Adresa: Horvatovac 95, 10 000 Zagreb
Tel: +385 1 4605960
E-mail: ured-mpz@geol.pmf.unizg.hr

Predstojnik: Prof. dr. sc. Nenad Tomašić

Godine 1828. započelo je prikupljanje raznih predmeta za budući Narodni Muzej. Karl Zipser je 9. 7. 1841. godine darovao veliki sanduk raznih stijena. Major Miho Sabljar je osnovao prirodoslovnu zbirku, a u njezinu formiranju svoj su znatan prilog dala i mnoga naša velika imena toga doba: fra Fran Jukić, Antun Mažuranić, Đuro Haulik, Pavao Hatz, Kajetan Petter, Vjekoslav Štauduhar, Ljudevit Vukotinović, Ljudevit Gaj...
Godine 1846. (26. veljače) kupljena je na dionice palača grofa Dragutina Draškovića kako bi poslužila za budući Narodni Muzej (današnji Narodni dom u Opatičkoj 18). U ožujku iste godine je uz potporu Hrvatskog gospodarskog društva pri­ređena i prva izložba, a za kustosa zbirke je postavljen tajnik Hrvatsko-slavonskog gospodarskog društva gospodin Dragutin Rakovec. On se brinuo za zbirke do svoje smrti 22. 11. 1854. U prvoj godini izložbu je posjetilo 4856 posjetitelja od 16 000 tadašnjih žitelja Zagreba.
U vrijeme izložbe mineraloška zbirka doseže broj od oko 1000 komada. S obzirom da u današnjim zbirkama Mineraloško-petrografskog zavoda Geološkog odsjeka PMF-a ima oko 1500 evidentiranih uzoraka, a u Mineraloškoj zbirci Hrvatskoga prirodoslovnog muzeja oko 12 000 i isto toliko neevidentiranih, to predstavlja izuzetnu zbirku!
Dana 10. 9. 1861. godine Sabor je na svojoj sjednici prihvatio Pravila o ustrojstvu narodnoga muzeja, podnijevši ih svojom predstavkom od 24. 9. 1861. kralju i caru na odobrenje. Dana 4. 3. 1866. godine car i kralj Franjo Josip I odobrio je pravila Narodnoga muzeja, predložena od Hrvatskoga Sabora, čime je osnovan Narodni Muzej, a u isto vrije­me i na istoj sjednici je osnovana i Jugoslavenska akademija (danas HAZU).
Prirodoslovni odjeli Narodnog muzeja uselili su u zgradu u Demetrovoj 1 1869. godine.

Zgrada u Demetrovoj ulici i na Horvatovcu 95.

Gjuro Pilar (1846. – 1893.) je 29. 7. 1870. godine imenovan muzejskim pristavom i preuzeo je brigu oko uređenja geološko-mineraloških zbirki. On je bio prvi prirodoslovac na tome mjestu (prije njega su Rakovec i Vukotinović bili pravnici, a Mijo Sabljar časnik u austrougarskoj armiji). Gjuro Pilar je 1873. godine imenovan dopisnim, a od 1875. i redovitim članom Akademije znanosti i umjetnosti.
Dana 5. 1. 1874. obnovljen je rad Sveučilišta u Zagrebu. Svečano je otvoreno suvremeno Sveučilište u Zagrebu, čiji korijeni datiraju iz 1669. godine. Sveučilište čine Pravni, Bogoslovni, te Mudroslovni fakultet, u čijem je sastavu bio i Prirodoslovno-matematički odjel s Katedrom za mineralogiju i geologiju. Katedra mineralogije i geologije na Mudroslovnom fakultetu 26. 9. 1875. počela je s radom imenovanjem Gjure Pilara za redovitog profesora, koji je u ljet­nom semestru 1875./76. počeo s održavanjem nastave.
Godine 1878. uveden je uzus po kojem je nositelj Katedre bio ujedno i ravnatelj odgovarajućeg muzeja. Iste godine tiskana je knjiga Slike iz rudstva, Mije Kišpatića (21. 9. 1851. – 17. 5. 1926.), a 1880. godine tiskana je i knjiga Slike iz geologije.
Kod glasovitog G. Tschermaka Mijo Kišpatić je 1881. godine izradio svoju disertaciju koja predstavlja bazu literature o znanstvenoj klasifikaciji stijena na osnovi kemijskog preračunavanja. Godine 1883. Mijo Kišpatić je imenovan dopisnim, a od 1893. i redovitim članom Akademije znanosti i umjetnosti
Zbog bolesti se 15. 3. 1893. godine povlači Gjuro Pilar, a Mineraloško-geološki muzej se razdvaja na Mineraloški i Geološki, a Mineraloško-geološka katedra na Katedru za mineralogiju i petrografiju, koju je preuzeo Mijo Kišpatić i Katedru za geologiju i paleontologiju koju je preuzeo Dragutin Gorjanović-Kramberger. Iste godine umro je Gjuro Pilar, naš prvi profesor mineralogije, paleontologije, petrografije i astronomije, dok je sljedeće 1894. godine Mijo Kišpatić postao sveučilišni profesor.
Kustosom Mineraloško-petrografskog Muzeja 1899. godine postaje Ferdo Koch.
Od 19. 4. 1918. godine Fran Tućan je imenovan izvanrednim profesorom te postaje prvi puta predstojnikom Zavoda i ravnateljem Muzeja. Godine 1930. Fran Tućan postaje član Akademije znanosti i umjetnosti.

Na fotografijama redom: Gjuro Pilar, Mijo Kišpatić, Fran Tućan, Ljudevit Barić, Miroslav Tajder i Stjepan Šćavničar.

Predstojnikom Zavoda 1942. postaje Ljudevit Barić, a od 1945. Fran Tućan po drugi puta postaje predstojnikom Zavoda.
Miroslav Tajder postaje predstojnikom Zavoda 1954. godine kada dolazi do razdvajanja Mineraloško-petrografskoga zavoda i Mineraloško-petrografskoga muzeja. Istovremeno Miroslav Tajder postaje izvanredni, a od 1958. godine i redoviti član Akademije znanosti i umjetnosti.
Od 1974. godine Stjepan Šćavničar postaje predstojnikom Zavoda na čijem čelu ostaje sve do 1994. Nakon toga se predstojnici mijenjaju svake dvije godine: 1974. – 1994. Stjepan Šćavničar (1923. – 2011.); 1994. – 1996. Jožica Zupanič (1937. –); 1996. – 1997. Esad Prohić (1950. –); 1997. – 1999. Vladimir Bermanec (1955. –); 1999. – 2001. Esad Prohić (1950. –); 2001. – 2005. Darko Tibljaš (1957. –); 2005. – 2009. Dražen Balen (1967. –); 2009. – 2013. Darko Tibljaš (1957. –); 2013. – 2017. Nenad Tomašić (1973. –); 2017. – 2021. Marijan Kovačić (1969. –).
U sadašnju zgradu na Horvatovcu 95 Zavod useljava 1996. godine.