O djelatniku

prof. dr. sc. Branimir Bertoša

Zvanje: redoviti profesor
Lokacija: 210
Telefon:+385 1 4606 132
Telefon kućni:6132
E-mail: E-mail
Zavod/služba: Zavod za fizikalnu kemiju

Nastava

preddiplomski

diplomski

Predmet

Životopis

Branimir Bertoša diplomirao je 2001. godine na Zavodu za fizikalnu kemiju Kemijskog odsjeka PMF-a pod mentorstvom prof. dr. sc. Vladimira Simeona. Doktorirao je 2007. godine na Kemijskom odsjeku PMF-a. Doktorsku disertaciju pod naslovom "Modeliranje auksinskih molekula i njihove interakcije s veznim proteinom - ABP 1" izradio je pod mentorstvom dr. sc. Sanje Tomić. Tijekom izrade doktorske disertacije u nekoliko navrata boravio je u inozemstvu, od čega je potrebno izdvojiti jednomjesečni boravak na "Eurpean Media Laboratory (EML)", Heidelberg, Njemačka, u grupi dr. sc. Rebecce Wade. U razdoblju od lipnja 2008. do lipnja 2009. godine bio je na jednogodišnjem poslijedoktorskom usavršavanju na "International School for Advanced Studies (SISSA)", Trst, Italija.

U razdoblju od 2001. godine do 2012. godine bio je zaposlen na Institutu "Ruđer Bošković" kao znanstveni novak (2001.), viši asistent (2007.) i znanstveni suradnik (2009.) u Laboratoriju za kemijsku i biološku kristalografiju Zavoda za fizičku kemiju. Od  2012. godine zaposlen je kao docent, a od 2015. godine kao izvanredni profesor na Zavodu za fizikalnu kemiju Kemijskog odsjeka PMF-a.

B. Bertoša je nositelj kolegija na preddiplomskom, diplomskom i doktorskom studiju. Autor je dva sveučilišna nastavna priručnika (skripta) recenzirana i odobrena od strane Kemijskog odsjeka PMF-a. Vodio je 11 završnih i 13 diplomskih radova. Objavio je 7 znanstvenih publikacija proizašlih iz istraživanja u sklopu diplomskih radova u koatorstvu sa studentima kojima je bio mentor pri izradi tih diplomskih radova.

Znanstveno djelovanje usmjereno je na istraživanje biološki značajnih sustava korištenjem prvenstveno računalnih metoda molekulskog modeliranja, poput molekulske mehanike, molekulske dinamike, konformacijske pretrage korištenjem Monte Carlo algoritma, metode molekulskog uklapanja (engl. docking), QM/MM metode te izgradnje 3D-QSAR modela za povezivanje strukture i aktivnosti molekula. Rezultati računalnih metoda uvijek se nastoje kombinirati  s rezultatima eksperimentalnih metoda kako bi se postiglo potpunije razumijevanje sustava od interesa. Kako bi se postigao interdisciplinarni pristup,  istraživanja, istraživanja se prvenstveno provode u suradnji s kolegama koji iste sustave proučavaju eksperimentalnim metodama.

Trenutno je voditelj dva znanstveno-istraživačka projekta: europskog projekta MARILIA financiranog iz EU fondova u sklopu natječaja HORIZON 2020, ukupne vrijednosti 2 000 000 EUR, od čega je 195 000 EUR predviđeno za Sveučilište u Zagrebu, te projekta Manganovi metalosenzori koji financira Hrvatska zaklada za znanost (HRZZ) ukupne vrijednosti 957 155 kn.

Svoj znanstveni rad prezentirao je putem 37 publikacija, od kojih su 32 objavljene u časopisima s međunarodnom recenzijom koje indeksiraju baze podataka WoS i Scopus te putem pozvanih predavanja, usmenih i posterskih priopćenja  na preko trideset uglavnom  međunarodnih konferencija. Prosječni faktor utjecaja (impact factor) časopisa u kojima su objavljene znanstvene publikacije iznosi 3,6. Publikacije su citirane preko 500 puta.

Dobitnik je Godišnje nagrade "Društva sveučilišnih nastavnika i drugih znanstvenika u Zagrebu" za mlade znanstvenike i umjetnike za 2008. godinu

Objavljeni radovi u Hrvatskoj znanstvenoj bibliografiji (CROSBI)

Napomena: Ove radove održava Knjižnica Instituta Ruđer Bošković koja vodi projekt Hrvatske znanstvene bibliografije CROSBI. Ovim linkom možete vidjeti sve podatke o radovima koje su autori unijeli u bazu podataka.

Prikaži radove
Za sve izmjene možete se obratiti na help@bib.irb.hr, a na istu adresu možete uputiti i sva vaša pitanja i sugestije vezana uz CROSBI.

Izabrane publikacije

  1. T. Dražić, S. Kopf, J. Corridan, M. M. Leuthold, B. Bertoša, C. D. Klein, Peptide-β-lactam Inhibitors of Dengue and West Nile Virus NS2B-NS3 Protease Display Two Distinct Binding Modes, J. Med. Chem. 63(1) (2020) 140-156.

  2. M. Narczyk, B. Bertoša, L. Papa, V.  Vuković, I. Leščić Ašler, B. Wielgus-Kutrowska, A. Bzowska, M. Luić, Z. Štefanić, Helicobacter pylori purine nucleoside phosphorylase shows new distribution patterns of open and closed active site conformations and unusual biochemical features, FEBS J., 285 (2018) 1305-1325.

  3. N. Bregović, N. Cindro, B. Bertoša, D. Barišić, L. Frkanec, K. Užarević, V. Tomišić, Dehydroacetic acid derivatives bearing amide and urea moieties as effective anion receptors, Chem. – Eur. J. 23 (2017) 10396-10406.
  4. B. Bertoša, M. Aleksić, G. Karminiski-Zamola, S. Tomić, QSAR analysis of antitumor active amides and quinolones from thiophene series, Int. J. Pharm., 394 (2010) 106-114.
  5. B. Bertoša, B. Kojić-Prodić, R.C. Wade, S. Tomić, Mechanism of Auxin Interaction with Auxin Binding Protein (ABP1): A Molecular Dynamics Simulation Study, Biophys. J., 94 (1) (2008) 27-37.

Izabrani projekti

Trenutno je voditelj dva znanstveno-istraživačka projekta: europskog projekta MARILIA započetog  1. 9. 2021. (predviđeno trajanje do 31. 8. 2022. godine), financiranog iz EU fondova u sklopu natječaja HORIZON 2020, ukupne vrijednosti 2 000 000 EUR, od čega je 195 000 EUR predviđeno za Sveučilište u Zagrebu, te projekta Manganovi metalosenzori koji financira Hrvatska zaklada za znanost (HRZZ) ukupne vrijednosti 957 155 kn, započetog 1. 2. 2021. (predviđeno trajanje do 31. 1. 2025. godine),.

Bio je voditelj projekata: "Supstratni promiskuitet bakterijskih SGNH hidrolaza" financiranog od strane Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti (2012.–2013.) i bilateralnog znanstvenog projekta između Republike Hrvatske i Savezne Republike Njemačke "Biocatalysis of bacterial hydrolases of the GDSL–superfamily studied by a multidisciplinary approach" (2012.–2013.)

Trenutno je suradnik na HRZZ projektu "Koordinacijske reakcije makrocikličkih liganada u otopini". Bio je suradnik na 11 znanstvenih projekata, uključujući i FP6 projekt "Reinforcement of the Centre for Computational Solutions in the Life Sciences".