Marin Radovčić – obrana doktorskog rada

MARIN RADOVČIĆ – OBRANA DOKTORSKOG RADA

Naslov: Uloga enzima RecBCD i drugih nukleaza u CRISPR-Cas naivnoj adaptaciji u bakteriji Escherchia coli (The role of RecBCD enzyme and other nucleases in Escherichia coli CRISPR-Cas naϊve adaptation)

ponedjeljak, 1. ožujka 2021. godine u 11,00 sati putem online videokonferencije

- zainteresirani za dobivanje poveznice za pristup obrani molimo da se jave na mail pdsbiol@biol.pmf.hr

Povjerenstvo za obranu:

Prof. dr. sc. Dijana Škorić, PMF, Zagreb

Dr. sc. Davor Zahradka, viši znan. sur., Institut Ruđer Bošković, Zagreb

Dr. sc. Dušica Vujaklija, viša znan. sur., Institut Ruđer Bošković, Zagreb

zamjena: doc. dr. sc. Nenad Malenica, PMF, Zagreb

Mentor : izv. prof. dr. sc. Ivana Ivančić Baće, PMF, Zagreb

SAŽETAK

Sustav CRISPR-Cas je obrambeni mehanizam bakterija od stranih genetičkih elemenata. Za pružanje zaštite je neophodna ugradnja fragmenta strane molekule DNA (razmaknice) u lokus CRISPR. Ugradnja nove razmaknice se naziva naivnom adaptacijom, a za ugradnju je neophodan proteinski kompleks Cas1-Cas2. Nije poznato kako nastaju fragmenti za ugradnju, no smatra se da bitnu ulogu ima nukleazna aktivnost enzima RecBCD. U ovom radu je detaljnije istražena uloga enzima RecBCD i drugih egzonukleaza u naivnoj adaptaciji. Praćenjem učinkovitosti adaptacije in vivo u sojevima E. coli mutiranim za istraživane gene je pokazano da nukleazna aktivnost enzima RecBCD nije neophodna, već samo helikazna, te da nastajanje 5'-stršećih krajeva DNA pomoću egzonukleaza pomaže adaptaciju. Utvrđeno je in vitro da kompleks Cas1-Cas2 može cijepati DNA s 5'-stršećim krajevima, a sekvenciranjem je utvrđeno da većina ugrađenih razmaknica potječe s kromosoma. Rezultati potvrđuju ulogu enzima RecBCD u stvaranju fragmenata DNA, a sam proces adaptacije ne utječe na vijabilnost.