Izbornik predmeta
 
Glavni izbornik
 
Biokemija 2
 
Šifra: 40884
ECTS: 7.0
Nositelji: doc. dr. sc. Jasmina Rokov Plavec - Predavanja
Izvođači: Mario Kekez - Vježbe u praktikumu
Marija Pranjić - Vježbe u praktikumu
Vladimir Zanki - Vježbe u praktikumu

Vladimir Zanki - Seminar
Prijava ispita: Studomat
Opterećenje:

1. komponenta

Vrsta nastaveUkupno
Predavanja 30
Vježbe u praktikumu 30
Seminar 15
* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)
Opis predmeta:
IZVEDBENI PROGRAM KOLEGIJA:
1. STRUKTURA I TOPOLOGIJA NUKLEINSKIH KISELINA: Struktura dvolančane DNA. Određivanje primarne strukture DNA. Automatska sinteza DNA. Denaturacija i renaturacija DNA. Hibridizacija. Mnoge RNA imaju složenu trodimenzionalnu strukturu. Osnovni principi interakcije DNA i proteina. Konformacije A, B i Z. Savijanje DNA. Superzavijanje DNA. Enzimologija topoizomerizacije. Nukleosomi i strukture višeg reda.
2. REPLIKACIJA DNA: Replikacija je semi-konzervativna. Struktura i funkcija enzima i ostalih proteina u replikaciji; mehanizam nastajanja fosfodiesterskih veza; ovisnost o kalupu; procesivnost; popravak pogrešaka pri replikaciji; koordinirana replikacija dvaju lanaca; inicijacija i terminacija replikacije bakterijske DNA; sinteza RNA-početnice; replikacija eukariotske DNA djelovanjem različitih DNA-polimeraza u istoj replikacijskoj rašlji; replikacija telomera; specifičnost građe i funkcije telomeraza.
3. TRANSKRIPCIJA: Inicijacija, elongacija i terminacija u sintezi bakterijske RNA; struktura, funkcija i mehanizam bakterijske RNA-polimeraze; posttranskripcijska dorada i modifikacije bakterijske RNA. RNaza P kao primjer enzima s RNA-komponentom. Eukariotski transkripcijski signali i različite vrste RNA-polimeraza u eukariotskoj stanici. Transkripcijski faktori. Struktura i mehanizam eukariotske RNA-polimeraze II. Posttranskripcijska dorada kod eukariota: mehanizmi izrezivanja introna i struktura makromolekularnih kompleksa koji u tome sudjeluju. Poliadenilacija i zaštita 5'-kraja eukariotske mRNA. RNA s katalitičkom aktivnošću - ribozimi.
4. KONTROLA TRANSKRIPCIJE kod bakterija: Primjer negativna regulacija pomoću represora; struktura lac-represora i njegova interakcija s DNA. Pozitivna regulacija transkripcije pomoću kompleksa CAP-cAMP. Razrada načina interakcija DNA s proteinima. Triptofanski operon i atenuacija. Kontrola pomoću strukture RNA (terminacija i antiterminacija). Primjeri kontrole transkripcije kod eukariota.
5. TRANSLACIJA: Građa ribosoma, tRNA i rRNA; inicijacija, elongacija i terminacija biosinteze proteina. Specifičnost aminoaciliranja i interakcija kodon-antikodon; čitanje genetičkog koda. Točnost translacije; popravljanje pogrešaka pri aminoaciliranju; uloga elongacijskih faktora u kontroli translacije. Ostali kontrolni mehanizmi. Posebnosti eukariotske translacije. Uloga supresorskih tRNA. Ugradnja selenocisteina u proteine. Biosinteza proteina s neprirodnim aminokiselinama.
6. LOKALIZACIJA I UPUĆIVANJE PROTEINA U STANIČNE ODJELJKE: Kotranslacijski i posttranslacijski unos; struktura i uloga signalnih sekvenci. Posttranslacijske modifikacije proteina.

LABORATORIJSKE VJEŽBE: denaturacija i fragmentacija nukleinskih kiselina; analiza gel-elektroforezom; jednostavno pročišćavanje proteina; stvaranje kompleksa protein : nukleinska kiselina; analiza retardacijskom gel-elektroforezom; supresija mutacija pomoću tRNA-supresora

ISHODI UČENJA:
1. pokazati znanje i razumijevanje biokemijskih reakcija u biosintezi nukleinskih kiselina i proteina
2. interpertirati strukture i mehanizme djelovanja enzima i makromolekulskih kompleksa koji sudjeluju u prijenosu genetičke informacije
3. zaključiti o važnosti makromolekulskih interakcija tijekom prijenosa genetičke informacije
4. procijeniti važnost točnosti i procesivnosti enzima, te da se neke pogreške tijekom sinteze prirodnih polimera mogu pojaviti
5. pokazati znanje i razumijevanje složenih strukturno-funkcionalnih odnosa među makromolekulama koje sudjeluju u prijenosu genetičke informacije
6. objasniti kontrolne mehanizme u biosintezi nukleinskih kiselina i proteina, s naglaskom na regulaciju ekspresije gena
7. usporediti gore navedene biokemijske procese i reakcije kod prokariota i eukariota
8. samostalno izvoditi eksperimente koristeći standardne biokemijske metode i tehnike
9. primijeniti ispravan način rukovanja biološkim makromolekulama prvenstveno pazeći da ne dođe do njihove denaturacije i inaktivacije
10. identificirati plazmide na temelju restrikcijske analize
11. odrediti krivulju mekšanja i izračunati Tm genomske DNA
12. pročistiti protein afinitetnom kromatografijom
13. izolirati ukupnu tRNA iz bakterijske stanice
14. analizirati makromolekulske interakcije proteina i nukleinskih kiselina nativnom elektroforezom (in vitro) i genetičkim metodama (in vivo)
15. napisati izvještaj o izvedenim laboratorijskim vježbama
Literatura:
  1. OBAVEZNA LITERATURA:
    Jedan od udžbenika:
    J. M. Berg, J. L. Tymoczko i L. Stryer, BIOCHEMISTRY (7. izd.), W. H. Freeman & Co, New York, 2012.
    L. Stryer, J. Berg i J. Tymoczko, BIOKEMIJA (6. izd), Školska knjiga, 2013. (prijevod na hrvatski jezik)
    D. L. Nelson i M. M. Cox, LEHNINGER PRINCIPLES OF BIOCHEMISTRY (6. izd.), W. H. Freeman & Co, New York, 2013.
    Interna skripta za Praktikum iz Biokemije 2, Zavod za biokemiju, PMF, Zagreb, 2014.
    Revijalni i originalni znanstveni radovi za studentske seminare
  2. DOPUNSKA LITERATURA:
    D. Voet i J. G. Voet, BIOCHEMISTRY (4. izd.), Wiley, New York, 2011.
    B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, P. Walter, MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL (5. izd.), Garland Publishing, Inc., New York, 2007.
    J. Wilson, T. Hunt, Molecular Biology of the Cell: A Problems Approach (4. izd.), Garland
    Publishing, Inc., New York, 2002
    W. B. Wood, J. H. Wilson, R. M. Benbow, L. E. Hood, Biochemistry: A Problems Approach (2. izd.), Benjamin/Cummings Publishing Co., 1981
Preduvjeti za:
Polaganje predmeta :
Položen : Biokemija 1
5. semestar
Obavezni predmet - Redovni studij - Molekularna biologija
Termini konzultacija:
Obavijesti
 
Nema vijesti!
Repozitorij
 
Repozitorij je prazan
Anketa
 
Na ovoj stranici trenutno nije odabrana niti jedna anketa!

 

 

Sva prava pridržana. Kemijski odsjek Prirodoslovno-matematičkog fakulteta
Sveučilište u Zagrebu