Antonija Kulaš - Obrana doktorskog rada

Disertacija nosi naslov: Unravelling bioindicators in freshwaters through the integration of eDNA metabarcoding and morphological methods

Istraživanje bioindikatorskih organizama slatkih voda integracijom eDNA metabarkodiranja i morfoloških metoda

Obrana rada održeti će se u ponedjeljak, 27. veljače 2023. godine u 15.00 sati u dvorani BO6, PMF, Marulićev trg 20, Zagreb.

Povjerenstvo za obranu imenovano je u sastavu:

1. Doc. dr. sc. Petar Žutinić, PMF, Zagreb
2. Dr. sc. Sandi Orlić, znanstveni savjetnik, IRB, Zagreb
3. Prof. dr. sc. Emre Keskin, Ankara University, Faculty of Agriculture, Turska

Zamjena:  izv. prof. dr. sc. Zrinka Ljubešić, PMF, Zagreb
Mentor: izv. prof. dr. sc. Marija Gligora Udovič, PMF, Zagreb

Sažetak rada:

Mikrobne zajednice koriste se u biomonitoringu kao planktonski ili bentoski organizmi, no najviše pažnje pridaje se jednoj skupini algi - dijatomejama, dok su drugi eukariotski mikrorganizmi i bakterije uglavnom zanemarene. Cilj ove doktorske disertacije je bila usporedba mjerljivosti rezultata dobivenih molekularnim i morfološkim analizama u ekološkim istraživanjima pri procjeni stanja vodenih ekosustava; te prijedlog potencijalnih bioindikatorskih skupina mikroorganizama i tipova vodnih tijela koji trenutno nisu uključeni u rutinski monitoring. Na temelju prve tri publikacije pokazalo se da usporedba rezultata dobivenih s oba pristupa omogućuje sveobuhvatnu procjenu strukture mikrobne zajednice u krškoj rijeci Krki i u malim vodnim tijelima u aluvijalnom području rijeke Drave. Posljednja publikacija istaknula je raznolikost sveobuhvatne zajednice protista u perifitonu, pokazujući da su takve informacije također ključne za daljnje učinkovito upravljanje i zaštitu slatkovodnih sustava.

Ključne riječi: mikrobna zajednica, morfološki pristup, okolišna DNA (eDNA), ocjena stanja

Thesis summary:

Microbial communities are widely used in biomonitoring assessments as planktic or benthic organisms, but most attention has been given to one algal group - diatoms, while other eukaryotic and bacterial groups have been largely overlooked. The objective of this thesis was to evaluate the reliability of using measurable results of microbial diversity in ecological researches in assessing the status of aquatic ecosystems; and to propose potential bioindicators of microorganisms and water body types that are not currently included in routine monitoring. Based on the first three publications, it was shown that the comparison of the results obtained with both approaches allows a comprehensive assessment of the microbial community structure in the karstic Krka River and in small water body in the alluvial area of the Drava River. The last publication highlighted the diversity of the overall protist communities in the periphyton, showing that such information is also crucial for further effective management and protection of aquatic biodiversity.

Keywords: microbial community, morphological approach, eDNA, freshwater assessment.