Fokus navedenog rada je na protein-DNA interakcijama koje transkripcijskom faktoru MntR iz bakterije Halalkalibacterium halodurans omogućavaju obnašanje uloge manganovog metalosenzora koji kontrolira homeostazu manganovih iona u navedenoj bakteriji. Istraživanje se temeljilo na računalnim metodama, te su korištene simulacije molekulske dinamike, računi protein-DNA uklapanja (engl. docking), kao i kvantno-mehanički računi s ciljem dobivanja parametara za opis interakcija između aminokiselina i manganovih iona. Provedene su simulacije raznih oblika proteina s obzirom na prisutnost ili odsustvo manganovih iona u interakciji s DNA. Osim klasičnih simulacija molekulske dinamike protein-DNA kompleksa, provedene su i simulacije nastanka protein-DNA kompleksa. Rezultati provedenih simulacija omogućili su razumijevanje molekulske osnove interakcije H. halodurans MntR proteina i DNA te postavljanje modela koji objašnjava razliku protein-DNA interakcije ovisno o prisutnosti ili odsutnosti manganovih iona u veznim mjestima proteina. Rezultati simulacija pokazuju da i bez manganovih iona MntR protein ostvaruje interakcije s DNA, ali su one nespecifične i nestabilne. S druge strane, prisutnost manganovih iona uzrokuje promjenu dinamičkih i strukturnih svojstava H. halodurans MntR proteina koje dovode do stvaranja stabilnih i specifičnih interakcija tog proteina s DNA koje mu, u konačnici, omogućavaju obnašanje uloge transkripcijskog faktora.

Objavljeni rezultati dobiveni su u sklopu istraživanja napravljenog u okviru HRZZ projekta Manganovi metalosenzori (IP-2020-02-3446) te predstavljaju okosnicu doktorskog rada Martine Manenice koji izrađuje pod mentorstvom Branimira Bertoše, a čija se obrana očekuje tijekom svibnja 2025.