1. komponenta

Vrsta nastave	Ukupno
Vježbe u praktikumu	60

NASTAVNI SADRŽAJI:
Umnožavanje fragmenata DNA koji nose gen za određeni protein pomoću PCR-reakcije. Izolacija plazmidne DNA, te razgradnja restrikcijskim enzimima. Ugradnja umnoženog fragmenta u pripremljeni plazmidni vektor. Odabir rekombinantnih plazmida. Transformacija bakterijskog soja rekombinatnim plazmidom. Indukcija prekomjerne ekspresije proteina kodiranog umnoženim fragmentom DNA. Provjera prekomjerne ekspresije proteina SDS-gel elektroforezom. Izolacija ukupnih staničnih proteina iz induciranih bakterija. Pročišćavanje prekomjerno eksprimiranog proteina afinitetnom kromatografijom na Ni-NTA agaroznoj koloni. Provjera kromatografskih frakcija na SDS-poliakrilamidnom gelu. Spektrofotometrijsko određivanje koncentracije proteina. Bioinformatička analiza ciljnog gena i proteina.

ISHODI UČENJA:
1. samostalno provoditi složene i suvremene biokemijske i molekularno-biološke eksperimente koji uključuju tehnike rekombinantne DNA i metode manipulacije s proteinima
2. samostalno rukovati složenijim i suvremenim uređajima koji se koriste u biokemijskom laboratoriju
3. osmisliti postupak ugradnje gena u plazmidni vektor s ciljem dobivanja rekombinantnog fuzijskog proteina
4. izvesti eksperimente ugradnje gena u plazmidni vektor uz korištenje odgovarajućih kontrola, te provjeriti uspješnost ugradnje
5. transformirati bakterijske stanice rekombinatnim plazmidom
6. provesti prekomjernu ekspresiju rekombinantnog fuzijskog proteina u bakterijskom domaćinu
7. pročistiti prekomjerno eksprimiran protein afinitetnom kromatografijom
8. odrediti čistoću i koncentraciju pročišćenog proteina
9. kritički promišljati o izvedenim eksperimentima i predložiti poboljšanje i/ili optimizaciju eksperimentalnih uvjeta i postupaka
10. napisati detaljan izvještaj o radu u praktikumu u obliku znanstvenog članka

1. OBAVEZNA LITERATURA:
   Interna skripta za Viši praktikum biokemije (2. radno izd.), Zavod za biokemiju, PMF, Zagreb 2013.
   pET System Manual (11. izd.), Novagen, 2005.
   Relevantna poglavlja iz knjige R. R. Burgess, M. P. Deutscher (ur.), Methods in Enzymology: Guide to Protein Purification (2. izd.), Elsevier, 2009.
   Odabrani izvorni i revijalni znanstveni radovi
2. DOPUNSKA LITERATURA:
   A. Ambriović Ristov (gl. ur.), Metode u molekularnoj biologiji, Institut Ruđer Bošković, Zagreb, 2007.
   J. Sambrook i D. W. Russell, Molecular Cloning: a laboratory manual (3. izd.) Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.
   S. B. Primrose i R. M. Twyman, Principles of Gene Manipulation and Genomics (7. izd.), Blackwell Publishing, 2006.
   L. Stryer, J. Berg i J. Tymoczko, Biokemija (6. izd), Školska knjiga, 2013. (prijevod na hrvatski jezik)
   J. M. Berg, J. L. Tymoczko i L. Stryer, Biochemistry (7. izd.), W. H. Freeman & Co, New York, 2012.
   D. L. Nelson i M. M. Cox, Lehninger Principles Of Biochemistry (6. izd.), W. H. Freeman & Co, New York, 2013.

Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Analitička i anorganska kemija
Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Analitička i fizikalna kemija
Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Analitička i organska kemija
Obavezni predmet - Redovni Smjer - Analitička kemija i biokemija
Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Anorganska i fizikalna kemija
Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Anorganska i organska kemija
Obavezni predmet - Redovni Smjer - Anorganska kemija i biokemija
Obavezni predmet - Redovni Smjer - Biokemija i fizikalna kemija
Obavezni predmet - Redovni Smjer - Biokemija i organska kemija
Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Fizikalna i organska kemija

Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Analitička i anorganska kemija
Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Analitička i fizikalna kemija
Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Analitička i organska kemija
Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Anorganska i fizikalna kemija
Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Anorganska i organska kemija
Izborni predmeti izvan odabranih grana - Redovni Smjer - Fizikalna i organska kemija