Izbornik predmeta
 
Glavni izbornik
 
Proteinska kristalografija
 
Šifra: 60219
ECTS: 6.0
Nositelji: prof. dr. sc. Dubravka Matković-Čalogović - Predavanja
prof. dr. sc. Biserka Prugovečki - Predavanja
Izvođači: Dubravka Matković-Čalogović - Vježbe u praktikumu
Biserka Prugovečki - Vježbe u praktikumu

Dubravka Matković-Čalogović - Seminar
Biserka Prugovečki - Seminar
Prijava ispita: Studomat
Engleski jezik:

0,0,0

Nastavnik nije u mogućnosti ponuditi nastavu na engleskom jeziku.
Opterećenje:

1. komponenta

Vrsta nastaveUkupno
Predavanja 30
Vježbe u praktikumu 15
Seminar 15
* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)
Opis predmeta:
ISHODI UČENJA:
1. Objasnitii fizikalne temelje difrakcije na kristalu.
2. Objasniti metode određivanja kristalne strukture proteina.
3. Izvesti eksperiment kristalizacije proteina.
4. Primijeniti osnovne metode rješavanja i utočnjavanja struktura proteina.
5. Koristiti se bazama riješenih struktura bioloških makromolekula.

PREDAVANJA:
1. Makroskopska svojstva kristala. 2. Osnove simetrije u kristalima; Millerovi indeksi, točkine grupe. 3. Kristalne rešetke. 4. Prostorne grupe. 5. Osnovni principi difrakcije na monokristalima; Braggov zakon 6. Metode kristalizacije proteina. 7. Izvori i detektori rentgenskog zračenja. 8. Fourierova sinteza; problem faza. 9. Metode sakupljanja difrakcijskih podataka. 10. Proteinske baze podataka. 11. Osnovne metode određivanja kristalne strukture proteina. 12. Izrada modela i utočnjavanje strukture 13. Analiza riješene strukture.
SEMINARI:
Raličite teme, npr.: kristalizacija membranskih proteina; istraživanje strukture proteina SAXS (Small-angle X-ray scattering) metodom; istraživanje strukture proteina difrakcijom rentgenskog zračenja na polikristalnom uzorku; istraživanje strukture proteina NMR metodom; istraživanje strukture proteina neutronskom difrakcijom.
VJEŽBE:
1. Kristalizacija odabranog proteina metodom difuzije para u visećoj kapi.
2. Odabir kristala i sakupljanje difrakcijskih podataka.
3. Procesiranje podataka i rješavanje kristalne strukture odabrane biološke makromolekule korištenjem metode molekulske zamjene.
4. Utočnjavanje kristalne strukture odabrane biološke makromolekule.
5. Analiza i vizualizacija strukture odabrane biološke makromolekule.
Literatura:
  1. C. Giacovazzo, H. L. Monaco, G. Artioli, D. Viterbo, G. Ferraris, G. Gilli, G. Zanotti, M. Cati, Fundamentals of Crystallography, 2nd Ed, Oxford University Press, 2002
  2. Jan Drenth, Principles of Protein X-Ray Crystallography, 3rd Ed, Springer 2007
  3. W. Clegg, Crystal Structure Determination, Oxford University Press, Oxford, 2002
3. semestar
Izborni predmeti - Strukturna biologija - Redovni studij - Molekularna biologija
Termini konzultacija:
Obavijesti
 
Nema vijesti!
Repozitorij
 
Repozitorij je prazan
Anketa
 
Na ovoj stranici trenutno nije odabrana niti jedna anketa!

 

 

Sva prava pridržana. Kemijski odsjek Prirodoslovno-matematičkog fakulteta
Sveučilište u Zagrebu