1. komponenta

Vrsta nastave	Ukupno
Predavanja	20
Auditorne vježbe	15

* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)

Pojam strukture proteina i nukleinskih kiselina i najznačajnije eksperimentalne metode za određivanje trodimenzionalne strukture tih molekula. Upoznavanje s bazom trodimenzionalnih struktura makromolekula "Protein Data Bank" (PDB) i s mrežnim alatima za komparativno modeliranje proteina. Metode molekulskog modeliranja - osnovne karakteristike i bitne razlike između empirijskih i kvantnomehaničkih metoda. Pojam polja sila, parametrizacija modela polja sile molekula. Računanje potencijalne energije molekularnog sistema, te strukturnih svojstava molekule i reaktivnosti, optimizacija sustava - metode. Posebnosti kada se radi o modeliranju bioloških makromolekula. Molekulska dinamika i Monte Carlo metode. Važnost otapala kod molekulskog modeliranja. Ansambli - mikrokanonski, kanonski, izotermni-izobarni. Termodinamička svojstva molekularnih sustava. Računalni programi za molekulsko modeliranje. Napredne metode molekulske dinamike (akcelerirana, slučajnog pomaka, krupnog zrna, esencijalna dinamika). Analiza glavnih komponenti, klasteriranje. Računanje Gibbsovih potencijala odnosno entalpijskih i entropijskih doprinosa u simuliranim sustavima. Prikaz hibridnih-kvantno-mehaničkih i molekulsko mehaničkih metoda kod tretiranja kemijskih reakcija u kojima sudjeluju proteinski enzimi.

1. T. Schlick, Molecular Modeling and Simulation, Springer 2006
2. Kukol, Molecular modelling of Proteins, Humana Press, 2008.

Biofizika - izborni predmeti 2 - Redovni Smjer - Biofizika