1. komponenta

Vrsta nastave	Ukupno
Predavanja	30
Vježbe u praktikumu	30

* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)

Cilj predmeta:
Objasniti prednosti i nedostatke korištenja visokoprotočnih tehnologija sekvenciranja s naglaskom na preporuke prilikom dizajniranja pokusa, a s ciljem dobivanja kvalitetnih podataka za nizvodnu analizu
Sadržaj:
Pregled najčešće korištenih tehnologija visokoprotočnog sekvenciranja (cjelogenomsko sekvenciranje DNA, RNA sekvenciranje, analiza metilacije genoma, karakterizacija DNA-protein interakcija, metagenomika i metatranskriptomika, single-cell mRNA i DNA sekvenciranje)
- Preporuke u dizajnu pokusa cjelogenomskog sekvenciranja DNA i ciljanom resekvenciranju dijela DNA
- Sekvenciranje RNA: preporuke u dizajnu eksperimenata profiliranja transkriptoma, microRNA, dugih nekodirajućih RNA i profiliranja ribosoma
- Preporuke prilikom osmišljanja eksperimenta u kojem se određuju metilacijski profili, dizajn ChIP-Seq eksperimenta
- Dizajn metagenomskih i metatranskriptomskih eksperimenata
- Dizajn single-cell mRNA i DNA pokusa
- Osmišljanje HiC eksperimenta

1. Field Guidelines for Genetic Experimental Designs in High-Throughput Sequencing., Aransay, A.M., Trueba, J.L.L., Springer, 2016.

Izborni kolegiji - Redovni Studij - Molekularna biologija