Doktorandi upisuju Modul studija prema planiranom istraživanju, te onu Metodologiju istraživanja na kojoj je savjetnik/potencijalni mentor jedan od nositelja.

Ispunjavanje obveze na predmetu Metodologija istraživanja je izrada metodološkog okvira istraživanja njihove teme. Metodološki okvir istraživanja u pismenom obliku, potpisan od strane savjetnika, predaje se u referadu PDS-a i arhivira u dosje doktoranda. Ispunjavanje obveze u indeks potvrđuje savjetnik potpisom i upisom ocjene, a ostali nositelji na predmetu upisuju svoj paraf.