Objavljen rad u časopisu Nature Communications

Članice Grupe za bioinformatiku, dr. sc. Paula Štancl i izv. prof. dr. sc. Rosa Karlić, u suradnji s grupom prof. Alexandera M. Tsankova (Icahn School of Medicine at Mount Sinai, SAD), objavile su rad „Learning the cellular origins across cancers using single-cell chromatin landscapes“ u časopisu Nature Communications. Rad je financiran putem Chan Zuckerberg Initiative Data Insights granta (suvoditelji A. M. Tsankov i R. Karlić), te projekta HRZZ IP-2019-04-9308 (voditeljica R. Karlić).

U radu se istražuje stanično podrijetlo različitih vrsta tumora korištenjem podataka o kromatinskoj pristupačnosti na razini jedne stanice i metoda strojnog učenja na velikim skupovima podataka. Analiza je obuhvatila 3.669 genoma pacijenata i 559 staničnih profila, što je omogućilo precizno predviđanje podrijetla čak 37 podtipova tumora. Rezultati potvrđuju poznata anatomska i stanična ishodišta tumora te otkrivaju nova saznanja – primjerice, da većina karcinoma malih stanica pluća potječe iz bazalnih stanica, dok rijetki atipični slučajevi imaju neuroendokrino podrijetlo. Također su uočene različite stanične putanje razvoja tumora među histološkim podtipovima te intermedijarno metaplastično stanje u više gastrointestinalnih karcinoma. Ova otkrića imaju značajne implikacije za prevenciju tumora, rano otkrivanje i personalizirane terapijske pristupe.

Više o radu možete pronaći na poveznici: https://www.nature.com/articles/s41467-025-63957-3.