prof. dr. sc. Branimir Bertoša

Nastava

prijediplomski

• Matematičke metode u kemiji 2 (41013) - Nositelj, Seminar
• Računalni praktikum 1 (38181) - Nositelj
• Računalni praktikum 2 (38190) - Nositelj
• Završni ispit (43604) - Seminar

diplomski

• Molekularna biofizika (44406) - Nositelj, Vježbe u praktikumu, Seminar
• Molekularna biofizika (198313) - Nositelj, Vježbe u praktikumu, Seminar
• Strukturna računalna biofizika (60217) - Nositelj
• Strukturna računalna biofizika (198314) - Nositelj
• Diplomski rad (72882) - Laboratorijske vježbe
• Diplomski rad (72927) - Laboratorijske vježbe
• Diplomski rad (72928) - Laboratorijske vježbe
• Viši praktikum fizikalne kemije 2 (44049) - Vježbe u praktikumu
• Diplomski rad (158329) - Seminar

doktorski

• Bioenergetika (223930) - Nositelj
• Kemijski seminar I (152786) - Seminar

Životopis

Branimir Bertoša diplomirao je 2001. godine na Zavodu za fizikalnu kemiju Kemijskog odsjeka PMF-a pod mentorstvom prof. dr. sc. Vladimira Simeona. Doktorirao je 2007. godine na Kemijskom odsjeku PMF-a. Doktorsku disertaciju pod naslovom "Modeliranje auksinskih molekula i njihove interakcije s veznim proteinom - ABP 1" izradio je na IRB-u pod mentorstvom dr. sc. Sanje Tomić.

U razdoblju od lipnja 2008. do lipnja 2009. godine bio je na jednogodišnjem poslijedoktorskom usavršavanju na "International School for Advanced Studies (SISSA)", Trst, Italija. Tijekom izrade doktorske disertacije u nekoliko navrata boravio je u inozemstvu. U razdoblju od 2001. godine do 2012. godine bio je zaposlen na Institutu "Ruđer Bošković" u Laboratoriju za kemijsku i biološku kristalografiju Zavoda za fizičku kemiju. Od  2012. godine zaposlen je na Zavodu za fizikalnu kemiju Kemijskog odsjeka PMF-a.

Nositelj je kolegija na preddiplomskom, diplomskom i doktorskom studiju. Autor je dva sveučilišna nastavna priručnika (skripta) recenzirana i odobrena od strane Kemijskog odsjeka PMF-a. Vodio je 16 završnih i 17 diplomskih radova. Od 2022. godine voditelj je Doktorskog studija Kemija na PMF-u. Od 2020. godine je član, a od 2022. godine predsjednik Stegovnog povjerenstva PMF-a. Od 2018. godine je mentor hrvatske nacionalne ekipe na Međunarodnoj olimpijadi iz kemije. Predstavnik je HKD-a u Sekciji za računalnu i teorijsku kemiju EuChemS-a.

Znanstveni interes usmjeren je na istraživanje biološki značajnih sustava korištenjem računalnih metoda, pri čemu se njeguje interdisciplinarni pristup te se isti sustavi istražuju i eksperimentalnim metodama od strane suradnika.

Svoj znanstveni rad prezentirao je putem 56 publikacija u časopisima s međunarodnom recenzijom koje indeksiraju baze podataka WoS i Scopus te putem pozvanih predavanja, usmenih i posterskih priopćenja na  četrdesetak međunarodnih konferencija. Prosječni faktor utjecaja (impact factor) časopisa u kojima su objavljene znanstvene publikacije iznosi 5,0. Publikacije su citirane preko 600 puta.

Dobitnik je Godišnje nagrade za znanost PMF-a 2024. godine te Godišnje nagrade "Društva sveučilišnih nastavnika i drugih znanstvenika u Zagrebu" za mlade znanstvenike i umjetnike za 2008. godinu.

Znanstveni radovi (CroRIS)

Pretraži Hrvatsku znanstvenu bibliografiju – CRORIS

Prikaži radove

Izabrane publikacije

1. M. Manenica, B. Bertoša, Molecular basis of protein-DNA interactions between Halalkalibacterium halodurans MntR and its DNA operator sequence, Int. J. Biol. Macromol. 311 (2025) No. 142937.
2. M. Kožić, B. Bertoša, Trajectory maps: molecular dynamics visualization and analysis, NAR genom. bioinform. 6 (2024) 1-8.
3. K. Radman, I. Crnolatac, N. Bregović, Z. Jelić Matošević, P. A. Fernandes, D. Merunka, D. Žilić, I. Piantanida, I. Leščić Ašler, B. Bertoša, Conformational change induced by binding of Mn2+ ions activates SloR transcription factor in Streptococcus mutans. Int. J. Biol. Macromol. 290 (2025) No. 138828.
4. R. J. Lever, E. Simmons, R. Gamble-Milner, R. J. Buckley, C. Harrison, A. J. Parkes, L. Mitchell, J. A. Gausden, S. Škulj, B. Bertoša, E. L. Bolt, T. Allers, Archaeal Hel308 suppresses recombination through a catal ytic s witch that controls DNA annealing, Nucleic Acids Res., (2023) 51 (16), 8563-8574  
5. D. Kuťák, L. Melo, F. Schroeder, Z. Jelić-Matošević, N. Mutter, B. Bertoša, I. Barišić, CATANA: an online modelling environment for proteins and nucleic acid nanostructures. Nucleic Acids Res., (2022) 50 (W1) (2022) W152–W158.

Izabrani projekti

Voditelj znanstveno-istraživačkih projekta:

• "MIcrobe-synthesised DNA NAnostructures for DIsplay-controlled Storage Cartridges  (MI-DNA DISC)", Horizon Europe – EIC Pathfinder, ukupna sredstva projekta:  4 000 000 EUR, sredstva za Sveučilište u Zagrebu: 500 000 €, početak projekta: 1. 9. 2023., predviđeno trajanje: 4 godine.
• "Manganovi metalosenzori" (IP-2020-02-3446), HRZZ projekt, 1. 2. 2021. – 30. 6. 2025., vrijednost projekta: 128 000 €.
•  "MARILIA", Horizon Europe - EIC Transition to Innovation, ukupna sredstva projekta: 2 000 000 €, sredstva za Sveučilište u Zagrebu: 195 000 €, projekt financiran sredstvima Europske unije, trajanje projekta: 1. 9. 2020. – 28. 2. 2023.

Voditelj je dva stručna projekta u suradnji s industrijom (Xellia d.o.o). Bio je voditelj projekata: "Supstratni promiskuitet bakterijskih SGNH hidrolaza" financiranog od strane Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti (2012.–2013.) i bilateralnog znanstvenog projekta između Republike Hrvatske i Savezne Republike Njemačke "Biocatalysis of bacterial hydrolases of the GDSL–superfamily studied by a multidisciplinary approach" (2012.–2013.) Trenutno je suradnik na HRZZ projektu "Koordinacijske reakcije makrocikličkih liganada u otopini". Bio je suradnik na 11 znanstvenih projekata, uključujući i FP6 projekt "Reinforcement of the Centre for Computational Solutions in the Life Sciences".

Povijest zaposlenja

2001.–2012.   Institut "Ruđer Bošković", znanstveni suradnik (2009.–2012.), viši asistent /znanstveni novak (2007.–2009.), asistent/znanstveni novak (2001.–2007.), Zavod za fizičku kemiju, Laboratorij za kemijsku i biološku kristalografiju.

2008.–2009.  "International School for Advanced Studies (SISSA)", poslijedoktorand, Odjel za statističku i biološku fiziku, Trst, Italija.