GORAN JOSIPOVIĆ – OBRANA DOKTORSKOG RADA

GORAN JOSIPOVIĆ – OBRANA DOKTORSKOG RADA

Naslov: Izrada modularnog sustava CRISPR/dCas9 upotrebom ortolognih proteina Cas9 i njegova primjena u epigenetičkim manipulacijama genskih lokusa

Design of CRISPR/dCas9 modular system using orthogonal Cas9 proteins and its application in epigenetic manipulation of gene loci

utorak, 25. svibnja 2021. godine u 10,00 sati putem online videokonferencije

- zainteresirani za dobivanje poveznice za pristup obrani molimo da se jave na mail pdsbiol@biol.pmf.hr

Povjerenstvo za obranu:

Izv. prof. dr. sc. Aleksandar Vojta, PMF, Zagreb

Prof. dr. sc. Mirjana Pavlica, PMF, Zagreb

Prof. dr. sc. Srećko Gajović, Hrvatski institut za istraživanje mozga, Medicinski fakultet, Zagreb

Zamjena: dr. sc. Andreja Ambriović Ristov, znan. savj., Institut Ruđer Bošković, Zagreb

Mentor: prof. dr. sc. Vlatka Zoldoš, PMF, Zagreb

SAŽETAK

Otkrivanje uzročno posljedičnih veza između epigenetičkih oznaka u kromatinu i regulacije ekspresije gena omogućeno je primjenom molekularnih alata koji mogu ciljano mijenjati epigenom. U ovom istraživanju izradio sam modularni sustav temeljen na CRISPR/dCas9 metodologiji za ciljanu epigenetičku manipulaciju i direktnu regulaciju ekspresije gena, sastavljen od glavnih modula: promotora RNA polimeraze II, ortologa dCas9, efektorske domene, selekcijskog biljega, te modula za primanje više molekula sgRNA potrebnih za navođenje konstrukta na ciljno mjesto u genomu. Ciljanjem parova genskih lokusa BACH2- HNF1A i IL6ST-MGAT3 s fuzijama antagonističkog djelovanja (metilacija vs. demetilacija DNA), uz korištenje dva ortologa dSpCas9 i dSaCas9 u stanicama HEK293, pokazao sam da je moguće promijeniti stupanj metilacije DNA kojeg prati promjena u ekspresiji tih gena. Također sam pokazao da epigenetičkom manipulacijom para gena MGAT3-HNF1A, u stanicama BG1, mogu promijeniti glikanski fenotip. Istovremenim korištenjem fuzijskih konstrukata TET1-dSaCas9 i VPR-dSpCas9 postigao sam sinergistički učinak na ekspresiju gena HNF1A koji je postojan kroz duži vremenski period. Dodatno sam unaprijedio modularni sustav u svrhu smanjenja nespecifičnog učinka.