Monika Tunjić Cvitanić

Obrana će se održati u utorak, 19. ožujka 2024. godine u 11.00 sati u dvorani ZMB Seminar,  PMF, Horvatovac 102a, Zagreb

Disertacija nosi naslov: Genomika i osobitosti ponavljajućih DNA školjkaša iz porodice Ostreidae

Genomics and peculiarities of the repetitive DNAs of the oysters in the family Ostreidae

Povjerenstvo za obranu imenovano je u sastavu:

1. Prof. dr. sc. Višnja Besendorfer, PMF, Zagreb
2. Nasl. prof. dr. sc. Đurđica Ugarković, znan. savj. u trajnom zvanju, Institut Ruđer Bošković
3. Prof. dr. sc. Petra Korać, PMF, Zagreb

Zamjena:  dr. sc. Davor Zahradka, znan. savjetnik, Institut Ruđer Bošković. Zagreb

Mentori:

Nasl. prof. dr. sc. Miroslav Plohl, znan. savj. u traj. zvanju, emeritus Instituta Ruđer Bošković. Zagreb

Nasl. doc. dr. sc. Eva Šatović Vukšić, znan. suradnica, Institut Ruđer Bošković. Zagreb        

Sažetak:

Ponavljajuća DNA u mnogim organizmima čini velik, ali neistražen dio genoma. Za vrstu Crassostrea gigas bioinformatički je utvrđeno da repeatom dominantno grade satDNA i PGE, a najbrojnija satDNA je Cg170. Bioinformatički su utvrđeni satelitomi srodnih vrsta kamenica C. gigas, Crassostrea angulata, Crassostrea virginica i Ostrea edulis. U sklopu centromere C. gigas najbrojnije DNA su transpozoni i satDNA, a u heterokromatinu najbrojniji su DNA transpozoni. Više od 75 % satelitoma te vrste pokazalo je sličnost s elementima Helitron. Analizom postranih regija monomera ili nizova satDNA utvrđeno je da se samo jedna satDNA nalazi isključivo u sklopu elementa Helitron, dvjema je većina monomera/nizova monomera samostalna, a osam satDNA u podjednakim je omjerima prisutno samostalno i u sklopu elementa. Niz satDNA zajednički je svim ispitanim vrstama, a C. gigas i C. angulata dijele najveći broj zajedničkih satDNA. U C. gigas nije otkriveno titpično nakupljanje satDNA na određenim kromosomskim pozicijama, čime je u ovoj vrsti ustanovljen novi (visokoraspršeni) obrazac organizacije satDNA na razini genoma.

(239 stranica, 31 slika, 26 tablica, 4 grafikona, 302 literaturna navoda, jezik izvornika na hrvatskom)
Ključne riječi: školjkaši, satelitom, repeatom, centromere, heterokromatin