Šifra: 61584
ECTS: 5.0
Nositelji: doc. dr. sc. Pavle Goldstein - Predavanja
Izvođači: Matea Čelar, mag. math. - Auditorne vježbe
Opterećenje:

1. komponenta

Vrsta nastaveUkupno
Predavanja 45
Auditorne vježbe 15
* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)
Opis predmeta:
CILJ KOLEGIJA: Cilj kolegija je studente upoznati s osnovnim tehnikama kombinatornog i vjerojatnosnog modeliranja bioloških nizova - modeliranje bioloških familija, filogenetske konstrukcije, gene searching. Naglasak je stavljen na na primijenjene aspekte - algoritamske, računarske i numeričke. U okviru kolegija dan je pregled relevantih bioloških sadržaja.

NASTAVNI SADRŽAJI:
1. Uvod. Biološki procesi, biomolekule - DNA, RNA, proteini. Proteinske mreže i poravnavanje parova nizova. Supstitucijske matrice. Algoritmi za poravnavanje parova nizova.
2. Markovljevi modeli. Skriveni Markovljevi modeli. Viterbijev algoritam i varijante. Profil familije. Gene searching.
3. Baum - Welchova optimizacija. Uvod u filogenetska stabla. Neighbour - joining algoritam.
Literatura:
3. semestar
Primijenjena matematika - Redovni studij - Matematika; smjer: nastavnički

4. semestar
Primijenjena matematika - Redovni studij - Matematika; smjer: nastavnički
Termini konzultacija:
  • Matea Čelar mag. math.:
    • Petak 15-17h  putem Zooma (uz obaveznu najavu mailom)
    • uživo po dogovoru
    Lokacija: 213