišta u Rijeci. Prezentirane su sve dosadašnje projektne aktivnosti, doktorandica je prezentira temu doktorata te smo imali izvrsnu raspravu i dogovor oko danjeg rada i suradnje.

 

 

 

TEREN 2023.

  2. – 23. srpnja 2023. 

Rad na postajama S1 (Struga) i S0 (pozicija eksperimenta i ADCP-a)
  uzorkovanje tijekom dva fenomena ITW-a
  snimljeno 85 profila vodenog stupca
  napravljena tri eksperimenta in situ inkubacije (mjerenje primarne produkcije) 
  uz eksperimente sakupljeni uzorci za analizu klorofila, hranjivih soli i mrežni uzorci fitoplanktona
  u vrijeme prelaska satelita Sentinel napravljena radiometrijska mjerenja (SVC)
  in situ mjerenja otopljenih plinova u moru (PIGI sistem)
  mjerenja hiperspektralnih svjetlosnih svojstava mora s instrumentom hyperpro
  mjerenja s senzorima za PAR

 

 

 

 

Pozvano predavanje

U petak 3. ožujka 2023. izv. prof. dr. sc. Zrinka Ljubešić održala je pozvano predavanje u sklopu Fakultetskog seminara Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Splitu - na kojemu je predstavila projekt "Utjecaj valova vezanih uz otok na primarnu produkciju - ISLAND".  
https://www.pmfst.unist.hr/64-fakultetski-seminar-prirodoslovno-matematickog-fakulteta-fizika-okolisa/

Projektna radionica “Biološko-fizikalni procesi u Jadranskom moru – prezentacija projekata HRZZ-a ” 


7. i 8. veljače 2023. u organizaciji pet projekta financiranih od Hrvatske zaklade za znanost održala se projektna radionica “Biološko-fizikalni procesi u Jadranskom moru – prezentacija projekata HRZZ-a ” (Bio-physical Interactions in the Adriatic Sea – presentation of ongoing CSF projects) na kojoj je predstavljeno pet tekućih, te jedan zaprimljeni projket. Projekti obuhvaćaju istraživanja procesa tonjenja i uzdizanja morske vode u srednjem Jadranu (voditelj akademik Mirko Orlić, PMF, Sveučilište u Zagrebu), dnevne vertikalne migracije zooplanktona u južnom Jadranu (voditeljica dr. sc. Mirna Batistić, Institut za more i priobalje Sveučilišta u Dubrovniku), genetsku raznolikost zooplanktona u Jadranu (dr. sc. Rade Garić, Institut za more i priobalje Sveučilišta u Dubrovniku), molekularni život fitoplanktona (dr. sc. Daniela Marić Pfannkuchen, CIM Rovinj Institut Ruđer Bošković), oceanografski fenomen valova vezanih uz otok i njegov utjecaj na biološku produkciju (izv. prof. dr. sc. Zrinka Ljubešić, PMF Sveučilište u Zagrebu i osjetljivost primarne proizvodnje uslijed klimatskih promjena (doc dr. sc, žarko Kovač, PMF Sveučilište u Splitu).
Održan je okrugli stol na teme Promjene u ekosustavu Jadranskog mora i Izazovi terenskih istraživanja - optimizacija metodologije, te je održano 9 pozvanih predavanja. Na radionici je sudjelovalo 50 znanstvenika sa Geofizičkog i Biološkog odsjeka Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, Instituta za oceanografiju i ribarstvo Split,  Instituta za more i priobalje Sveučilišta u Dubrovniku, Istituto Nazionale di Oceanografia e di Geofisica Sperimentale iz Trsta, Društvo istraživača mora - 20000 milja, CIM Rovinj Instituta Ruđer Bošković, Fakultet za Fiziku, Sveučilišta u Rijeci i Ekonomski fakultet Sveučilišta u Rijeci.


  Plan rada radionice

  Popis sudionika

  Zaključci radionice

 

 

TEREN III 2022.

Sudjelovanje na simpoziju: 10. ANATOMIJA OTOKA KLIMATSKE PROMJENE I OKOLIŠNE BUDUĆNOSTI OTOKA

 

  Lastovo 26. -28. rujna 2022. 

 

 

 

   

 

  Terenski rad na postaji Struga, Maslovnjak i Prižba
  Zamjena temperaturnih logera
  Fotografiranje bentosa
  Vađenje ADCP

TEREN II 2022.


  8. – 27. srpnja 2022. 

Rad na postaji Struga
  uzorkovanje tijekom dva fenomena ITW-a
  snimljeno 69 profila vodenog stupca
  sakupljeno 177 uzorka morske vode za analizu fitoplanktona, bakterija, hranjivih soli i klorofila a
  sakupljeno 88 mrežnih uzorka zooplanktona
  sakupljeni uzorci mora za NGS analizu tijekom, poslije i prije generiranja fenomena ITW-a
  sakupljeni uzorci za analizu prehrane dominantnih vrsta zooplanktona
  testiran Wire Walker
  mjerenja s senzorima za PAR, nitrate i kisik

  

    
 galerija fotografija

SUDJELOVANJE NA MEĐUNARODNOM KONGRESU


13. – 18. lipanj 2022. sudjelovanje na međunarodnom kongresu „18th Islands of the World conference ISLANDS: NATURE AND CULTURE“ u Zadru s usmenom prezentacijom:
Z. Ljubešić, H. Mihanović, M. Orlić, D. Viličić, H. Čižmek, B. Čolić, D. Lučić, R. Garić: Observing Island-Trapped Waves Around Lastovo Island, Adriatic Sea
https://conference.unizd.hr/isisaislands/wp-content/uploads/sites/34/2022/06/Book-of-Abstracts-ISISA-Zadar-2022.pdf

Prezentacija: Ljubešić ISISA 

TEREN I 2022.


  5. – 12. lipnja 2022.

Rad na postaji Struga, Maslovnjak i Prižba
  Zamjena temperaturnih logera
  Mjerenja in situ primarne produkcije
  Fotografiranje bentosa
  Postavljanje ADCP
  9 izmjerenih profila vodenog stupca

 

    

 

 galerija fotografija

 

U petak 3. ožujka 2023. izv. prof. dr. sc. Zrinka Ljubešić održala je pozvano predavanje u sklopu Fakultetskog seminara Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Splitu - s Botaničkog zavoda Biološkog odsjeka PMF-a Sveučilišta u Zagrebu na kojemu je predstavila projekt "Utjecaj valova vezanih uz otok na primarnu produkciju - ISLAND".

21. i 28. travnja 2022. izv. prof. Zrinka Ljubešić održala je predavanje „Primarna proizvodnja  i prijenos hranjivih tvari u oceanima - primjer Lastovsko otočje u Jadranskom moru“ za profesore kemije za Varaždinsku i Međimursku županiju, te za učenike Prve gimnazije Varaždin.

14. - 18. veljače 2022. sudjelovanje na on line radionici „Ocean Carbon from Space 2022“ (https://oceancarbonfromspace2022.esa.int/agenda/) s posterskom prezentacijom:
Z. Ljubešić , Ž. Kovač, M., Orlić, H. Mihanović , D. Lučić , H. Čižmek , B. Čolić, D. Viličić „Island trapped waves (ITWs) as a driver of primary production at Lastovo island (Adriatic Sea)“


Prezentacija: Ljubešić ESA 

Projektni sastanak i javno predavanjE

 

16. 11. 2021. Projektni sastanak i javno predavanje doc. dr. sc. Žarka Kovača „Fragility of primary production“
Sastanak se održao hibridno, na Biološkom odsjeku PMF-a Sveučilišta u Zagrebu i putem aplikacije Microsoft Teams.
Prezentirani su dosadašnji rezultati i postavio se prvi plan uzorkovanja za slijedeću godinu.

 poziv na predavanje

 prezentacija 

TEREN 3


  22. rujan – 3. listopada 2021.

  22.-24. rujan 2021. Testni teren za uhodavanje CTD sonde koja se vratila s kalibracije svih senzora na Prokljanskom jezeru
  26.-29. rujan sudjelovanje na simpoziju u Lastovu – 9. Anatomija otoka. Pozvano predavanje: „Otok Lastovo – jedinstveni oceanografski fenomen“
  26. 9. – 2. 10. 2021. Tereni na Lastovu i Korčuli - Izvađeni temperaturni data logeri, postavljeni novi, testiran oksimetar, napravljeni CTD profili, izvađen ADCP, fotografiran bentos

  

  galerija fotografija

Teren 2

  11. – 23. srpanj 2021.

Sakupljeno 59 uzoraka morske vode (uzorci fitoplanktona, baterioplanktona, hranjivih soli, NGS, klorofil a); 52 uzorka mrežnog zooplanktona i snimljen 71 profil vodenog stupca.

  

  

  

  

  

  

  galerija fotografija

Teren 1

Postavljeni su temperaturni logeri, izmjereni profili CTD sondom i napravljene prve snimke kvadrata bentosa.

  

  

  

 

  galerija fotografija

  3. lipanj 2021. predstavljen je projekt u upravi PP Lastovo

 

Prezentacija (pdf)

  15. - 16. veljače 2021. na PMF-u, Sveučilišta u Zagrebu i putem aplikacije Microsoft Teams održan je prvi projektni sastanak.
Suradnici su se imali priliku upoznati, dio u živo, a dio putem Microsoft Teamsa. Dogovorili smo aktivnosti za prvo projektno razdoblje, metode uzorkovanja i analize, te način na koji ćemo opremiti laboratorije i istraživački brod. Radi trenutne epidemiološke situacije, te nesigurnosti narednih par mjeseci dogovorena su dva odvojena plana, za slučaj da će suradnici iz drugih država i dalje imati zabranu putovanja i neće moći sudjelovati na terenskom istraživanju kako je predviđeno.