Anketa

Na ovoj stranici trenutno nije odabrana niti jedna anketa!

Repozitorij

Repozitorij je prazan

Bioinformatika

Šifra: 31422
ECTS: 5.0
Nositelji: doc. dr. sc. Pavle Goldstein - Predavanja
Izvođači: Matea Čelar, mag. math. - Auditorne vježbe
Engleski jezik:

1,0,0

Nastava se odvija na hrvatskom jeziku u svim svojim elementima, a stranim studentima koji su pridruženi mješovitoj grupi nudi se mogućnost savladavanja predmeta pomoću dodatnih izravnih konzultacija s nastavnikom i asistentima na engleskom jeziku. Pri tome, nastavnik stranog studenta upućuje na odgovarajuću literaturu na engleskom jeziku te mu osigurava mogućnost polaganja predmeta na engleskom jeziku.
Opterećenje:

1. komponenta

Vrsta nastaveUkupno
Predavanja 45
Auditorne vježbe 15
* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)
Opis predmeta:
CILJ KOLEGIJA: Cilj kolegija je studente upoznati s osnovnim tehnikama kombinatornog i vjerojatnosnog modeliranja bioloških nizova - modeliranje bioloških familija, filogenetske konstrukcije, gene searching. Naglasak je stavljen na na primijenjene aspekte - algoritamske, računarske i numeričke. U okviru kolegija dan je pregled relevantih bioloških sadržaja.

NASTAVNI SADRŽAJI:
1. Uvod. Biološki procesi, biomolekule - DNA, RNA, proteini. Proteinske mreže i poravnavanje parova nizova. Supstitucijske matrice. Algoritmi za poravnavanje parova nizova.
2. Markovljevi modeli. Skriveni Markovljevi modeli. Viterbijev algoritam i varijante. Profil familije. Gene searching.
3. Baum - Welchova optimizacija. Uvod u filogenetska stabla. Neighbour - joining algoritam.
Literatura:
  1. R. Durbin et al.: Biological sequence analysis
  2. D. L. Wilson: Introduction to Biology
  3. J. Felsenstein: Inferring Phylogenies
  4. M. S. Waterman: Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences and Genomes
  5. W. J. Ewens, G. R. Grant: Statistical Methods in Bioinformatics
Preduvjeti za:
Upis predmeta :
Položen : Elementarna matematika 1
Položen : Linearna algebra 1
Položen : Programiranje 1
3. semestar
Izborni modul Biologija - Redovni studij - Matematika

4. semestar
Izborni modul Biologija - Redovni studij - Matematika
Termini konzultacija:
  • Matea Čelar mag. math.:
    • Petak 15-17h  putem Zooma (uz obaveznu najavu mailom)
    • uživo po dogovoru
    Lokacija: 213

Obavijesti