Doktorand je dužan pokrenuti postupak prihvaćanja teme doktorskog rada podnošenjem prijave, koja sadržava opće podatke o doktorandu, životopis i popis  radova doktoranda, naslov predložene teme, podatke o predloženom mentoru i njegovim kompetencijama, obrazloženje teme i očekivani izvorni znanstveni doprinos predloženog istraživanja, procjenu troškova istraživanja te izjavu da nije prijavio doktorski rad s istovjetnom temom na drugome studiju Sveučilišta, odnosno na drugome sveučilištu. Tema doktorskog rada prijavljuje se na obrascu Sveučilišta (DR.SC.-01) putem Online baze doktoranada (OBAD). Korisničko ime i lozinka za pristup bazi dotorandi dobivaju nakon upisa na studij. Prijava teme doktorskog rada podnosi se Uredu za poslijediplomski studij, potpisana od strane predloženog mentora i doktoranda u 3 primjerka. Budući da je prijava teme jedan od predmeta koji su obvezni za redovan upis druge godine studija, doktorand je dužan istu podnijeti Vijeću doktorskog studija Geografskog odsjeka, odnosno predati u Uredu za poslijediplomski studij, najkasnije tjedan dana prije zadnje sjednice u akademskoj godini (u rujnu). Raspored sjednica na Geografskom odsjeku objavljuje se početkom svake akademske godine na mrežnim stranicama Odsjeka.

Prijavljenu temu doktorand treba obraniti javno, pred povjerenstvom za ocjenu teme i predlaganje mentora, drugim doktorandima i ostalim zainteresiranima (Doktorski seminar). Nakon javne obrane, povjerenstvo putem obrasca Sveučilišta DR.SC.-02 Vijeću doktorskog studija i Geografskog odsjeka podnosi ocjenu teme doktorskog rada.