Tamara Vuk - obrana doktorskog rada

Naslov: Uloga proteina BPM1 u mehanizmu metilacije DNA de novo tijekom razvoja uročnjaka (Arabidopsis thaliana L.)
The role of BPM1 protein in de novo DNA methylation mechanism during development of Arabidopsis thaliana L.

Obrana rada održati će se u utorak, 24. siječnja 2023. godine u 13.00 sati  u dvorani ZMB seminar, Zavod za molekularnu biologiju, Horvatovac 102

Povjerenstvo za obranu imenovano je u sastavu:
Prof. dr. sc. Mirjana Pavlica, PMF, Zagreb
Prof. dr. sc. Biljana Balen, PMF, Zagreb
Dr. sc. Snježana Mihaljević, viša znanstvena suradnica, IRB, Zagreb

Zamjena: dr. sc. Branka Salopek Sondi, znanstvena savj., IRB, Zagreb

Mentor: prof. dr. sc. Dunja Leljak-Levanić, PMF, Zagreb

Sažetak:

Proteini BPM iz vrste Arabidopsis thaliana primarnu ulogu ostvaruju u putu proteasomalne razgradnje ovisne o ubikvitinu, u sklopu kojeg prepoznaju specifične supstrate za razgradnju. Prethodno je utvrđena interakcija proteina BPM1 s proteinima RDM1 i DMS3, komponentama metilacijskog mehanizma RdDM. Uloga proteina BPM1 u mehanizmu RdDM u ovom je radu ispitana primjenom kromatinske imunoprecipitacije u svrhu identifikacije novih ciljnih gena ovog mehanizma u čijoj regulaciji metilacije posreduje protein BPM1. Identificirani su geni FBW2, RKP i AGL14, a kao referentni odabran je gen CML41. Analizom metilacije ovih gena metodom bisulfitnog sekvenciranja i pirosekvenciranja u linijama s prekomjernom ekspresijom proteina od interesa (oeBPM1, oeDMS3), te linijama s narušenom funkcijom mehanizma RdDM (dms3-1, nrpe1-10), potvrđen je stimulativni učinak proteina BPM1 na aktivnost mehanizma, koji je najizraženiji tijekom embriogeneze, a sam mehanizam RdDM značajniji je za zigotnu nego za somatsku embrigenezu. Ovisno o poziciji, učinci metilacijskih događaja reflektiraju se na ekspresiju svih analiziranih gena.