1. komponenta

Vrsta nastave	Ukupno
Predavanja	15
Seminar	5

* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)

Opremanje laboratorija za proteinsku biokemiju i osnovna oprema. Puferi i reagensi neophodni u pročišćavanju i radu s proteinima. Izdvajanje proteina iz biološkog materijala, metode lize i razaranja različitih tipova stanica i tkiva. Stabilizacija proteina u lizatu i tijekom postupka pročišćavanja. Metode izmjene pufera i otapala na polupropusnim membranama: dijaliza i ultrafiltracija. Taložne metode pročišćavanja i ugušćavanja proteina: taloženje pomoću amonijevog sulfata, polietilen-glikola, organskih otapala i trikloroctene kiseline. Kromatografske metode odjeljivanja proteina: kromatografija na ionskim izmjenjivačima, kromatografija hidrofobnih interakcija, gel-permeacijska kromatografija (gel-filtracija ili size-exclusion chromatography). Afinitetna kromatografija: konvencionalne metode afinitetne kromatografije i suvremene metode afinitetne kromatografije rekombinantnih proteina s afinitetnim privjescima. Specijalizirani oblici afinitetne kromatografije: pročišćavanje imunoglobulina i glikoproteina afinitetnom kromatografijom. Upotreba tag-ova (privjesaka) u biokemiji, in vivo i in vitro obilježavanje proteina. Strategije fluorescentnog obilježavanja proteina, kovalentne modifikacije i imobilizacije proteina.
Visokoprotočne i visokoučinkovite prilagodbe kromatografskih tehnika pročišćavanja proteina. Svojstva stacionarnih faza, instrumenti za visokoučinkovito pročišćavanje proteina.
Teorijske osnove elektroforeze i elektroforetske metode karakterizacije proteina. Nativna i denaturirajuća elektroforeza. Elektroforeza na poliakrilamidnom gelu u prisutnosti natrijevog dodecilsulfata (SDS-PAGE), izoelektrično fokusiranje i dvodimenzionalna elektroforeza. Detekcija makromolekula u gelovima nakon elektroforetskog odvajanja. Western-analiza. Kapilarna elektroforeza.
Analiza proteina: određivanje koncentracije proteina i mjerenje enzimske aktivnosti. Detekcija i karakterizacija nečistoća. Analiza strukturne heterogenosti uzorka proteina. Analiza posttranslacijskih modifikacija proteina. Metode ciljanog obogaćivanja pojedine klase proteina ili posttranslacijskih modifikacija (target enrichment).
Posebni aspekti rada s membranskim proteinima, makromolekulskim i ribonukleoproteinskim kompleksima, supramolekulskim strukturama.
RAZVIJANJE OPĆIH I SPECIFIČNIH KOMPETENCIJA: Stjecanje znanja o suvremenim metodama rada s proteinima, njihovog izdvajanja, obilježavanja i karakterizacije, s posebnim naglaskom na praktične aspekte eksperimentalnog rada s proteinima.
OBLICI PROVOĐENJA NASTAVE I NAČIN PROVJERAVANJA ZNANJA: Predavanja, pokazne vježbe, konzultacije

1. OBVEZNA LITERATURA:
   R. R. Burgess and M. P. Deutscher (ed.): Guide to Protein Purification, 2nd Edition. Methods in Enzymology, (2009) 463:1-851
   R. K. Scopes: Protein Purification: Principles and Practice, 3rd edition. Springer-Verlag, New York (1994)
   G T. Hermanson: Bioconjugate Techniques, 2nd edition. Academic Press, London (2008)
   Recently published scientific articles
2. DODATNA LITERATURA:
   Recentni članci iz znanstvene literature.

Izborni kolegiji za smjer analitička kemija - Redovni Smjer - Analitička kemija
Izborni kolegiji za smjer anorganska i strukturna kemija - Redovni Smjer - Anorganska i strukturna kemija
Izborni kolegiji za smjer biokemija - Redovni Smjer - Biokemija
Izborni kolegiji za smjer fizikalna kemija - Redovni Smjer - Fizikalna kemija
Izborni kolegiji za smjer organska kemija - Redovni Smjer - Organska kemija

Izborni predmeti doktorski studij kemije - Redovni Smjer - Analitička kemija
Izborni predmeti doktorski studij kemije - Redovni Smjer - Anorganska i strukturna kemija
Izborni predmeti doktorski studij kemije - Redovni Smjer - Biokemija
Izborni predmeti doktorski studij kemije - Redovni Smjer - Fizikalna kemija
Izborni predmeti doktorski studij kemije - Redovni Smjer - Organska kemija