Pristupačnost
Pozivaju se zainteresirani studenti da sudjeluju na Otvorenom danu kemije koji će se održati u sklopu Dana i noći na PMF-u 17. travnja 2026. godine. Prijavu je moguće obaviti preko poveznice.
Za sve dodatne informacije slobodno se javite koordinatoru ovogodišnjeg ODK Igoru Živkoviću na Teams ili e-mail: izivkovic.chem@pmf.hr.
Student Matej Kožić i znanstvenik Branimir Bertoša, obojica s Kemijskog odsjeka PMF-a, objavili su znanstveni rad Trajectory maps: molecular dynamics visualization and analysis u prestižnom časopisu NAR Genomics and Bioinformatics (IF = 4,41).
U navedenom radu predstavljena je nova metoda analize simulacija molekulske dinamike nazvana „mape trajektorija“. Navedenom metodom se trajektorija dobivena simulacijama molekulske dinamike analizira na način da se promjene koordinata atoma proteinske okosnice tijekom simulacije prikazuju korištenjem toplinskih mapa. Nova metoda izvrsno nadopunjuje postojeće metode kvantitativne analize trajektorija, a velika prednost joj je mogućnost identifikacije čak i suptilnih konformacijskih promjena koje se zbivaju tijekom simulacije. Također, mapama trajektorija moguće je usporedno analizirati više simulacija što olakšava identifikaciju razlika u strukturnim i dinamičkim svojstvima različitih sustava od interesa. Primjena nove metode demonstrirana je na tri sustava prethodno istražena postojećim metodama analize trajektorija te su pokazane glavne prednosti mape trajektorija u odnosu na postojeće metode. Metoda „mape trajektorija“ javno je dostupna i besplatna za korištenje.
Objavljeni rezultati dobiveni su u sklopu istraživanja napravljenog u okviru HRZZ projekta Manganovi metalosenzori (IP-2020-02-3446) te predstavljaju okosnicu diplomskog rada studenta Mateja Kožića koji izrađuje pod mentorstvom Branimira Bertoše.