Izborni predmeti s drugih studija, iste ili drugih sastavnica ili drugih sveučilišta upisuju se na temelju dogovora, preporuke i upute savjetnika, odnosno mentora, te ovise o temi istraživanja. Imaju za cilj ojačati znanja iz teme istraživanja, metodologije i tehnika istraživanja koja su potrebna, te poticati interdisciplinarnost i širinu pogleda. Izbor izbornih predmeta je u skladu s naglašeno individualnim pristupom razvoju svakog pojedinog kandidata. 
Prema Pravilniku o doktorskim studijima Sveučilišta u Zagrebu (2010) nastava na doktorskom studiju otvorena je za sve doktorande Sveučilišta u Zagrebu. 
Prema Odluci Senata Sveučilišta u Zagrebu od 13.05.2011. (stavak I.) studentima doktorskog studija Sveučilišta u Zagrebu ili njegovih sastavnica omogućava se za potrebe doktorskog studija, slušanje i polaganje ispita pojedinih kolegija doktorskog studija na Sveučilištu ili drugoj sastavnici Sveučilišta u Zagrebu bez plaćanja naknade, uzimajući u obzir kapacitete pojedinih studija.
Izborne predmete je moguće zamijeniti za odgovarajuće radionice gostujućih nastavnika ili putem mobilnosti studenta, što savjetuje, upućuje i odobrava mentor, ovisno o opravdanosti vezano uz temu istraživanja.