Anketa

Na ovoj stranici trenutno nije odabrana niti jedna anketa!

Repozitorij

Repozitorij je prazan

Obavijesti

Bioinformatika (kolegij izvođen na engleskom jeziku)

Šifra: 172477
ECTS: 5.0
Nositelji: prof. dr. sc. Kristian Vlahoviček - Predavanja
Izvođači: Dunja Glavaš, mag. biol. mol. - Vježbe u praktikumu
Prijava ispita: Studomat
Opterećenje:

1. komponenta

Vrsta nastaveUkupno
Predavanja 15
Vježbe u praktikumu 30
* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)
Opis predmeta:
ISHODI UČENJA:
1. Razlikovati tipove bioloških baza podataka i kvalitetu pohranjenih podataka.
Sustavno pretraživati literaturne baze podataka i doći do izvornih publikacija.
2. Napredno pretraživati baze podataka sekvenci. Samostalno koristiti mrežne resurse u vlastitom znanstvenom istraživanju.
3. Kritički analizirati i razumjeti osnovne principe poravnanja sljedova sekvenci.
4. Koristiti različite alate za višestruko sravnjenje sljedova i prepoznati kvalitete i nedostatke pojedinih alata.
5. Koristiti alate za filogenetsku analizu.
6. Koristiti strukturne baze podatka i alate za modeliranje i vizualizaciju.
SADRŽAJ PREDMETA:
PREDAVANJA
1. - 3. Upoznavanje s biološkim bazama podataka, mrežnim resursima i korištenje specifičnih baza podataka.
3. - 5. Osnove korištenja alata za sravnjenje sljedova, supstitucijske matrice, dinamičko programiranje.
5. - 7. Upoznavanje heurističkih metoda za pretraživanje sekvenci prema sličnosti.
7. - 9. Metodologija i korištenje alata za višestruko sravnjenje sljedova
9. - 11. Osnovni principi i alati filogenije
11. - 13. Strukturne baze i vizualizacija prostornih struktura makromolekula
13. - 15. Osnove funkcionalne genomike , sekvenciranje i genomska bioinformatika
PRAKTIKUM
Studenti podijeljeni u grupe uz pomoć profesora i asistenata na odabranim primjerima rade istraživanje.
1. - 10. Kroz pojedine projekte pretražuju baze podataka, traže podatke o epidemiologiji, genetici i molekularnim mehanizmima bolesti.
10. - 20. Nakon upoznavanja s literaturom prelaze na pretraživanje baza sljedova i uče manipulirati sljedovima kroz različite bioinformatičke alate kako bi došli do potrebnih informacija.
20. - 30. Istraživanje zaokružuju filogenetskim analizama te klasifikacijom i vizualizacijom otkrivenih rezultata.



Studenti su dužni poslati nastavniku motivacijsko pismo prije odobrenja upisa kolegija. Upute kako se prijaviti na kolegij nalaze se na

http://bioinfo.hr/~kristian/bioinfo/Upute2014.pdf

Cjelokupni postupak prijava odvija se elektroničkim putem a rok za predaju motivacijskog pisma bit će do nedjelje 14. rujna 2014.
Rezultati prijava bit će objavljeni u četvrtak, 18.rujna 2014.
Literatura:
  1. A.M. Campbell, L.J. Heyer (2002) Discovering Genomics, Proteomics and Bioinformatics. J.H.Wiley & Sons
    N. C. Jones, P. A. Pevzner (2004) An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press
    D.W. Mount (2004) Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis 2ed. CSHL Press
    Izvori na Internetu.
  2. S. B. Primrose, R.M. Twyman (2003) Principles of Genome Analysis and Genomics 3ed. Blackwell Publishing
    R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson (1998) Biological Sequence Analysis. Cambridge University Press.
    P. Baldi, S. Brunak (2002) Bioinformatics: A Machine Learning Approach. MIT Press
    Izvori na Internetu.
1. semestar
Izborni predmeti - Redovni Studij - Molekularna biologija
Termini konzultacija: