Seminar Fizičkog odsjeka

 Prikaz osnova GRM algoritma stvorenog u Zagrebu kao kompjuterske metode koja direktno preslikava DNK sekvencu u frekvencijsku domenu i daje globalnu repeticijsku mapu sa svim signifikantnim repeticijskim jedinicama, odgovarajuće konsenzusne sekvence i divergencije među repeticijskim kopijama. Kompletan račun tandemskih struktura i repeticija višeg reda (HOR) za kromozome 1 i Y u genomima čovjeka i čimpanze i njihova usporedba. Otkriće novih signifikantnih divergencija između čovjeka i čimpanze. Otkriće novih repeticija višeg reda kao signature značajnih i do sada nepoznatih evolucijskih razlika između čovjeka i čimpanze, kao na primjer NBPF (Neuroblastoma BreakPoint Family) gene HOR u ljudskom kromozomu 1.

Rezultati objavljeni u dvije nove publikacije:

V. Paar, M. Glunčić, I.Basar, M. Rosandić, P. Paar, M. Cvitković (2010) Large Tandem, Higher Order Repeats and Regularly Dispersed Repeat Units Contribute Substantially to Divergence Between Human and Chimpanzee Y Chromosomes. J Mol Evol  72:34-55 doi: 10.1007/s00239-010-9401-8

V. Paar, M. Glunčić, M. Rosandić, I.Basar, I. Vlahović (2011) Intra-Gene Higher Order Repeats in Neuroblastoma BreakPoint Family (NBPF) Genes Distinguish Humans from Chimpanzees. Mol Biol Evol doi:

10.1093/molbev/msr009.

                  Voditelj seminara FO

                  Hrvoje Buljan, hbuljan@phy.hr