PROJEKT  AARSCODE

IP-2016-06-6272

Trajanje / Duration: 1.3. 2017 – 28. 2. 2021.

Financiranje / Funding: HRVATSKA ZAKLADA ZA ZNANOST / CROATIAN SCIENCE FOUNDATION

VODITELJ PROJEKTA / PRINCIPAL INVESTIGATOR: izv. prof. dr. sc. Ita Gruić Sovulj

INSTITUCIJE KOJE SUDJELUJU U PROJEKTU / INSTITUTIONS

Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu / Faculty of Science, University of Zagreb

Nacionalni institut za kemiju, Ljubljana / National Institute od Chemistry, Ljubljana

Tehnološki institut, Berlin / Technical University of Berlin

Institut Ruđer Bošković, Zagreb / Ruđer Bošković Institute, Zagreb

Centar za proteomiku, Tuebingen / Proteome Center Tuebingen

NAZIV PROJEKTA / PROJECT TITLE

Aminoacil-tRNA-sintetaze kao čuvari standardnog genetičkog koda

Aminoacyl-tRNA synthetases as gatekeepers of the standard genetic code

SAŽETAK / ABSTRACT

Genetički kod definira zakonitosti koje omogućavaju prevođenje genetičke informacije u funkcionalne molekule proteina. Suodnos kodona i aminokiseline ostvaruje se pomoću aminoacil-tRNA-sintetaza (aaRS), enzima koji sparuju aminokiselinu s pripadnom molekulom tRNA. Visok stupanj točnosti u translaciji osigurava se dijelom kroz korektivne mehanizme enzima aaRS. Učestalost mistranslacije predstavlja važno pitanje u temeljnim istraživanjima i njihovoj primjeni u medicini i biotehnologiji. Korektivni mehanizmi također djeluju kao čuvari standardnog genetičkog koda i sprječavaju ugradnju prirodnih aminokiselina koje nisu definirane genetičkim kodom. Ti mehanizmi, s druge strane, mogu otežati ugradnju sintetskih aminokiselina u dizajnerske proteine. U sklopu projekta predlaže se istraživanje sintetskih i korektivnih mehanizama enzima koji omogućuju ugradnju leucina, valina i izoleucina u proteine. Usporedit ćemo katalitičke principe i specifičnost sintetskog i korektivnog mjesta tih enzima prema proteinogenim aminokiselinama i onima koje nisu kodirane genetičkim kodom. Također, istražit ćemo toksičnost mistranslacije i stanični odgovor na izazvani stres. Cilj je razumjeti principe koji definiraju odabir standardne aminokiselinske abecede te kako narušavanje genetičkog koda utječe na staničnu fiziologiju. Navedene spoznaje olakšat će usmjerenu ugradnju fluoriranih aminokiselina u dizajnerske proteine. Konačno, testirat ćemo postojanje sprege između točnosti translacije i adaptacije na stres izazvan okolišnim uvjetima. Ovo istraživanje, kroz redizajniranje suodnosa kodona i aminokiseline, nalazi se na granici biokemije i kemijske biologije. Atraktivnost i izvedivost predloženog istraživanja uočljiva je kroz suradnje naše grupe, značajno prepoznate u polju biosinteze proteina, s istaknutim internacionalnim (Prof. Budiša, TU Berlin, Prof. Anderluh, NIC, Ljubljana, Prof. Maček, Proteome Center Tübingen) i domaćim (Dr. Vianello, IRB, Zagreb) partnerima.

The genetic code provides the basis for translation of genetic information into functional proteins. Codon assignments are established by aminoacyl-tRNA synthetases (aaRS), which couple amino acids to their cognate tRNAs. Mistakes in translation are generally kept low, in part by inherent aaRS hydrolytic editing. The extent to which mistranslation occurs presents a fundamental question in basic research with impact on medicine and biotechnology. AaRS quality control mechanisms also act as gatekeepers of the standard genetic code and prevent infiltration of natural but non-coded amino acids. Consequently, they present an obstacle for synthetic amino acid translation in rational protein design. Here we propose to investigate the synthetic and editing mechanisms of three aaRSs responsible for translation of amino acids that build the protein core: leucine, valine and isoleucine. We will compare the catalytic principles and gained specificity of the enzymes’ synthetic and editing sites against proteinogenic and non-coded amino acids. The cellular toxicity and stress responses of induced non-canonical mistranslation will be addressed. The goal is to improve our understanding of the basis for selection of the natural amino acid alphabet, and how violation of the coding principles influences cell physiology. Mechanistic insight will extend our ability to apply fluorinated amino acids in protein rational design. A possible link between altered translational fidelity and adaptation to environmental stress will be sought. This research couples biochemistry and chemical biology through the interest in reassignment of the genetic code. The assembled expertise through the international (Prof. Budiša, TU Berlin, Prof. Anderluh, NIC, Ljubljana, and Prof. Maček, Proteome Center Tübingen) and national (Dr. Vianello, RBI, Zagreb) collaborators will strongly enhance the capacity of our group, which is well-recognized in the field of protein translation, to conduct this research.

PROJEKTNI TIM / PROJECT TEAM

Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu: Ita Gruić Sovulj, Jasmina Rokov Plavec, Marko Močibob, Morana Dulić, Nevena Cvetešić, Mario Kekez, Maja Barači, Igor Živković, Marija Viher, Valentina Ević

Nacionalni institut za kemiju, Ljubljana: Gregor Anderluh

Tehnološki institut, Berlin: Nediljko Budiša

Institut Ruđer Bošković, Zagreb: Robert Vianello

Centar za proteomiku, Tuebingen: Boris Maček

PUBLIKACIJE / PUBLICATIONS

1. Pranjić, Marija; Spät, Philipp; Šemanjski Čurković, Maja; Maček, Boris; Gruić-Sovulj, Ita; Močibob, Marko. Resilience and proteome response of Escherichia coli to high levels of isoleucine mistranslation // International journal of biological macromolecules, 262 (2024), 1; 130068, 12. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2024.130068
2. Škibola, Zara; Gruić Sovulj, Ita; Maršavelski, Aleksandra. Impact of non-proteinogenic amino acid norvaline and proteinogenic valine misincorporation on a secondary structure of a model peptide // Journal of molecular graphics & modelling, 123 (2023), 2023; 108528-108534. doi: 10.1016/j.jmgm.2023.108528
3. Dulić, Morana; Franičević, Nina; Gruić Sovulj, Ita. Gly56 in the synthetic site of isoleucyl-tRNA synthetase confers specificity and maintains communication with the editing site // FEBS letters, 597 (2023), 24; 3114-3124. doi: 10.1002/1873-3468.14780
4. Evic, Valentina; Soic, Ruzica; Mocibob, Marko; Kekez, Mario; Houser, Josef; Wimmerova, Michaela; Matković-Čalogović, Dubravka; GruicSovulj, Ita; Kekez, Ivana; Rokov-Plavec, Jasmina. Evolutionarily conserved cysteines in plant cytosolic seryl-tRNA synthetase are important for its resistance to oxidation // FEBS letters, 597 (2023), 23; 2975-2992. doi: 10.1002/1873-3468.14748
5. Živković, Igor; Ivković, Kate; Cvetešić, Nevena; Maršavelski, Aleksandra; Gruić Sovulj, Ita. Negative catalysis by the editing domain of class I aminoacyl-tRNA synthetases // Nucleic acids research, 50 (2022), 7; 4029-4041. doi: 10.1093/nar/gkac207
6. Pang, Luping; Zanki, Vladimir; Strelkov, Sergei V.; Van Aerschot, Arthur; Gruić Sovulj, Ita; Weeks, Stephen D. Partitioning of the initial catalytic steps of leucyl-tRNA synthetase is driven by an active site peptide-plane flip // Communications biology, 5 (2022), 1; 883, 12. doi: 10.1038/s42003-022-03825-8
7. Kekez, Mario; Zanki, Vladimir; Antičević, Ivan; Rokov-Plavec, Jasmina; Maršavelski, Aleksandra. Importance of protein intrinsic conformational dynamics and transient nature of non-covalent interactions in ligand binding affinity // International journal of biological macromolecules, 192 (2021), 692-700. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2021.10.045
8. López-Méndez, Blanca; Baron, Bruno; Brautigam, Chad A.; Jowitt, Thomas A.; Knauer, Stefan H.; Uebel, Stephan; Williams, Mark A.; Sedivy, Arthur; Abian, Olga; Abreu, Celeste et al. Reproducibility and accuracy of microscale thermophoresis in the NanoTemper Monolith: a multi laboratory benchmark study // European biophysics journal, 50 (2021), 411-427. doi: 10.1007/s00249-021-01532-6
9. Baranašić, Jurica; Mihalak, Anita; Gruić Sovulj, Ita; Bauer, Nataša; Rokov Plavec, Jasmina. Expression of genes for selected plant aminoacyl-tRNA synthetases in the abiotic stress // Acta botanica Croatica, 80 (2021), 1; 35-42. doi: 10.37427/botcro-2021-010
10. D. Despotovic, L.M. Longo, E. Aharon, A. Kahana, T. Scherf, I. Gruic-Sovulj, D.S. Tawfi; Polyamines Mediate Folding of Primordial Hyperacidic Helical Proteins, Biochemistry, 59 (2020), 4456-4462, doi:10.1021/acs.biochem.0c00800

    

11. D.S. Tawfik, I. Gruic-Sovulj; How evolution shapes enzyme selectivity – lessons from aminoacyl‐tRNA synthetases and other amino acid utilizing enzymes, The FEBS Journal, 287 (2020), 1284-1305, doi:10.1111/febs.15199 

    

     

12. I. Zivkovic, J. Moschner, B. Koksch, I. Gruic-Sovulj; Mechanism of discrimination of isoleucyl‐tRNA synthetase against nonproteinogenic α‐aminobutyrate and its fluorinated analogues, The FEBS Journal, 287 (2020), 800-813, doi:10.1111/febs.15053

13. M. Bilus, M. Semanjski, M. Mocibob, I. Zivkovic, N. Cvetesic, D. S. Tawfik, A. Toth-Petroczy, B. Macek, I. Gruic-Sovulj; On the Mechanism and Origin of Isoleucyl-tRNA Synthetase Editing against Norvaline, JMB (2019), doi:10.1016/j.jmb.2019.01.029.

14. M. Kekez, V. Zanki, I. Kekez, J. Baranasic, V. Hodnik, A.M. Duchene, G. Anderluh, I. Gruic-Sovulj, D. Matković-Čalogović, I. Weygand-Durasevic, J. Rokov-Plavec; Arabidopsis seryl-tRNA synthetase: the first crystal structure and novel protein interactor of plant aminoacyl-tRNA synthetase, FEBS J., 286 (2019), 536-554, doi:10.1111/febs.14735.

15. M. Dulić, N. Cvetešić, I. Živković, A. Palencia, S. Cusack, B. Bertoša, I. Gruić-Sovulj; Kinetic Origin of Substrate Specificity in Post-Transfer Editing by Leucyl-tRNA Synthetase, JMB, 430 (2018) 1-16. Rad je zbog izvrsne recenzije popraćen komentarom i istaknut na naslovnici izdanja časopisa.

POZVANA PREDAVANJA / INVITED TALKS

1. M. Močibob, M. Biluš, M. Pemanjski, I. Živković, N. Cvetešić, B. Maček, I. Gruić Sovulj, Maintaining the protein biosynthesis fidelity by isoleucyl-tRNA synthetase, HDBMB2019, Crossroads in Life Sciences, Lovran, Hrvatska, 25.-28. rujna 2019. - pozvano predavanje
2. I. Gruić Sovulj, What shaped selectivity of the class I AARS editing domain?, 12th International Symposium on Aminoacyl-tRNA synthetases, Hangzhou, Zhejiang Province, China, 5.-9. studenog 2019. - pozvano predavanje
3. I. Gruic Sovulj, Trimming a branch: norvaline is more toxic than valine in isoleucine mistranslation, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Austrija, 22. ožujka 2019. - pozvano predavanje
4. I. Gruić Sovulj, Aminoacyl-tRNA synthetases: checkpoints of the proteinogenic amino acid alphabet, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Izrael, 6. studenog 2018.- seminar
5. I. Gruić Sovulj, Aminoacil-tRNA sintetaze: molekulske tvrđave koje reguliraju ulaz aminokiselina u biosintezu proteina, SiSK 2018 - Simpozij Studenata Kemičara, Zagreb, 27. listopada 2018 - pozvano predavanje
6. I. Gruić Sovulj, Aminoacyl-tRNA synthetases: canonical roles with
   non-canonical substrates, Nacionalni institut za kemiju, Ljubljana, 16. veljače 2018. - seminar
7. I. Gruić Sovulj, Crosstalk of the synthetic and editing pathways that excludes artificial amino acids from translation, 11th AARS – IUBMB Focused Meeting on Aminoacyl-tRNA synthetases, 29. listopad - 2. studenog 2017., Clearwater Beach, Florida, USA
8. I. Gruić Sovulj, Quality control in aminoacyl-tRNA synthesis, TU Berlin, Njemačka, travanj 2017. - seminar
9. I. Gruić Sovulj, Maintaining the Canonical Amino Acid Alphabet: a Story about Aminoacyl-tRNA Synthetases, XXV. Hrvatski skup kemičara i kemijskih inženjera, 19.–22. travnja 2017., Poreč 

KONFERENCIJE / CONFERENCES

1. Pranjić, Marija; Gruić Sovulj, Ita; Močibob, Marko. Metabolic challenges to fidelity of isoleucine decoding in Escherichia coli. 2nd Workshop on Mass Spectrometry in Life Sciences, Zagreb, Hrvatska, 2024.
2. Rokov Plavec, Jasmina; Ević, Valentina; Šoić, Ružica; Močibob, Marko; Kekez, Ivana. Disulfide bond enables cytosolic protein to function in oxidizing conditions. COZYME2024. Zagreb, Hrvatska, 2024. 
3. Močibob, Marko; Pranjić, Marija; Šemanjski Čurković, Maja; Spät, Philipp; Maček, Boris; Gruić-Sovulj, Ita. Proteome response to mistranslation. 1st Workshop on Mass Spectrometry in Life Sciences, Zagreb, Hrvatska, 2022.
4. Ević, Valentina; Šoić, Ružica; Matković-Čalogović, Dubravka; Gruić Sovulj, Ita; Kekez, Ivan ; Rokov Plavec, Jasmina. Contrasting effect of evolutionary conserved cysteines on the stability of plant seryl-tRNA synthetase. Congress of the Croatian Society of Biochemistry and Molecular Biology HDBMB22: From Science to Knowledge, Brela, Hrvatska, 2022.
5. Ević, Valentina; Peharec Štefanić, Petra; Gruić Sovulj, Ita; Rokov Plavec, Jasmina. Beneficial effect of mistranslation on proliferation and viability of bacteria Escherichia coli in oxidative stress.  Congress of the Croatian Society of Biochemistry and Molecular Biology HDBMB22: From Science to Knowledge, Brela, Hrvatska, 2022.
6. Ević, Valentina; Peharec Štefanić, Petra; Gruić Sovulj, Ita; Rokov Plavec, Jasmina. Mistranslation helps Escherichia coli to adapt to oxidative stress. FEBS Congress, Portugal, 2022.
7. Ević, Valentina; Peharec Štefanić, Petra; Gruić Sovulj, Ita; Rokov Plavec, Jasmina. The role of mistranslation in oxidative stress response in bacteria Escherichia coli, 6. simpozij studenata doktorskih studija PMF-a, Zagreb, Hrvatska, 2022.
8. Rokov Plavec, Jasmina; Kekez, Mario; Ević, Valentina; Zanki, Vladimir; Šoić, Ružica; Matković-Čalogović, Dubravka; Kekez, Ivana. Emerging noncanonical functions of plant aminoacyl- tRNA synthetase. FEBS Congress, Ljubljana, Slovenija, 2021.
9. Živković, Igor; Gruić Sovulj, Ita. Isoleucyl-tRNA synthetase editing domain accepts broad range of amino acids that are efficiently discriminated at the synthetic active site. 20th FEBS Young Scientists’ Forum. Lovran, Hrvatska, 2021. i FEBS Congress, Ljubljana, Slovenija, 2021.
10. Ević, Valentina; Gruić Sovulj, Ita; Rokov- Plavec, Jasmina. Influence of mistranslation stress on oxidative stress response in bacteria Escherichia coli. FEBS Congress, Ljubljana, Slovenija, 2021.
11. Ević, Valentina; Gruić Sovulj, Ita; Rokov Plavec, Jasmina. Effect of mistranslation and oxidative stress on growth and viability of bacteria Escherichia coli. 5th Faculty of Science PhD Student Symposium. 2021 Zagreb, Hrvatska, 2021.
12. M. Pranjić, M. Močibob, M. Šemanjski, P. Spat, B. Maček, I. Gruić Sovulj, Utjecaj kanonske i nekanonske mistranslacije na proteostazu stanice, Simpozij studenata doktorskih studija PMF-a, 28.2.2020., Zagreb, Hrvatska - nagrada za najbolje postersko priopćenje
13. I. Živković, I. Gruić Sovulj, Izoleucil-tRNA-sintetaza hidrolizira tRNA misacilirane aminokiselinama koje su efikasno diskriminirane u sintetskom mjestu, Simpozij studenata doktorskih studija PMF-a, 28.2.2020., Zagreb, Hrvatska - nagrada za najbolje usmeno priopćenje
14. J. Rokov-Plavec, V. Ević, M. Kekez, I. Kekez, R. Šoić, J. Houser, M. Wimmerova, D. Matković-Čalogović, Importance of the disulfide link in the stability of cytosolic protein. Living Molecules: towards Integrative Biophysics of the Cell, ARBRE-MOBIEU Plenary Meeting. 24.-26.2.2020., Prag, Češka Republika
15. J. Rokov-Plavec, M. Kekez, V. Zanki, I. Kekez, D. Matković-Čalogović, Plant seryl-tRNA synthetase as a link between translation and metabolism of brassinosteroid hormones, HDBMB2019, Crossroads in Life Sciences, 25.-28.9.2019., Lovran, Hrvatska
16. I. Živković, I. Gruić Sovulj, What tailors discrimination against smaller hydrophobic amino acids in isoleucyl-tRNA synthetase?, Advanced Course Trends in Enzymology and Biocatalysis, 27.-31.5.2019., Rim, Italija - nagrada za najbolje postersko izlaganje
17. M. Pranjić, M. Močibob, M. Šemanjski, B. Maček, I. Gruic Sovulj, Cellular response to proteome-wide isoleucine mistranslation, EMBO Practical Course, Quantitative Proteomics: Strategies and Tools to Probe Biology, 5.-10.5.2019., Heidelberg, Njemačka
18. I. Živković, I. Gruić Sovulj, How hydrophobicity modulates amino acid discrimination by isoleucyl-tRNA synthetase?, Croatian meeting of chemists and chemical engineers, 9.-12.4.2019., Šibenik, Hrvatska
19. M. Pranjić, M. Močibob, M. Šemanjski, B. Maček, I. Gruić Sovulj, Cellular responses to proteome-wide isoleucine mistranslation, The 3rd COST-sponsored ARBRE-MOBIEU plenary meeting, 18.-20.3.2019., Zagreb, Hrvatska
20. I. Živković, I. Gruić Sovulj, Discrimination of α-aminobutyrate and its fluorinated analogues in the synthetic and editing reactions of isoleucyl-tRNA synthetase, The 3rd COST-sponsored ARBRE-MOBIEU plenary meeting, 18.-20.3.2019., Zagreb, Hrvatska
21. M. Kekez, V. Zanki, I. Kekez, D. Matković-Čalogović, J. Rokov-Plavec, Plant seryl-tRNA synthetase as a link between translation and metabolism of brassinosteroid hormones, The 3rd COST-sponsored ARBRE-MOBIEU plenary meeting, 18.-20.3.2019., Zagreb, Hrvatska
22. M. Bilus, M. Semanjski, M. Mocibob, I. Zivkovic, N. Cvetesic, D. Tawfik, A.
    Toth-Petroczy, B. Macek, I. Gruic-Sovulj, Trimming a branch: norvaline is more toxic than valine in isoleucine mistranslation, 3rd International Conference on Post-Translational Modifications in Bacteria, 3.-4. prosinca 2018., University of Tübingen, Tübingen, Njemačka
23. I. Živković, I. Gruić Sovulj, Mehanizmi diskriminacije izoleucil-tRNA-sintetaze prema
    α-aminobutiratu i njegovim fluoriranim analozima, Simpozij studenata doktorskih studija PMF-a, 22. veljače 2019., Zagreb
24. J. Baranašić, M. Kekez, A. Mihalak, J. Rokov Plavec, Plant aminoacyl-tRNA synthetases in abiotic stress, FEBS3+ From molecules to living systems, 2.–5. rujna 2018., Siofok, Mađarska
25. M. Kekez, V. Zanki, I. Kekez, D. Matković-Čalogović, J. Rokov Plavec, Where translation meets plant steroid metabolism: interaction of seryl-tRNA synthetase and BEN1 protein from Arabidopsis thaliana, FEBS3+ From molecules to living systems, 2.–5. rujna 2018., Siofok, Mađarska
26. M. Biluš, M. Šemanjski, M. Močibob, A. Toth-Petroczy, B. Maček, I. Gruić Sovulj, IleRS editing primarily targets norvaline whose misincorporation is more toxic than of valine, The 27th tRNA Conference (tRNA2018), 23.–27. rujna 2018., Strasbourg, Francuska
27. I. Živković, I. Gruić Sovulj, Kinetička razdioba u sintetskom mjestu izoleucil-tRNA-sintetaze određuje mehanizam diskriminacije nepripadnih aminokiselina, Simpozij studenata doktorskih studija PMF-a, 9. veljače 2018., Zagreb - Dodijeljena nagrada za najbolje postersko priopćenje
28. I. Živković, M. Dulić, N. Cvetešić, B. Bertoša, I. Gruić Sovulj, Exclusion of the cognate substrate from the leucyl-tRNA synthetase editing pathway, XXV. Hrvatski skup kemičara i kemijskih inženjera, 19.–22. travnja 2017., Poreč – Dodijeljena nagrada Znanstveno-organizacijskog odbora 25HSKIKI za najbolji poster u području kemije

OSTALE AKTIVNOSTI / OTHER ACTIVITIES

1. Doktorska disertacija: Marija Pranjić, Stanični odgovor bakterije Escherichia coli na pogreške u biosintezi proteina na izoleucinskim položajima, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2024. (mentor: Marko Močibob)
2. Doktorska disertacija: Valentina Ević, Uloga aminoacil-tRNA-sintetaza u staničnom odgovoru na oksidacijski stres, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2024. (mentor: Jasmina Rokov Plavec)
3. Diplomski rad: Marko Prosinečk, Utjecaj mistranslacije i oksidacijskog stresa na bakteriju Escherichia coli, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2023. (mentor: Jasmina Rokov Plavec)
4. Doktorska disertacija: igor Živković, Mehanizmi ostvarivanja supstratne specifičnosti u sintetskom i korektivnom mjestu izoleucil-tRNA- sintetaze, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2021. (mentor: Ita Gruić Sovulj)
5. Radni posjet. I. Gruić-Sovulj grupi prof. Dana Tawfika,  Weizmann Institute of Science, Rehovot, Izrael, 15. srpnja - 6. kolovoza 2019.
6. Radni posjet. Marko Močibob tijekom studenog 2019. boravio je u laboratoriju prof. dr. sc. Borisa Mačeka gdje je nastavio s istraživanjima posljedica mistranslacije na agregaciju proteina. Ugradnja pogrešnih aminokiselina narušava strukturu i stabilnost proteina, što između ostalog može dovesti do njihove agregacije. Kombinacijom pokusa in vivo i spektrometrije masa visoke rezolucije i točnosti (HRAM-MS) identificirani su proteini iz Escherichia coli koji su u najvećoj mjeri pogođeni mistranslacijom i skloni agregaciji., studeni 2019., Quantitative Proteomics & Proteome Center Tuebingen, Tübingen
7. Radni posjet. Marija Pranjić boravila je u laboratoriju prof. dr. sc. Borisa Mačeka. Tijekom boravka istraživala je stanični odgovor na supstituciju izoleucina u proteinima proteinogenom aminokiselinom valin u uvjetima toplinskog stresa. Cilj boravka bio je odrediti proteomski odgovor i promjene u interaktorima šaperona DnaK metodama spektrometrije masa. 24.6. - 9.8.2019., Quantitative Proteomics & Proteome Center Tuebingen, Tübingen
8. Diplomski rad: Alojzije Brkić, Utjecaj mistranslacije na stabilnost modelnih proteina u staničnom ekstraktu, 2019, Kemijski odsjek, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu (Mentor: Ita Gruić Sovulj, Marko Močibob)
9. Marija Pranjić, sudjelovanje na radionici Quantitative Proteomics Strategies and Tools to Probe Biology, EMBO, Heidelberg, 5.-10.5.2019., Njemačka - dobitnica stipendije Boehringer Ingelheim Fonds
10. Radni posjet I. Gruić Sovulj grupi prof. Dana Tawfika, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Izrael, 3-10. studenog 2018.
11. Radni posjet. Marko Močibob proveo je 4 tjedna tijekom rujna i početkom listopada u laboratoriju prof. dr. sc. Borisa Mačeka tijekom kojih se usavršavao u metodama spektrometrije masa i kvantitativne proteomike. Koristeći navedene metode, proučavao je uzrokuje li ugradnja pogrešne aminokiseline na izoleucinske kodone agregaciju pogrešno sintetiziranih proteina u bakteriji E. coli., rujan - listopad 2018., Quantitative Proteomics & Proteome Center Tuebingen, Tübingen
12. Radni posjet. Marija Pranjić boravila je u laboratoriju prof. dr. sc. Borisa Mačeka od kraja kolovoza do sredine listopada 2018. godine gdje se usavršavala u metodama kvantitativne proteomike, kako bi usporedila klijente šaperona DnaK u mistranslatirajućim (zamjenom određenog broja izoleucinskih mjesta nekanonskom aminokiselinom – norvalinom, odnosno kanonskom aminokiselinom - valinom) i nemistranslatirajućim uvjetima, te istražila postoji li razlika u klijentima DnaK između kanonske i nekanonske mistranslacije. 29. kolovoza - 17. listopada 2018. Quantitative Proteomics & Proteome Center Tuebingen, Tübingen
13. Radni posjet Nacionalnom institutu za kemiju, Ljubljana: I. Gruić Sovulj, J. Rokov Plavec, I. Živković, 16. veljače 2018.
14. Diplomski rad: Andrea Hloušek-Kasun, Elongacijski faktor Tu kao potencijalni marker mistranslacijskog stresa u bakteriji Escherichia coli, 2018, Kemijski odsjek, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu (Mentor: I. Gruić-Sovulj)
15. Rad nagrađen rektorovom nagradom Sveučilišta u Zagrebu: Marta Bošnjaković, Andrea Hloušek-Kasun, Minimal tRNALeu analog that can be efficiently aminoacylated by leucyl-tRNA synthetase, Zagreb, 9. lipnja 2017. (Mentor: M. Dulić)